Коли Тетеря весною 1665 року виїхав до Польщі, гетьманський титул захопила зовсім незначна фіґура повстанського ватажка Степана Опари. Він зійшовся з татарами, які перебували на Україні, як союзники поляків, і в червні 1665 року проголосив себе гетьманом. Але самі татари скоро спостерегли нікчемність Опари, заарештували його й предложили козакам вибрати іншого гетьмана. Правобережні полковники зїхалися на свято Покрови 10 жовтня до Чигирина й вибрали тимчасово гетьманом Дорошенка. Остаточно ж вибрала його загальна рада, яка зібралась у Чигирині в початку січня 1666 р. Так передають про вибір Дорошенка козацькі літописи, а інших джерел про цей факт ми не знаємо. Опара був виданий полякам, і ті його розстріляли.
Певна річ, вибираючи Дорошенка, козаки вважали на те, що він «з діда-прадіда козак», що він «поля знає», що він пройшов школу Хмельницького, і що на становищі гетьмана він думає зробити щось більше, ніж тільки задовольнити своє честолюбство. Оповідаючи про чигиринську раду в січні 1666 р., яка остаточно вибрала Дорошенка, Величко каже, що після вибору новий гетьман присягнув військові, а військо взаємно присягло йому на вірність, при чім, як висловлюється літописець, «не було специфіковано, при якім монарху залишатись, чи при польськім, чи при московськім». І далі Величко кілька разів підкреслює «невтральність» Дорошенка. Дехто з наших істориків добачає в постанові чигиринської ради виставлення програми політичної самостійности України. Одначе попервах новий гетьман мусів визнавати польський суверенітет, хоча б уже тому, що в цілому ряді важніших пунктів краю: в Чигирині, Корсуні, Білій Церкві та інших стояли польські залоги, а в самого Дорошенка спочатку була всього якась тисяча козаків, і вся його сила, як каже один сучасник, була в татарах.
Перед новим гетьманом лежало незвичайно важке завдання. Край був зруйнований, життя було розстроєне. Треба було насамперед укріпити свою владу в краю, де ще в цілому ряді місцевостей населення визнавало зверхність московського царя. Треба було зорганізувати солідну і надійну військову силу. Та насамперед треба було усунути претендентів до булави, в яких не було недостачі. Не встиг зійти зі сцени Опара, як «обізвався», як тоді казали, новий претендент, брацлавський полковник Дрозденко. Дорошенко мусів іти походом на Брацлав, узявши на допомогу відділи польського війська. Після кількатижневої облоги Брацлав піддався, Дрозденко був узятий у полон і розстріляний. Після того, укріпивши за собою східне Поділля, Дорошенко вернувся до Чигирина, який став його резиденцією, як була й за Б. Хмельницького й Виговського. Число прихильників Дорошенка почало швидко зростати, бо вже в часі облоги Брацлава було при ньому коло 20.000 козаків. Основою своєї збройної сили зробив Дорошенко полки т. зв. сердюків або серденят, які складалися з найманих «охотників» і які стали його головною опорою, бо не залежали від ріжних політичних хитань і настроїв і знали тільки свого вождя. Серед них були й чужоземні офіцери, які перейшли до Дорошенка з польської служби. Тримав при собі Дорошенко й відділи татарської кінноти, також або за плату, або на правах союзників. Але ці союзники дорого обходилися українському населенню: тяжко було їх утримувати від пустошення краю й забирання людей у ясир, у неволю. Це була та плата, яку татари брали за свій «союз», починаючи ще з часів Б. Хмельницького. В перших місяцях свого гетьманування Дорошенко визнавав над собою зверхність польського короля й протекторат кримського хана, його союзника, й, здобуваючи міста, приймав від них присягу «королеві й ханові».
