А на Корсику тем временем вернулся ее национальный герой генерал Паоли и опять возглавил борьбу против французов. В «гражданине Буонапарте» он сразу разглядел угрозу, поскольку тот был настроен, по мнению генерала, слишком профранцузски, слишком по-революционному. В июне 1793 года Наполеон и его семья бежали с Корейки. «Эта страна не для нас» - так он сказал своей матери.
Бывший дворянин стал махровым якобинцем, будучи принятым в этот клуб по причине своей бедности и чахлого дворянства семьи Бонапартов. Наполеона назначили командиром артиллерии во время осады Тулона, которая длилась с сентября по декабрь 1793 года. Тулон, сытый по горло местными излишествами и последствиями официальной политики террора, восстал против парижского Конвента и пригласил на помощь англичан. Здесь Наполеон нашел себя. Об этом случае он написал многие годы спустя: «Именно там я и проявил впервые те выдающиеся военные дарования, которые принесли столько славы французскому оружию». Он правильно расположил батареи, огонь которых сметал все на своем пути, по английскому флоту была открыта пальба раскаленными ядрами, «чтобы спалить корабли деспотов» (его слова). Вражеские суда вынуждены были покинуть гавань. Падение роялистского Тулона было всецело заслугой одного Наполеона. Всю осаду он находился на батареях, даже спал на земле у орудий. Он лично взял в плен английского генерала и был ранен штыком в ногу. Под Наполеоном было убито две лошади. В его рапорте военному министру говорилось: «Я обещал вам полный успех и, как видите, сдержал свое слово». Взятие Тулона произвело такое впечатление на Конвент, что Наполеону был присвоен чин бригадного генерала и его назначили командовать артиллерией экспедиционной французской армии в Италии. Наполеону удалось раздавить еще один заговор роялистов в Тулоне.
В то время как артиллерия майора Бонапарта громила Тулон, тринадцатилетний прусский офицер был свидетелем боев на Рейне, которые вела его армия с французами. Карл Филипп Готтлиб фон Клаузевиц служил тогда фаненюнкером (прапорщиком) в полку принца Фердинанда и наблюдал за тем, как революционные войска применяют новую тактику и дерутся с фанатизмом, бросаясь в отчаянные атаки с пением «Марсельезы». Этому офицеру суждено было написать книгу, которую будут читать либо как гениальный трактат о войне, либо, выражаясь словами Лидделл Гарта, как «прусскую «Марсельезу», которая горячила кровь и опьяняла мозг».
В течение довольно продолжительного времени Наполеон был якобинцем, по убеждениям, заявляя: «Maрат и Робеспьер - вот мои святые». Многое объясняется тем фактом, что у него на руках была немалочисленная семья - его обожаемая матушка, братья Жозеф, Люсьен, Луи и Жером, сестры Элиза, Каролина и Паулина, а законы корсиканских кланов подразумевали, что если преуспевает один член семьи, то он должен заботиться и об остальных из своего клана. Справедливости ради следует признать, что идейные убеждения Наполеона не были показными, рассчитанными на кусок хлеба, карьеру и безопасность от террора и гильотины. Он зачастую выражал настолько экстремистские взгляды, что за ним прочно утвердилась репутация «террориста» - человека, поддерживающего и помогающего властям проводить политику террора. Да и позднее сам Наполеон никогда не отрицал, что в молодости придерживался таких взглядов, признав на острове Святой Елены: «Я был очень молод, и в моей голове царил идейный разброд». Он утверждал также, что «Робеспьер обладал гораздо большей политической проницательностью и чутьем, чем это за ним обычно признают». Брат Неподкупного Огюстен стал его закадычным другом - он был известен как почитатель таланта низкорослого генерала, «Все тогда свыклись с мыслью о смерти, - рассказывал он графу Бертрану в 1821 году, незадолго до своей кончины. - Мы ее видели перед собой каждый день и свыклись с этим». В другом случае он заметил, что, будь семья Бонапартов чуть побогаче и познатнее, его головокружительная карьера могла бы так и не состояться. Он отбросил остатки внешнего лоска, который еще сохранился у него, и нарочито огрубил свои манеры и внешность, заискивая перед санкюлотами. Именно в те дни он позаимствовал у них жаргонизм и ругательства, от которых так и не смог потом избавиться. Баррас припоминает, как ему удалось разглядеть в Бонапарте поразительное сходство с Маратом, самым кровавым якобинцем. Он описывает также, как Наполеон втирался в доверие к одному из наиболее влиятельных друзей младшего брата Робеспьера, обхаживая его жену. Дело дошло даже до того, что он носил за ней ее перчатки и веер, как паж. Баррас рассказывает еще об одном смехотворном случае поведения гражданина генерала, на обеде, данном в честь комиссаров Конвента одним из местных революционных комитетов. «Уже тогда, он пытался играть двойную роль, которая позднее стала естественной для него, и ухитрился побывать на обеде с комиссарами, что доставило, ему особую радость, и сбегать в соседнюю комнату посидеть с санкюлотами, как бы извиняясь перед ними за свое отсутствие».