Гадяцький договір передбачав перебудову польської Річи Посполитої в федерацію трьох самостійних держав: Польщі Литви й України. Перший пункт договору постанов, що Україна в межах воєвідств київського, чернігівського й брацлавського стає вільною й незалежною державою під назвою Великого Князівства Руського. Всі три народи творять три вільні республіки, обєднані між собою лиш особою спільного короля, всіми трьома спільно вибираного. Всі три народи мають спільними силами здобути береги Чорного моря й відкрити на ньому вільну навіґацію. Вони мають взаємно собі помагати в війні, навіть проти Москви, якщо Москва не поверне забраних нею литовських і білоруських земель. На випадок згоди Москви з Польщею, Москва може бути прийнята, як четвертий член славянської федерації.
Такий був зміст розділу договору. Другий містив постанови щодо внутрішнього устрою Великого Князівства Руського. Найвища законодатна влада належала національним зборам депутатів від усіх земель Великого Князівства Руського. Виконавча влада належала гетьманові, вибираному на все життя й затверджуваному королем. Велике Князівство Руське діставало свій найвищий судовий трибунал із діловодством українською мовою, свій власний скарб (фінанси), свою монету й свою армію: 30.000 козаків і 10.000 реґулярного найманого війська. Військо ані Польщі, ані Литви не мало входити на українську територію, а коли б у разі негайної потреби ввійшло, то ставало під команду гетьмана. Щороку гетьман мав подавати королеві реєстр по 100 козаків із кожного полку для надання їм нобілітації, себто шляхецької гідности.
Третій розділ трактував справу релігії. Унія мала бути скасована в усіх трьох державах: Україні, Литві й Польщі. Православна віра мала бути зрівняна в правах із римо-католицькою і в спільному сенаті мали дістати місця православний митрополит і єпископ.
Нарешті четвертий розділ, особливо цікавий, трактував питання просвіти. Він постановляв, що на Україні мали бути засновані два університети. Дозволялося засновувати колегії, гімназії з латинською або грецькою мовою навчання, взагалі всякі школи й друкарні, «скільки їх буде треба». Заводилася повна свобода друку й слова, навіть у релігійних справах, аби тільки не було в книжках або в дискусіях образи королівського маєстату.
Всі ці постанови були прийняті після довгих і завзятих суперечок. Українські депутати домагались, щоб до Великого Князівства Руського були прийняті ще воєвідства волинське, белзьке й подільське, себто всі західньо-українські землі. Помірковані українці умовили своїх гарячіших товаришів не йти покищо так далеко, щоб не попсувати всієї справи, й згодитися на менші вимоги.
Ще в Гадячі велися переговори, а вже між українськими й московськими військами почалися сутички. Брат гетьмана, полковник Данило Виговський, зробив спробу вибити москалів із Київа. Київські міщани йому допомагали. Але спроба ця не мала успіху. Московський воєвода, князь Юрій Барятинський. відбив наступ і, щоб помститись, зруйнував і випалив околиці Київа, при чім згинуло багато тисяч мирного населення. Як каже один російський історик (Ґ. Карпов), Барятинський ходив на лови за «зрадниками» й по шляхах до Київа повісив їх більш, як 3.000 людей.
Звістка про заключення Гадяцького договору була немов гаслом для початку отвертої війни між Україною й Москвою. Цар Олексій видав грамоту до всього українського народу, в якій оповіщав гетьмана Виговського зрадником і закликав народ не слухати його більше. Український уряд із свого боку розіслав маніфест до всіх європейських дворів, сповіщаючи про свій розрив із Москвою й виясняючи причини того розриву. В тому маніфесті стояло: «Ми, ціле Військо Запорозьке, заявляємо й свідчимо перед Богом і цілив світом, що великі війни, ведені з Польщею, не мали ніякої іншої мети, як тільки оборону святої Східньої Церкви й прадідівської свободи, якої любовю ми держимося, її провадив вічної памяти наш гетьман Богдан Хмельницький і канцлер наш Іван Виговський. Свої приватні справи відсунули ми далеко перед славою Божою й справами громадськими. Задля того ввійшли ми в союз із татарами, з пресвітлою королевою шведською Христиною, а потім із пресвітлим королем Карлом Ґуставом, і всім їм додержували вірність непорушно. І Польщі не дали ми ніколи причини нарушити договори, але всім додержали свято нашу вірність, умови й союзи. І не з інших мотивів прийняли ми протекторат великого князя московського, як тільки щоб, за Божою поміччю, нашу свободу, кровю здобуту й освячену, могли заховати й по смерті передати потомкам нашим». Далі говорилося в маніфесті, що цар московський не сповняв своїх обіцянок: завоювавши козацькою зброєю Литву, розпочав трактати із Польщею коштом України, вивопів війну її союзникові Швеції, поставив залогу в Київі, а нарешті задумав зовсім знищити Білу Русь і Україну з усім Військом Запорозьким, почав сіяти усобицю, піддержувати бунти проти гетьмана й наступати на Україну оружною рукою». Наприкінці зазначалося, що не на українців спадає відповідальність за нову війну, що вже загорається, і що вони, тільки примушені до цього, беруться за зброю.
