Министры превратились в рядовых исполнителей: вся их документация отныне проходила через руки императора. В 1804 году Шапталь покинул министерство внутренних дел. Добросовестный Шампаньи сменил в 1807 году Талейрана на посту министра внешних сношений. Впавший в 1810 году в немилость Фуше передал полицию на попечение «жандарма» Савари. Сильные личности, способные оказывать влияние на решения императора, были заменены преданными, но бесталанными исполнителями. В 1811 году учреждается министерство мануфактур и торговли во главе с Коленом де Сюсси, которому передается ряд функций министерства внутренних дел, чересчур разбухшего под руководством Крете, а затем Монталиве. Увеличилось число главных управлений, ограничивших полномочия министров.
Противовес законодательной власти, куда как слабой уже при Консульстве, окончательно сошел на нет. Даже Трибунат, давно не представлявший собою никакой оппозиции и поделенный Конституцией XII года на три палаты, в 1807 году прекратил свое существование. Сессии Законодательного собрания, состав которого формировался из функционеров нового и старого призыва, сократились до нескольких недель в году. Однако Наполеон намеревался отделаться и от него. В ходе выборов в Национальное собрание 1807 года, призванных обновить на одну треть состав депутатов, в большинстве избирательных коллегий был зафиксирован большой процент самоотводов. Избиратели также бойкотировали формальные выборы. Казалось, что сама власть утратила к ним интерес: в 1812 году предполагалось назначить 399 членов в коллегию округа и 139 — в коллегию департамента Сена. Сенат добровольно отказался от последних претензий на самостоятельность, даже несмотря на ту относительную власть, которой обладали комиссии по свободе печати и индивидуальным правам. Последняя отменила, в частности, решение брюссельского суда присяжных, оправдавшего мэра Антверпена Вербруга, из личной мести обвиненного генеральным комиссаром полиции Бельмаром во взяточничестве и подлоге. Маркиз де Сад, заключенный в Шарантоне, тщетно взывал к этой сенатской комиссии, которая так и не сочла нужным высказаться по его делу.
И Государственный совет, весьма влиятельный в период Консульства, утратил немалую долю своего могущества. По свидетельству Тибодо, Наполеон все реже наведывался на его заседания, предпочитая навязывать свои решения, не прислушиваясь к мнению советников. Впрочем, кое-какое влияние у Совета все же оставалось, ибо, как свидетельствуют обнаруженные недавно записи секретаря Совета Локре на заседании 6 июня 1810 года, Трейяр не менее шести раз отклонял предложения Наполеона, касающиеся работы апелляционного суда. Оказавшись в меньшинстве, император 11 ноября 1813 года вынужден был смириться с результатами голосования. Впрочем, следует принять во внимание, что элита аудиторов, к которой принадлежал и Стендаль, формировалась именно в этом питомнике будущих администраторов. Пойти навстречу Совету означало признать его роль кузницы кадров. После того как были приняты все основные законы, Государственный совет вполне мог сосредоточиться на юридической стороне административной деятельности.
Недолго сохранялась несменяемость кадров и в судах. Решением сенатус-консульта от 12 октября 1807 года назначенной императором сенатской комиссии было поручено взять на себя труд по их обновлению. Закон, принятый 20 апреля 1810 года, реорганизовал судебное ведомство, заменив суды по уголовным делам на суды присяжных, заседавшие в столицах департаментов; присяжные заседатели назначались по списку из 60 человек, составленному префектом. Поимка преступника возлагалась на прокурора. Судебный следователь выносил постановление об аресте. Апелляционные суды были переименованы в имперские.
