Несмотря на внезапность, город захватить не удалось. Устоял красногвардейский штаб под командованием П.С. Курача в Хлебном переулке в бывшем доме Брагина (тогда № 7, теперь № 4), где находился и отряд интернационалистов во главе с венгром Шипко. Сюда прибыли товарищи, спасшиеся из дома Панкратова. Как вспоминает бывший красногвардеец Б. Филонов, белые сначала пытались атаковать штаб с перекрестка Введенской, но пулеметный огонь из полуподвального этажа штаба подавил атаку. На перекрестке Николаевской и Гостинодворской белоказаки установили пушки и стреляли из них, корректируя огонь из Панкратовского дома; пытались обойти штаб со стороны Хлебной площади, но все напрасно. Руководимый большевиками Военно-революционный штаб избрал основной базой обороны вокзал и Главные мастерские. Собранные им рабочие-красногвардейцы к полудню выбили белоказаков из города. На траурном митинге во время похорон жертв набега выступавшие клялись отмстить за их гибель и до последней капли крови бороться за власть Советов. На могиле, там где сходятся теперь улица Цвиллинга и Парковый проспект, был насыпан холм, на верху которого позже поставили обелиск. В 1950 году здесь открыт памятник.
Снова потребовалась помощь В. И. Ленина, так как дутовцы не прекращали попыток прервать коммуникации и захватить город. В Оренбург из разных городов и с западного фронта прибыли советские воинские части, объединенные под командованием Г. В. Зиновьева, они до конца июня срывали все попытки белых.
Положение чрезвычайно усложнилось в конце июня в связи с мятежом Чехословацкого корпуса. Белочехи отрезали Оренбург от Советской России, захватив ряд городов и в том числе Бузулук. Отряды дутовцев значительно усилились. В связи с создавшейся ситуацией на совещании губкома РКП (б), губисполкома и командования войсками решено было вывести войска из города. Оренбург почти на семь месяцев снова оказался под властью Дутова. За это время дутовцы разграбили многие предприятия, оставили город без продовольствия и топлива. Сотни людей пали жертвами белого террора, среди них губернский комиссар юстиции М.Н. Бурзянцев, губернский комиссар труда С. А. Кичигин, член ВРК Б. А. Шафеев, председатель мусульманского ВРК, большевик Б. Я. Нуриманов.
Утром 22 января 1919 года части Красной Армии, продвигаясь одновременно с северо-запада и с юга, навсегда освободили Оренбург. Были восстановлены Советы, под руководством коммунистов началась борьба с разрухой. Председателем губкома РКП (б) стал И. А. Акулов, один из направленных ЦК в Оренбуржье опытных работников. Но городу предстояло еще одно серьезное испытание.
Весной 1919 года развернулось наступление армии Колчака, которая, захватив несколько городов, подошла к Самаре, Казани и Оренбургу.
Под руководством губкома РКП (б) трудящиеся города встали вместе с имевшимися войсками на защиту Оренбурга. Командарм 1-й армии Г. Д. Гай назначил начальником группы обороны города М. Д. Великанова. Комиссаром группы был А. А. Коростелев. Оборона Оренбурга началась с упорного боя 19 апреля на подступах со стороны станицы Нежинской. От края современного Оренбурга до того оборонительного рубежа всего около километра, рубеж отмечен памятным знаком к северу от шоссе. 210-й рабочий полк, партийная дружина и отряд губчека устояли и отбросили белоказаков. 29 апреля белоказаки заняли Меновой двор и с горы Сулак начали обстрел города. Особенно близко белым удалось придвинуться к Оренбургу 15 мая, когда защитникам его пришлось отойти на правый берег Урала и сжечь за собой деревянный настил железнодорожного моста. Белые обстреливали город из орудий, пулеметов; форсировав Урал ниже Оренбурга, они начали наступление к железной дороге.
Благодаря неустанному вниманию В. И. Ленина, дважды в мае телеграфировавшего М. В. Фрунзе об оказании военной помощи Оренбургу, город удалось отстоять. По указанию М. В. Фрунзе, в распоряжение М. Д. Великанова были переданы военные части. Самое трудное время осталось позади, но бои вокруг Оренбурга продолжались еще в июне и июле. В целом оборона города длилась более 100 дней.
За свой подвиг рабочие Оренбурга была награждены Почетным революционным знаменем ВЦИК, которое секретарь ЦК РКП (б) Е. М. Ярославский торжественно вручил 12 июня 1921 года во время митинга на привокзальной площади. Знамя из его рук принимали Г. Дунаев, Н. Мутнов, П. Журевский, о чем был составлен и акт[79].