Але це відновлення козаччини на правобережній Україні служило одною з важніших перешкод до заключення «вічного миру» між Польщею й Москвою, про який особливо дбала польська сторона. Вже скоро після своєї перемоги над турками Ян Собеський почав нахиляти Москву до такого миру й до союзу проти турків; до цього союзу приступили крім Польщі й Австрії ще Венеційська республіка й римський папа. В самому кінці 1683 року в тому самому селі Андрусові, де колись заключене було в 1667 р. відоме перемиря, почалися переговори між польською й московською делегаціями про заключення «вічного миру». Гетьманському урядові з Москви запропоновано прислати для присутности при переговорах і свою делегацію, але Самойлович відмовився під претекстом, ніби не встигне за короткий час вирядити своїх представників: він був дуже проти порозуміння Москви з Польщею й усіми силами намагався перешкодити заключенню «вічного миру». Справді завдяки Самойловичеві переговори на цей раз до заключення миру не довели і в кінці лютого 1684 року припинились. Було продовжене лише на кілька років перемиря. Самойлович боявся, що «вічний мир» між Польщею й Москвою остаточно санкціонує розділ України на дві частини, і що вже потім обєднати їх буде тяжко. Хоча Самойлович, особливо в останні роки свого гетьманування виявив багато несимпатичних рис, які нажили йому багато ворогів: необмежене властолюбство й користолюбство, пиха, старання скрізь на впливових посадах мати членів своєї родини або родичів (три його сини були полковниками), — все ж таки він був українським патріотом і прихильником як найширшої автономії України. Він хотів обєднати всі українські землі під булавою одного гетьмана й тому був проти миру з Польщею й спільної з нею боротьби проти турків і татар. Він не хотів знищення Криму, бо тоді б Україна була звідусіль оточена московськими володіннями й не мала б на кого, в разі потреби, опертись. Один із українських учених (В. Пархоменко) висловив недавно думку, що в Самойловича були таємні зносини з Кримом і що він таки дійсно старався робити перешкоди успіхові боротьби з Кримом, у чому його в свій час обвинувачено і що, як ми зараз побачимо, його й погубило. Спочатку Самойлович тримався супроти Москви не тільки льояльно, але й дуже поблажливо, але згодом, укріпившися на гетьманстві і вважаючи свою владу досить міцною, почав держатися супроти Москви незалежніше, критикував, часом доволі різко, її політику, особливо в такому кардинальному питанні як справа союзу з Польщею проти Туреччини й Криму. Одначе між Москвою й Польщею, не зважаючи на опозицію українського гетьмана, прийшло таки до порозуміння. Весною 1686 року в Москві заключено з Польщею «вічний мир» і взаємний союз проти Туреччини й Криму.
На основі цього миру Польща назавжди зреклася Лівобережної України, а на правому березі уступала цареві Київ із невеличкою округою між річками Стугною й Ірпенем. Запорожжя залишалося в виключному підданстві московському цареві. Москва за уступку Київа мала виплатити Польщі 146.000 рублів. Щодо середньої Київщини над Дніпром, з містами Ржищевом, Трахтемировим, Каневом, Мошнами, Черкасами, Чигирином, то постановлено, що польський уряд покищо не буде їх відновляти й заселяти, але що це питання остаточно має бути вирішене згодом. Москва зобовязувалася йти воювати Крим, а якби турки рушили на Польщу, прислати на поміч військо; Польща ж мала перегородити своїм військом шлях турецьким силам, якби вони пішли на Київ.
Довідавшися про умови миру, Самойлович голосно виявляв своє незадоволення, отверто казав: «Не послухала мене дурна Москва, замирилася з ляхами, тепер купила собі лиха за свої гроші», грозив, що Україна сама буде думати за себе, й вислав до польського короля лист із протестом проти передачі Польщі правобережної України. Але, виявляючи голосно своє незадоволення, і тим настроюючи проти себе Москву, Самойлович не помічав, що він уже не має якоїсь надійної опори в себе вдома, серед козацької старшини, і що його опозицію до Москви домашні вороги готові використати проти нього самого. А він до того ще й сам тоді доклав рук до знищення одної з основ української автономії, допомігши підпорядкувати українську православну церкву московському патріярхові.
