Однако вернемся к событиям лета 1918 года. Вслед за мятежом белых чехов французы заявили, что чехословацкий корпус является частью французской армии, и потребовали от советского правительства эвакуировать его через Архангельск и Мурманск. В июне 1918 года они вместе с англичанами высадились в этих русских портах и оккупировали Север России. На Дальнем Востоке и в Приморье высадились японские и американские интервенты. В результате Россия оказалась окруженной фронтами Гражданской войны.
В связи с созданием Восточного фронта в Поволжье, летом 1918 года Могилевский назначается членом комиссии ВЦИК по восстановлению советской власти в Саратове. Одновременно он работает в Саратовской ЧК по ликвидации белогвардейского мятежа. К тому времени Гражданская война охватила всю территорию России. В августе 1918 года Красная Армия перешла в контрнаступление на Восточном фронте и к концу ноября изгнала интервентов из Поволжья. Могилевский отзывается из Саратова и направляется на Украину, где работает в органах наркомата юстиции Республики. Одновременно он является заместителем председателя революционного трибунала 12‑й армии.
В 1919 году решением Оргбюро ЦК РКП(б) Соломон Могилевский направляется в распоряжение Ф. Э. Дзержинского. В октябре того же года он назначается заведующим следственной частью ВЧК и одновременно – заместителем начальника особого отдела Московской ЧК.
Создание особых отделов при ВЧК было вызвано тем, что в годы Гражданской войны и иностранной интервенции главный удар спецслужб Антанты и белогвардейцев был направлен против Красной Армии. Это потребовало от ВЧК усилить борьбу с деятельностью контрреволюционных организаций и иностранных разведок внутри Красной Армии. С этой целью по решению ЦК РКП(б) еще 19 декабря 1918 года в ВЧК был создан Особый отдел. Сформирован он был на базе армейских чрезвычайных комиссий и органов военного контроля. В задачи Особого отдела ВЧК входила активизация борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.
6 января 1919 года под руководством Дзержинского было разработано «Положение об особых отделах ВЧК». Наряду с задачами по борьбе против контрреволюции и шпионажа в армии и на флоте на особые отделы возлагалась организация агентурной работы за границей и в оккупированных иностранными державами или занятых белогвардейцами областях молодой республики и руководство ею.
22 декабря 1919 года в Москве состоялось Всероссийское совещание начальников особых отделов фронтов, армий и флотов, которое приняло резолюцию о необходимости создания агентурной сети не только на оккупированной территории России, но и «в некоторых городах Западной Европы», где разместились белогвардейские центры.
Работая в особом отделе Московской Чрезвычайной комиссии, Могилевский в 1919 году принимал активное участие в ликвидации подпольной контрреволюционной организации «Национальный центр».
…В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания.
Во время допросов заговорщиков выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная организация «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» и «Воззвание к населению Москвы».
Операцией по ликвидации «Национального центра» непосредственно руководил Ф. Э. Дзержинский. В ней участвовали также такие выдающиеся чекисты, как В. Р. Менжинский и А. Х. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н. Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей золотом.
В ходе обыска на квартире Щепкина чекисты обнаружили ряд секретных документов, среди которых были постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов Красной Армии в районе Тулы, а также изложение плана ее боевых действий против Деникина. Выяснилось, что этими сведениями Щепкина снабжал начальник оперативного отдела Всероссийского Главного штаба бывший царский генерал Кузнецов.