Тимчасом, коли на правому березі Дорошенко робив перші кроки для скріплення своєї влади й якогось заспокоєння краю, на лівому березі Бруховецький посувався щораз далі по шляху зміцнення московської влади над Україною, сам ідучи назустріч московським бажанням і роблячи всякі уступки ціною особистих користей своїх і своїх прихильників. У вересні 1665 року він сам поїхав до Москви з численною асистенцією ґенеральної старшини, полковників, сотників і нижчої старшини, представників від духовенства, міщанства й від рядових козаків; всього поїхало з ним понад 500 людей. Бруховецькому зроблено врочисту зустріч, він відбув авдіенцію в царя, якому підніс багаті подарунки, а потім почалася ділова справа приїзду. Гетьман заявив бажання одружитися з якоюсь «московською дівкою» й прохав визначити йому молоду; далі просив собі маєтностей поближче до московської гряниці й присланая на Україну значнішого відділу московського війська для своєї особистої охорони. Бруховецькому порадили одружитися з дочкою князя Долгорукого, представника одної з родовитіших московських фамілій, і цей шлюб скоро потому відбувся в Москві. Але головне — гетьман зробив заяву, що він «бє чолом цареві всіми українськими городами», що означало по його розясненню, що скрізь по Україні, всі податки з міщан і селян мають збиратися безпосередньо до царського скарбу, що туди ж мусіли б іти всі українські державні регалії — доходи з продажу горілки й митні збори з чужоземної торговлі, та щоб по всіх важніших містах України призначено було царських воєвод із військом: до Київа, Чернігова, Переяслава, Канева, Ніжина, Полтави, Новгороду-Сіверського, Кремінчука, Кодака й Остра. Тільки самі козаки були непідсудні воєводам, а решта населення віддавалася під їх управу. Це був плян, який уже від довшого часу розвивав Филимонович (тепер уже єпископ), але Бруховецький вагався був із ним виступати. Розуміється, все це було прийнято московським урядом із великим задоволенням, тим більше, що значна частина цих плянів ішла від нього самого. Проект реформи, поданий Бруховецьким, був викладений на письмі в формі «статтей», на їх основі складено договір, підписаний обома сторонами, й викладено його суть у формі царської грамоти гетьманові з дня 11 грудня 1665 р. Після того визначено заплату за такі щедрі уступки коштом української автономії: сам Бруховецький дістав титул боярина й цілу Шептаківську волость на північній Чернігівщині, в вічне володіння; вся старшина дістала маєтності й московське дворянство; духовенство — маєтності, а міста: Київ, Переяслав, Ніжин, Канів, Чернігів, Почеп, Гадяч, Стародуб, Козелець і Остер — підтвердження маґдебурзького права. В часі перебування гетьмана в Москві військовий писар Захар Шийкевич посварився й полаявся на одному бенкеті з старшинами і був засланий, на просьбу гетьмана, на Сибір. При від'їзді з Москви гетьман і всі, що були з ним, дістали щедрі подарунки соболями.
Повернувся Бруховецький на Україну на початку 1666 року. Він почував себе твердо й поводився з старшинами згорда. Тих, хто в чім-небудь перечив йому, він хапав і засилав до Москви, звідки їх засилали далі до Сибіру або куди-інде. Бруховецького давно вже не любила його власна старшина й інтригувала проти нього, ще бувши разом із ним у Москві. Тепер посипалися на нього ріжні доноси. Посварився з ним і його колишній прихильник, завзятий інтриґант єпископ Методій Филимонович. Не вмів ладити Бруховецький і з московськими воєводами; раз-у-раз виникали у нього сварки то з київським воєводою Шереметєвим, то з кимсь іншим. Та найгірше були обурені проти Бруховецького народні маси, коли вони нарешті зрозуміли, з якими «подарунками» для них повернувся гетьман із Москви. На початку 1666 року появилися на лівобережній Україні царські воєводи, стали залогами по містах, а за ними понаїздили перепищики, які робили перепис населення, скільки його де є, й які воно має достатки, щоб збирати потім податок грішми, хлібом і всякими продуктами. Переписані книги відсилано до Москви, а копії залишалися на Україні, щоб по них збирати в царську казну податки; вже в квітні 1666 р. до Москви почали прибувати гроші, мед і хліб, зібрані з міщан і селян на Глухівщині, Чернігівщині, Лубенщині, Стародубщині та по інших місцевостях. Серед народу це викликало велике незадоволення, яке росло в міру того, як агенти московської влади щораз ближче ставали до українського населення, і своїми поводженням і звичками, такими чужими й осоружними для українців, дошкуляли їм. Проти Бруховецького підіймалося загальне обурення, й він стратив усяку популярність, яку колись мав, як заступник і оборонець інтересів «черні». Разом із Бруховецьким тратила популярність і московська протекція.