Активная деятельность с двух сторон привела к расколу духовенства. Это наиболее ярко проявилось в вопросе отлучения от церкви и проклятии московского митрополита Сергия рижским митрополитом Сергием. Большая часть духовенства отказалась это делать, заявив, что «Митрополит Московский есть патриот Русской Православной Церкви. Помолимся Богу за его здоровье»111.
Деятельность сторонников московского патриарха изображалась оккупационной прессой как предательство и подлое забвение того, что большевики сделали с церковью за годы своей власти. Сбор пожертвований в фонд обороны назывался «утончённым обиранием трудящихся». Несмотря на все это многие священники активно помогали советскому сопротивлению. Лишь в районе, где находилась 5 партизанская бригада, действовавшая на территории Ленинградской области в основном через церковь, население добровольно сдало 1200 тысяч рублей на танковую колонну для Красной Армии112.
С лета 1943 года Ленинградский штаб партизанского движения наладил поставку литературы издательского отдела Русской Православной Церкви в тыл врага. Доставлялись первые номера журнала Московской патриархии и воззвания к населению, подписанные иерархами Православной Церкви, в том числе митрополита ленинградского Алексия113.
Все распространявшиеся печатные материалы можно разделить на две основные части.
В материалах первой категории верующие оккупированных районов призывались на борьбу с врагом. В посланиях к пастырям и пастве говорилось о благословении Русской Православной Церковью «подвига ратного» и «вере, что Господь сил с Вами в этой священной борьбе, что этому благородному порыву он подаёт свою дивную помощь и силу… Мир нельзя иметь без помощи военной. Этому подтверждение вся история России и её святителей». В листовках Ленинградской митрополии говорилось о том, что первейший долг каждого православного христианина всеми силами помогать партизанам бороться с врагом за веру, свободу, за честь Родины. Целью войны называлось благословленное Святым Александром Невским и Святым Сергием Радонежским избавление от впавшего в кровавое безумие насильника и ненавистника славянства114.
Во второй группе прокламаций говорилось об отлучении от церкви всех верующих и лишении сана епископов и клириков, сотрудничающих с фашистами. Особым грехом называлось предательство партизан и подпольщиков, жертвующих собой за Родину. За это преступление отступникам уготавливалась участь Искариота. «Как Иуда погубил свою душу — телом он понёс исключительное наказание ещё здесь, на земле»115.
С конца 1943 года материалы о патриотической деятельности Русской Православной Церкви появились на страницах периодической печати, в том числе и в центральном органе ЛШПД — газете «Ленинградский партизан». В них говорилось об участии священнослужителей в комиссиях по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и даже об их участии в партизанских судах и процессах над предателями116.
Подобные факты не могли быть проигнорированы нацистами. Вскоре после того как в Москве было заключено соглашение между Сталиным и руководством Русской Православной Церкви, германское руководство инспирировало совещание в Риге православных архиереев Латвии, Эстонии и Литвы. В совещании принимали участие Сергий, митрополит Литовский, экзарх Латвии и Эстонии, архиепископ Иаков Елгавский, Павел, епископ Нарвский и Даниил, епископ Ковенский.
Участники совещания с подачи оккупантов высказали своё мнение по поводу воззвания к русскому народу патриаршего местоблюстителя Сергия, митрополита Московского и Коломенского о сопротивлении германской армии. Они заявили о том, что «высокочтимый иерарх, глава Русской Православной Церкви, не мог составить или по крайней мере добровольно подписать это воззвание. Целый ряд обстоятельств доказывает, что это воззвание сфабриковано кремлёвскими властителями и распространяется от лица патриаршего местоблюстителя».
Текст резолюции архиерейского совещания был следующий: «Имея возможность свободно высказаться по церковным делам мы, участники первого совещания православных архиереев в Риге, считаем своим долгом сделать во всеуслышание следующее заявление: