На гетьмана знов було вибрано Михайла Дорошенка, який присягнув на вірність і був затверджений польським урядом. Дорошенко перевів орґанізацію 6.000-го війська реєстрових козаків, а для всіх тих, хто не попав в реєстр, для так званих «випищиків», показав знайомий шлях на Запорожжя. До реєстру було внесено найбільш заможніх статечних козаків, «козацьку буржуазію», як каже Грушевський. На цих реєстрових і спирався головно Дорошенко, стараючись тримати в своїх руках і Запорожжя, де він поставив залогу під проводом Івана Кулаги. Сойм 1626 року затвердив Куруківську «ординацію». Майже кожного року висилав Дорошенко послів до Варшави клопотатись про побільшення платні, про поширення прав, про змягчення деяких пунктів Куруківської ординації і, хоч не діставав позитивного полагодження своїх домагань, але залишався на строго лояльній позиції. Коли велика татарська орда в осени 1626 року кинулась була на Україну, Дорошенко разом з начальником коронного війська Стефаном Хмелецьким погромив її до щенту під Білою Церквою.
Але будова турками кріпостей на нижньому Дніпрі й нові татарські усобиці втягли Дорошенка у військові підприємства в Криму. Він відновив прежній союз з кримським претендентом Шагін-Гіраєм і весною 1628 року вирушив у поход. Козаки пройшли до Бахчисараю, але тут в бою втратили Дорошенка й колишнього гетьмана Оліфера Голуба. Одначе вони пробились аж до Кафи і разом з татарськими спільниками облягли її. Кафу піддержував з моря турецький флот. Але тут обидві татарські партії помирились і спільними силами вдарили на козаків, та козаки пробились через ворожі сили з боєм пройшли назад через увесь Крим і щасливо повернулись на Січ, ще й привезли з собою трофеї: гармати, які колись були взяті у поляків під Цецорою.
Замість Дорошенка козаки обрали на гетьмана Григорія Чорного, також представника лояльної партії, яка хотіла додержуватись умови з урядом. Рішено було що до кримських справ порозумітися з урядом. Посередником у переговорах служив Стефан Хмелецький який мав у козаків довірря. Постановили піддержати Шагін-Гірая як спосіб ослаблення Криму. Якби турки заявили протест, мали відповісти, що то своєвільні козаки-випищики роблять заколот. Але поход 1628 р. до Криму не мав успіху: причиною була незгода серед козаччини, і брак сильної, зручної руки провідника.
На Запорожжі все більше й більше набиралося своєвільного козацтва. Хмелецький доносив королеві, ніби його там було коло 40.000. Ця маса шукала виходу для своєї енерґії та й взагалі мусила чимсь прогодуватись, і новий поход на татар чи турків був єдиним виходом. Такий поход на Крим і був зроблений в 1629 році. Вирушило козаків 23.000. Але поход скінчився ще більшою неудачою, ніж попередній: татари розбили козаків під Перекопом, полягло їх там кілька тисяч. Це привело зараз же до зміни ватажків. В той час гетьман реєстрових козаків Грицько Чорний сидів з своїми полками по городах і стеріг разом із Хмелецьким Україну від татар. Поход на Перекоп був ділом виключеної з реєстру козаччини. Відносини між козаками реєстровими й нереєстровими все більше загострювалися. Запорожці вибрали собі свого окремого гетьмана, якогось Левка Івановича. Обидва ворогували між собою, полемізуючи в листах.
В кінці 1629 року закінчилась війна Польщі з Швецією, куди були затягнуті на службу й козаки з числа «випищиків». Вони повернулися на Україну й збільшили собою масу незадоволених. Повернувся й сам коронний гетьман Станіслав Конецьпольський, прихильник суворої політики у відносинах до козаччини. Польські жовніри, розкватировані по Україні, звичаєм того часу, дозволяли собі ріжні насильства й грабунки. Це дратувало населення й взагалі напружувало атмосферу. Хмелецький сам тоді помер, й не було кому впливати на злагодження відносин. Тимчасом козаччина (очевидно, городова) взяла дуже живу участь в церковних справах у Київі, де було скликано в серпні 1628 року собор для обміркування можливости якогось компромісу, якогось примирення з уніятами. На самім соборі козацькі представники зайняли різко непримириму позицію, вони погрожували Мелетію Смотрицькому, що приїхав до Київа, й усім прихильникам порозуміння з уніятами. Собор викляв останні писання Смотрицького, як незгідні з наукою православної церкви, і той скоро по тому, як знаємо, утік з Київа. Прокляли й Касіяна Саковича.
Але прихильники порозуміння робили свої спроби далі, піддержувані в цім з боку правительства. В часі сойму в лютому 1629 р. було вирішено, що на осінь у Львові має бути скликаний «генеральний сінод» з православних і уніятів, а перед тим мали відбутися окремі «сіноди», православних у Київі, й уніятів у Володимирі на Волині. Король видав навіть універсал про скликання тих сінодів. Але ще перед самим сінодом у Київі українська православна шляхта київського воєводства зложила рішучий протест проти угодової акції. А на самий собор явились непрохані учасники: делегати Запорожської Січи Андрій Лагода й Сопрон Сосимович. Під час засідання собору маса козаків почала тиснутись до церкви Успенія на Подолі, де відбувався собор. Вкінці козаки й шляхта, в супереч примиренським настроям православного духовенства, зірвали собор. До Львова на «генеральний сінод» ніхто з православних вже й не поїхав. Сами уніяти засідали й виробили форму порозуміння, найбільш цікавим пунктом якої був проект спільного українського патріярхату для православних і уніятів разом.
Релігійне напруження відбилося на відносинах серед самої козаччини, загостривши антагонізм між козаччиною реєстровою й низовою. Про Грицька Чорного розпускали чутки, ніби він присяг на унію. Коли він зажадав, щоб запорожці приставили до нього свою армату, то вони захопили зненацька Чорного, привезли на Запорожжя, судили й четвертували: одрубали спочатку руки, потім голову. Це сталося вже за нового запорожського старшого — Тараса Федоровича (Трясила). Це було гаслом до отвертого конфлікту.
Серед реєстрового козацтва почалася паніка, більша частина його поспішила до Корсуня, де стояв відділ коронного війська. Запорожці зажадали видачі їм реєстрової старшини. Коли їм відмовили, вони вдарили на Корсунь. Мішане корсунські перейшли на їх бік. Значна частина реестровиків, бачучи перемогу запорожців, теж перейшла до них. Тоді коронні відділи разом з вірними реєстровиками покинули все й вийшли з міста, а запорожці взялися паювати здобич.
Повстанці зосередили свої сили на лівім березі Дніпра, коло Переяслава. В маю 1630 року Конецьпольський переправився через Дніпро і вдарив на козаків. Подробиці цієї кампанії добре невідомі. Знаємо тільки, що бої тяглися три тижні, що Конецьпольський не мав успіху й мусів миритися на умовах, для козаків доволі лагідних. В пізнішій козацькій традиції переяславську кампанію представлено, як погром польського війська, а автор «Исторіи Русовъ» дав фантастичну картину «Тарасової ночи», яку потім Шевченко змалював у своїм відомім віршу. Але документальні відомості нічого не кажуть за якийсь погром, та й наслідок кампанії не відповідає цьому.
8 червня 1630 року було заключено в Переяславі умову. Тарас Федорович, якого уважали за головного привідцю повстання, залишив своє гетьманство, але не був виданий: його взяло на поруки козацьке військо до вирішення його долі королем. Куруківська умова залишалася в силі. Козаки обіцяли видати ватажків самовільних походів на море й попалити чайки. Реєстр збільшено до 8.000. Всім учасникам повстання проголошено амнестію. Виписані з реєстру мали бути повернені назад, і цим мала занятись мішана комісія з реєстровців і бувших повстанців. На гетьмана козаки вибрали Тимоша Орендаренка, й Конецьпольський його затвердив.
Так скінчилося це повстання. Розуміється, обидві сторони не були задоволені з його фіналу. Сам Конецьпольський називав цілу кампанію «комедією». Козаки ж так толкували переяславську умову, що мовляв, Куруківську ординацію скасовано, і їм тепер «усе вільно». Зараз після переяславської кампанії козаки зробили морський поход і пустошили Чорноморське побережжя коло Кілії, Балчика, Варни. Конецьпольський не вживав поки ніяких репресій, але коронне військо залишилося стояти на Україні за Дніпром.
До цих часів — після переяславської кампанії — належить нова спроба з боку західньо-европейських держав увійти в порозуміння з козаччиною й втягнути її в орбіту своєї політики. Є відомості, що Трансильванський воєвода Бетлен Габор мав якісь переговори з козаками в 1629 році за посередництвом царьгородського патріярха. Та він скоро помер. Одначе його діло продовжив шведський король Густав-Адольф. Ще в 1626 році вислав був він одного агента до козаків через Москву. Але Москва його не пропустила. В літку 1631 р. він зробив другу спробу й вислав двох післанців, які мали підмовити козаків стояти за вибір Густава-Адольфа польським королем, на випадок смерти Жигимонта III, і вислати козацький відділ на допомогу шведам в їх війні з Австрією. На цей раз Москва пропустила шведських післанців, бо московське правительство само збиралося воювати з Польщею. Післанці дістали в Москві виразну інструкцію звертатись тільки до запорожських козаків, а не до реєстрових. Одначе вони попали якраз до реєстровиків, і ті їх видали польському правительству.