Українська церква з самих початків церковної організації на Україні-Русі залежала від патріярха царгородського. Ця залежність у XVII ст. носила лише властиво номінальний характер, але після унії з Москвою 1654 р. служила для неї заборолом проти московських зазіхань. Як знаємо, митрополит Сільвестер Косів дуже нерадо погодився на присягу московському цареві. Другий по ньому митрополит Діонісій Балабан (1658—63) був отвертим неприхильником Москви й стояв за федерацію з Польщею. Його наступник Йосиф Тукальський (1663—1675) був поборником самостійности України; він і не жив у Київі, а перебував у гетьманській резиденції в Чигирині. По його смерті Москва довго не допускала вибору митрополита, й митрополичий престіл 10 років залишався вакантним; «містоблюстителем» його був спочатку відомий москвофіл єпископ Методій Филимонович, а потім такий же прихильник Москви, архиєпископ Чернігівський Лазар Баранович. Одначе й вони стояли за незалежність української церкви від Москви. Довідавшися, що Бруховецький просив дати для України митрополита з Москви, Методій гукнув у вічі московському воєводі Шереметеву, що «нам краще смерть прийняти, ніж митрополита з Москви». Московський уряд зачекав іще кілька років, але в 1684 році знову виставив проект вибору київського митрополита з тим, щоб митрополія київська надалі залежала не від Царгородського, а від московського патріярха. На цьому настоював особливо московський патріярх Йоаким, людина дуже властолюбна й великий ворог українців.
Гетьман пішов назустріч Москві, бо він мав у цій справі свої особисті інтереси. Річ у тому, що незадовго до цього часу переїхав на лівобережну Україну князь Гедеон Четвертинський, єпископ луцький. Він зійшовся з гетьманом, і той одружив свою дочку з небожем єпископа, князем Четвертинським. Єпископ Гедеон став своєю людиною для Самойловича, і той виставив його кандидатуру на митрополита. Вибори митрополита відбулися на свято Петра й Павла 29 червня 1685 року в Київі. На раді переважали люди світські. Український уряд заступали ґенеральний осавул Мазепа й чотири полковники. Під явною пресією з боку уряду вибрано Гедеона Четвертинського. Восени того ж року Гедеон поїхав до Москви, де патріярх Йоаким урочисто висвятив його на митрополита. Гетьман вислав до Москви ґенерального писаря Кочубея дякувати за скасування церковної автономії України. В Москві нового митрополита щедро обдарували грішми й соболями, але треба було ще досягти згоди патріярха царгородського. До Царгороду були вислані післанці від царя й від гетьмана, які повезли туди соболі і червінці. Одначе не тільки царгородський патріярх, але й інші, особливо патріярх єрусалимський, ні за що не хотіли змінити порядок, який існував уже сім століть і до якого звикли обидві сторони. Тоді московський посол звернувся до турецького візира, і той примусив царгородського й інших вселенських патріярхів згодитися «добровільно» на відлучення Української церкви від Царгороду й на підпорядкування її Москві. Українське духовенство було тим усім дуже вражене, багато людей, як висловився сам гетьман, «обріталося аки в розтерзанії ума», але нічого не могли вдіяти супроти гетьмана й Москви.
Наслідком договору Москви з Польщею про «вічний мир» був розрив із Туреччиною й Кримом і спільний похід московських та українських військ на самий Крим. Нерадо готовився до цього походу гетьман Самойлович: його порад не розривати з Кримом не послухали, як не послухали й поради, коли вже воювати, то вибиратися в похід яко мога раніше, скоро тільки настане весна, щоб устигнути пройти безводний степ перед тим, як почнеться літня спека. Москва рішила нанести удар татарам в самому їх серці, в Криму, а рівночасно Польща, Австрія і Венеція мали оперувати проти турків. Зібрано величезну московську армію в 100.000 людей під проводом князя Василя Ґоліцина, фаворита царівни Софії, яка тоді фактично правила московською державою. Тільки в кінці травня ця армія, яка мала з собою величезний обоз на 20.000 возів, дійшла до запорозьких степів, де до неї, між річками Ореллю й Самарою, прилучилася 50-тисячна українська армія під проводом гетьмана. Рушили просто на Перекоп. Уже почалася спека. Того літа не було дощів, трава вся висохла й вигоріла від палючого сонця. Порох і духота мучили людей. Не було ні води, ні корму для багатьох десятків тисячів коней. У Самойловича розболілися очі, і він отверто лаяв Москву, що вигадала цей «безглуздий» похід. Коли дійшли до Великого Лугу, недалеко Хортиці, почався степовий пожар. Широкі простори обернулися в море вогню, який обернув степ у чорну, випалену пустиню: це татари підпалили суху траву, щоб утруднити ворогам похід. Але серед москалів пішла чутка, що це, мовляв, самі українці в порозумінні з татарами підпалили степ, щоб не допустити розгрому Крима, бо коли Крим буде завойовано, то ні на кого буде козакам опертися проти Москви. Тепер довелося йти випаленим степом під пекучим літнім сонцем. Люди й коні почали масами гинути від хвороб. Нарешті армія мусіла зупинитися вже недалеко від Перекопу, й на воєнній раді було ухвалено вислати на низ Дніпра під турецьку кріпость Кизикермень 20.000 українського й 20.000 московського війська, щоб там пильнувати татар і не допустити їх вирушити на Україну або на Польщу, а головні сили мали почати відступ назад, щоб не загубити всієї армії. Над українським корпусом, до якого мали прилучитися й запорожці, призначено наказним гетьманом сина Самойловича Григорія, полковника чернігівського, над московським воєводу Неплюєва.