По легенде, Никон сам находит источник пресной воды на острове и строит над ним Надкладезную церковь. Об этом рассказывает и хорошо сохранившийся «закладной» крест, вмурованный в стену Надкладезной церкви. Вот как удалось мне перевести эту надпись с древнерусского на современный русский язык: «Ставропигли освящен во имя святого его происхождения во освящение целебного дара приснотекущих вод сих (одно слово неразборчиво) обители святого и животворящего креста господня во царствие благочестивейшего великого государя царя и великого князя Алексея Михайловича всеа великия и Малыя и Белыя России самодержца по благоволению пресвятейшего великого господина Никона патриарха в лето 7168 по воплощении слова божия 1660 августа в первый день (одно слово неразборчиво)». Да простится мне кощунство, но что-то в этом тексте, показалось мне, не так. Почему здесь одна дата приводится по летосчислению с сотворения мира, а другая — с рождества Христова? Не поставлен ли «закладной» крест позже?! Но это дело ученых, они разберутся. Во всяком случае в житии Никона сказано так: «Ископаша кладезь великий из камня дикого и на том кладезе построиша церковь каменную… по сем и иная стояще многая в том монастыре Крестном». Сейчас на острове несколько колодцев с пресной водой, но лучшего источника не найдено, дом отдыха пользуется этим, беря воду под Надкладезной церковью.
Каменная трапезная строилась уже после Никона, она сооружена взамен деревянной в 1689 году. Сложенная из огромных глыб дикого камня трапезная вросла в толщу гранита, нижний ее этаж врублен в монолитную скалу. Западная стена двухэтажного строения, выходящая к морю, выглядит неприступной крепостью, а южный фасад менее суров. — Он оживляется окнами самой трапезной и келарской палаты, проемом парадного входа. Трапезная палата квадратная (15 на 15 м). Крестовый ее свод держится на одном мощном столбе, стены такие толстые, что оконные проемы уходят в них чуть ли не на метр.
К трапезной примыкает с востока храм Рождества Богородицы с высокой цилиндрической апсидой. Церковь стоит без прикрытия, в виде одних стен.
В 1703 году самими монахами к трапезной Надкладезной церкви пристроены настоятельские кельи и погреба с ледниками. Эту постройку специалисты считают совершенно уникальной, образцом подлинного народного архитектурного искусства, лубком в архитектуре. Огромная ценность и редкость не только для Севера, но и для всей России.
Здания келий и трапезной разделены небольшим проходом, образующим что-то вроде внутреннего дворика, весьма привлекательного на вид. Сюда выходят два каменных крыльца, несколько оконных и арочных проемов, что создает обстановку жилья, домашности. Из келий в трапезную вел подземный ход. Недавно он обвалился. Довелось разговаривать с человеком, который лет двадцать назад проходил по нему. Легенды и рассказы о других подземных ходах и спрятанных в них кладах пока ничем не подтверждены. Была под келейным корпусом и государственная тюрьма. Известно, что здесь в царствование Анны Иоанновны одиннадцать лет томился Лев Юрлов, бывший придворный и потом епископ Воронежский.
Сохранившаяся от XVII столетия кладбищенская церковь Всех святых обита тесом, покрашена в зеленую краску и оборудована под жилой корпус дома отдыха. Стоит она на высоком берегу, на скале, откуда открывается вид на море и полоску Онежского побережья. Хоронили монахов обычно на берегу, не на острове, ибо здесь не так-то просто выкопать могилу. Возле кладбищенской церкви стояло не более десятка надгробных плит. От них не осталось никакого следа, зато увековеченных на окружающих скалах при помощи зубила имен тут хватает.
Дожили до наших дней деревянные здания настоятеля монастыря и гостиницы для богомольцев, построенные во второй половине прошлого века и используемые теперь как помещения дома отдыха. И наконец, последнее из того, что оставило нам время, — часть невысокой деревянной монастырской стены. Ей немногим более ста лет. Башенка с низким шатром и идущие от нее остатки ограды, покрытые голубоватым лишайником и присыпанные хвоей.
Каменные строения монастыря постепенно облепили многочисленные деревянные пристройки. Тут были и кельи братии, в том числе и двухэтажная келья Никона, различные подсобные и складские помещения, больничная, швейная, башмачная избы и т. д. Монастырь окружала деревянная стена с девятью башнями и церковкой над главными воротами. Каменные постройки на Кий-острове покрывались деревянными кровлями из теса, главы церквей — лемехом. Шатер у колокольни был, видимо, тоже деревянным. Такое сочетание камня и дерева характерно для архитектуры нашего Севера. Но дерево быстрее разрушается, и оно горит…