Ранньою весною 1659 року більш як стотисячна московська армія під проводом князів Трубецького, Ромоданославського й Пожарського вирушила з Путивля на завоювання України руйнуючи й нищучи все на своїй дорозі вогнем і мечем. Недалеко від Конотопу затримав москалів хоробрий полковник ніжинський Григорій Гуляницький із полками ніжинським і чернігівським (всього коло 5.000 людей). Але він не міг удержати московської навали й зачинився в Конотопі, де протягом майже трьох місяців витримував облогу цілої московської армії. Ні завзяті штурми, ні підкопи з мінами, ні жорстока безпереривна канонада не мали успіху: Гуляницький геройськи боронив місто. Князь Трубецькой мусів задовольнитися тим, що зпід Конотопа робив наїзди на ближчі українські міста й села, палив їх, вирізував, а жінок і дітей забирав у неволю. Така доля стрінула Борзну. Ніжин відбився від ворога.
Завзята оборона Конотопа Гуляницьким дала Виговському змогу зібрати свої сили. Вже перед тим він почав організовувати відділи наємного, «затяжного», як тоді казали, війська з чужоземців: сербів, поляків, німців, волохів. Серби цілими тисячами вступали на українську службу. Прийшов на поміч кримський хан Магмет-Ґірей, з яким поновлено союз, і відділ польського війська під проводом Андрія Потоцького. З усіма своїми й союзними силами вирушив Виговський у червні місяці на визвіл Конотопа. Маючи добру розвідку, він наблизився до ворожої армії так, що та не знала всіх його сил, і коло села Соснівки, недалеко від Конотопа, вдарив на неї з двох боків. У кривавому бою 28 і 29 червня 1659 року московська армія була розгромлена. 30.000 московських трупів услали конотопівські поля. Кілька московських воєвод попали в полон, серед них князь Пожарський, якому за зухвалі слова в вічі самому ханові татари відрубали голову. Як пише про цю битву російський історик Соловйов, «цвіт московської кінноти, що відбув щасливі походи 1654 і 1655 років, загинув у один день, і ніколи вже після того цар московський не був у силі вивести в поле такого блискучого війська. В жалібній одежі вийшов цар Олексій Михайлович до народу, й жах напав на Москву. Удар був тим тяжчий, що був несподіваний!.. Трубецькой, на котрого покладали найбільше надій, муж на війні щасливий і ворогам страшний, згубив таке величезне військо! Після здобуття стількох міст, після здобуття литовської столиці, царська столиця Москва тепер затремтіла за свою власну безпеку: з наказу царя люди всіх станів поспішили на земляні роботи для укріплення Москви. Сам цар з боярами раз-у-раз приходив дивитися на ці роботи. Мешканці околиць із своїми родинами й майном наповнили Москву, і йшла чутка, що цар виїздить за Волгу, за Ярославль». Ждали, що Виговський піде просто на Москву.
Але ця тривога була даремна: Виговський не міг використати своєї блискучої побіди. В його за плечима кувалася зрада й підготовлялося повстання. Він загнав розбиту московську армію аж під Путивль і притиснув її до річки Сейму, але скоро мусів вернутися з більшою частиною війська на Україну. В запіллі в нього цілий ряд міст уперто ще тримався московської сторони: Ромен, Гадяч, Лохвиця, і їх треба було здобувати силою. В Київі сидів Шереметєв із Барятинським і робив звідти хижацькі рейди на околиці. Виговський вислав брата Данила й Андрія Потоцького добувати Київ. Але, головна річ — прийшла звістка, що Сірко напав на Крим, поруйнував ногайські улуси й забрав там велику здобич. Хан чим швидше поспішив із усією ордою додому, залишивши Виговському всього яких 2—3 тисячі татар. Приборкана торік Полтава знову повстала. Продовжувати наступ не було змоги.