В префектурах возникло новое поколение, многие представители которого были потомками старого дворянства, более лояльно относившегося к распоряжениям новой власти: Моле, назначенный в 1807 году префектом Кот-д'Ор; Монталиве, сначала префект департамента Ла-Манш, затем Сена и Уаза, возглавивший в 1809 году министерство внутренних дел; Паскье, в 1811 году сменивший Дюбуа в префектуре полиции. Австрийский брак императора ускорил захват префектур старой аристократией (Косе-Бриссак, Ла Тур дю Пэн, Бретей). Семейственность также оставалась в силе. Абриал был сыном бывшего министра, Ренье — влиятельного судьи. Назначение префектов все больше зависело от прихоти императора. Тем же, кто надеялся на длительное пребывание в должности, нередко приходилось кусать себе локти. Директивы администрации носили все более произвольный характер. Они исходили от министерства внутренних дел, полиции, главного управления по рекрутскому набору. Именно этот род деятельности мало-помалу парализовал инициативу префектов, старания которых оценивались, как сообщает Савари императору, равным образом с учетом их происхождения, состояния и «особого расположения Вашего Величества». Они оценивались также по степени влияния, оказываемого ими на генеральные советы, чьим пожеланиям, принятым в ходе «летучек», суждено было навсегда оставаться мертвой буквой. Забвение, в котором пребывали муниципальные власти, усугублялось отсутствием реальной власти у мэров.
Параллельно убыванию, а то и упразднению функций законодательной власти осуществлялось дробление на все более многочисленные главные и окружные управления. Префект Мозеля Воблан отмечает, что в последние годы Империи это дробление привело к тому, что путаница в делах стала неизбежной. В результате тщательно отлаженная административная машина застопорила, столкнувшись со всеобщей подозрительностью и сверхцентрализацией. Накануне битвы при Лейпциге Наполеона вынудили одобрить статьи расходов уполномоченного по административно-финансовой части Сен-Мало, чем отвлекли от предстоящего сражения, имевшего немаловажное значение для будущего Германии.
Отныне Наполеону приходилось единолично решать даже второстепенные вопросы. Если он и собирал послушный совет, то не для ратификации мирного договора или альянса, как это предусматривалось конституцией, а для уточнения формулировки сенатус-консульта. «Император не считал нужным подписывать документы на заседаниях совета министров. Представленный проект декрета сразу же направлялся в соответствующий отдел министерства вместе с докладом и сопроводительными документами. Обложкой к итоговому документу, ждущему его подписи, служил, как правило, лист бумаги с тезисами предлагаемых министрами вариантов проекта. Так что министры уносили с собой после заседания лишь собственные впечатления от того, что говорилось и происходило в их присутствии».
Император отдавал предпочтение деятельности административных советов, заседания которых проходили по понедельникам, четвергам и субботам и часто длились с девяти утра до семи вечера.
«В обязанность административных советов входило всестороннее изучение какого-либо одного вопроса или одной составляющей нескольких вопросов. Как правило, — замечает Фэн, — эти вопросы касались бюджетного финансирования отдельных ведомств, таких, например, как дорожное, инженерных войск или кораблестроения».
Император вызывал на заседания государственных советников, инженеров-специалистов, начальников канцелярий. Сохранились документальные отчеты этих заседаний, в ходе которых каждый мог высказать свое мнение, однако это мнение в лучшем случае принималось во внимание, и лишь императору принадлежало право принятия окончательного решения. Проводя эти заседания, Наполеон получал нужную ему информацию, поскольку в силу одной малоизвестной черты своего характера часто колебался, принимая практические решения. Все это привело в итоге к парадоксальной ситуации, когда административные советы одобряли бюджет Парижа до его рассмотрения генеральным советом, реорганизованным в муниципальный совет столицы, и утверждались без учета мнения парижских нотаблей.
Функционирование правительственного аппарата стоило недешево. Чтобы контролировать расходы на его содержание, в 1807 году была учреждена Счетная палата, которую возглавил бывший министр государственного казначейства Барбе-Марбуа, подвергнутый опале после банкротства Союза объединенных коммерсантов. Наполеон рассчитывал получить необходимые ему средства путем взимания косвенных налогов. Так, с 1804 по 1810 год были восстановлены пошлины на алкогольные напитки. Непопулярный в народе налог на соль был в 1806 году заменен пошлиной. С 1810 года введена государственная монополия на табак.