Во время реконструкции крепости перестройке подвергались и ворота, по крайней мере некоторые, насколько можно судить по имеющимся документам. Бывшие Яицкие ворота могли остаться без особых изменений. так как крепостная ограда здесь по существу не перестраивалась. Следующие за ними. Чернореченские ворота, должно быть, подверглись перестройке. Но она могла зависеть не столько от реконструкции крепости, сколько от изменения или ограничения их функции, связанной с перестройкой в городе и некоторой специализацией ворот.
На чертеже 1801 года поражают странные размеры Чернореченских ворот, где ширина более чем вдвое превышает высоту въездного проема. Ошибку здесь вряд ли можно предположить, потому что разница сразу бросается в глаза. Размеры их приближенно выражаются следующими цифрами: высота проема ― 2 метра, ширина его ― 4,2 метра, общая высота с парапетом ― 4 метра. На чертеже, к сожалению, даны только продольный разрез и план, нет вида спереди. Исходя из отношения высоты и ширины, а также из общих размеров, проем ворот должен был иметь коробовой свод. Только в этом случае можно использовать всю ширину ворот.
Размеры Чернореченских ворот позволяют предполагать, что основной «специализацией» их был прогон городского стада на выгон, и одновременно создание препятствия проезду с возами, которые могли создать пробку. Раньше, когда эти ворота назывались еще Сакмарскими, они должны были иметь нормальную высоту, будучи торговыми, ведь они вели прямо на базар. Кроме того, скот тогда можно выгонять и на восток, поскольку вся земля принадлежала городу. Позже положение изменилось. Пойменная земля на востоке стала принадлежать образовавшемуся в конце XVIII века Форштадту, городской выгон остался с западной стороны. Поэтому с ликвидацией и перенесением рынка внутрь Гостиного двора функция этих ворот постепенно изменилась. Через них ближе всего на городской выгон, положение их было почти центральным по отношению к северной и южной частям города; через Уральские движение было довольно интенсивным, особенно в летнее время, когда шел торг на Меновом дворе, кроме того, именно здесь чаще мчались за водой в случае пожара. Поэтому городское стадо, лошадей удобнее всего прогонять было через Чернореченские ворота. Такова, думается, наиболее вероятная причина странной особенности этих ворот.
Почти точно напротив Чернореченских на другой стороне крепости находились перенесенные в процессе реконструкции Орские ворота ― единственные не менявшие своего названия, но зато сменившие место. Их вписали на середину куртины, как и полагалось по правилам. Поскольку определяющим был именно центр куртины, ворота оказались не по оси тогдашней Самарской улицы, а рядом с красной линией ее южной стороны, там, где сейчас проходная зенитно-ракетного училища. По воротам и улица потом изменила свое название на Орскую. Хотя перенос был запроектирован с самого начала, работы начались не сразу. В 1797 году использовались еще старые ворота, на новом же месте в это время профиль вала еще не был прорезан, а лишь проведены работы по оборудованию подъезда к нему. Скорее всего, они были закончены в первые годы XIX века.
Чертежей первых десятилетий XIX в. с указанием, что они относятся к новым Орским воротам, пока не обнаружено. Но среди нескольких профилей по Оренбургской крепости, датируемых 1820 годом[29], есть продольный разрез ворот, который по ряду признаков может быть соотнесен только с ними. Обращает на себя внимание мощный парапет, до верха которого было более 9 метров; высота проема ворот ― около 5 метров. Таким образом, в них свободно мог проходить воз с сеном. Как раз в этой части города, и в частности на Артиллерийской площади, им и торговали. Данное обстоятельство говорит в пользу соотнесения приводимого профиля с Орскими воротами. Другая существенная их особенность ― очень малое отверстие для пропуска воды под дамбой, устроенной вместо моста. Высота сводчатого водостока всего около 80 сантиметров, такова же и ширина его. Столь малая пропускная способность водостока исключает возможность соотнесения чертежа с Чернореченскими воротами, расположенными значительно ниже Орских (по отметкам того времени разница в высоте местного горизонта рядом с воротами составляла 18―19 метров, сейчас разница в высоте этих мест лишь немного более 12 метров), а тем более Уральскими, находившимися еще ниже и имевшими к тому же водоотвод под проезжей частью. Сакмарские ворота, расположенные хотя и ниже, но не настолько, чтобы полностью исключить возможность устройства около них такого маленького водостока, также отпадают по ряду соображений. Орские ворота находились в самом высоком месте крепости, поэтому столь маленький водосток был там вполне приемлем. Таковы основные доводы в пользу соотнесения указанного профиля с Орскими воротами. Надо сказать, что в дальнейшем эти ворота, как и остальные, перестраивались. К 1850-м годам их размеры несколько уменьшились. Проем по высоте и ширине стал около 4 метров, а высота до верха парапета ― немного больше 7,5 метра.