Головна маса війська почала помалу відступати назад на Україну, не бачивши в вічі ані одного ворога. Всі були розлючені невдачею й даремно понесеними трудами й жертвами. Шукали, як звичайно в таких випадках буває, винуватого. І все лихо окошилося на Самойловичу. Старшина давно вже не злюбила гетьмана за його самовладні звички, за сувору й зневажливу поведінку з нею. Обвинувачувано його в користолюбстві, в потуранні своїй рідні, яка засідала на важніших посадах і чинила всякі самоуправства, брала хабарі. Серед гуртка вищої старшини тут же на поході склалася змова: обвинуватити гетьмана перед москалями в зраді й скинути його. Було складено донос на гетьмана, підписаний ґенеральним обозним Дунин-Борковським, суддями Вуєховичем і Кочубеєм, ґенеральним писарем Прокоповичем і «заслуженими у війську особами»: Солониною, Гамалією, Лизогубом, Дмитрашком-Райчею і Забілою, й подано Ґоліцинові. Самойловича обвинувачено в неприхильності до Москви й бажанні створити з Гетьманщини незалежну державу, в користолюбстві, в зневажливому поводженні з старшинами, а найголовніше — в порозумінні з татарами, щодо спалення степу. Ґоліцинові донос був дуже на руку: знайдено було винуватого в ганебному результаті так широко задуманого військового підприємства. Він поспішив негайно вислати донос у Москву, не подавши гетьманові й знаку. Але перше, ніж донос прибув до Москви, туди вже дійшла чутка про те, ніби гетьман звелів палити степ, і московський уряд негайно вирядив думного дяка Шакловитого запитати гетьмана: що це означає? Через тиждень прибув із Москви до Ґоліцина й наказ: арештувати гетьмана й вислати на Московщину, а козацькому військові вибрати нового гетьмана.
22 липня 1687 року в таборі над річкою Коломаком, уже на границі Гетьманщини, старшина заарештувала Самойловича й передала Ґоліцинові, а той відіслав його до Москви. Тут же в таборі 25 липня відбулася рада, яка обрала гетьманом ґенерального осавула Івана Мазепу. Зразу ж як арештовано Самойловича, в козацькому війську почалися розрухи: прості козаки почали бити старшину, але московське військо втихомирило бунт. Ще більші розрухи вибухли в козацькому корпусі, що вирушив був у похід під проводом Григорія Самойловича, як тільки туди дійшла чутка про арешт гетьмана. Полковника прилуцького Лазяра Горленка вбито, інших поарештовано. Григорія Самойловича оборонили сердюки, але його було скоро по тому взято й вислано за батьком на Московщину. Розрухи втихомирили силою москалі.
Над гетьманом Самойловичем не роблено ні слідства, ні суду: його просто заслано разом із сином Яковом до Сибіру. Гірша доля судилася Григорієві: воєвода Неплюєв пограбував його майно і, щоб укрити сліди, обвинуватив у «зраді». Нещасливого гетьманича повезли в Сєвськ, брали там на тортури й відрубали голову: щоб збільшити муки, кат тричі рубав йому голову: так помстилася Москва за те, що Григорій Самойлович, бувши полковником чернігівським, заборонив війтові повісити на ратуші знак московського двоголового орла, коли той хотів тим приподобатися московському воєводі. В вину йому ставлено те, що він завжди лаяв Москву, дарма, що був вихований при царському дворі разом із братами (старший син гетьмана Семен, полковник стародубський, помер у 1685 р.). Так загинула ціла родина гетьмана Самойловича, що був безперечно українським патріотом і мріяв про як найбільшу самостійність України, був добрим політиком і адміністратором, але занадто честолюбною людиною, яка не вміла й не хотіла жертвувати інтересами особистої карієри для загального добра. Обвинувачуючи його перед Москвою в «зраді», козацька старшина, як слушно зауважив проф. В. Пархоменко, сама «знову зрадила Україну, промінявши її загальнодержавні інтереси на свої клясові й підвела гетьмана під московську кару».
Коломацька рада, яка вибрала Мазепу гетьманом, дуже нагадувала своєю обстановою раду в Козачій Діброві, яка 15 років перед тим вибрала Самойловича: майдан над річкою Коломаком оточили московські полки; посередині майдану поставлено було царське шатро для Ґоліцина, який мав передати клейноди нововибраному гетьманові. Козаків на раду допущено коло 2.000. Після молебна Ґоліцин запитав їх, кого вони хотять мати гетьманом? Дехто вимовив імя Мазепи, так було наперед умовлено: річ у тому, що напередодні ради в наметі Ґоліцина відбулася нарада Ґоліцина з ґенеральною старшиною, і на цій раді були підвищені в своїх ранґах усі учасники змови проти Самойловича: Лизогуб, Гамалія, Дмитрашко-Райча, Солонина й Забіла дістали полковницькі уряди, ґенеральний писар Прокопович став ґенеральним суддею (другим), а «реєнт» (управитель) ґенеральної канцелярії Кочубей став ґенеральним писарем. Треба думати, що на цій нараді було умовлено й вибір Мазепи, який потім, коли став гетьманом, зразу ж нагородив їх маєтностями. Отже, на раді, коли було названо імя Мазепи всі почали його вигукувати, й Мазепа був вибраний. Він тут же заприсягнув цареві на вірність і підписав (складені також напередодні) нові «статгі» в 22 пунктах, які де в чому доповнювали статті, списувані перед тим при кожних виборах нового гетьмана. Старшина хотіла була добитися права зносин із чужоземними державами, але в цьому було відмовлено і всякі листи, які могли прийти від чужих урядів, наказано негайно пересилати до Москви. Козаки, як звичайно, виговорювали собі права й привілеї: свободу від усяких податків і натуральних повинностей, спокійне володіння своїми ґрунтами, сіножатями, лісами, млинами і т. д.; підтверджувалися права київських і ніжинських міщан, зазначені в попередніх договорах; гетьман і старшина зобовязувалися дбати про зближення з москалями, особливо через мішані шлюби, щоб ніхто не казав, що Україна «якийсь інший край, під гетьманським регіментом». Воєводи московські мали стояти по старому в Київі, Чернігові, Переяславі, Ніжині й Острі, але не втручатися в місцеві справи. Оренди мали бути скасовані. Війська реєстрового постановлено мати 30.000. Підтверджено, щоб гетьман не скидав із посад ґенеральну старшину, не поспитавши наперед царського на те дозволу. Гетьман мав жити в Батурині, й при ньому, для охорони його особи, мав перебувати полк московських стрільців. На південній границі Гетьманщини здовж Орелі й Самари мали бути побудовані укріплені міста для охорони від татарських наскоків.
Після Самойловича залишилося величезне майно в грошах (коло пів міліона золотих) і в дорогих річах. Старшина хотіла, щоб усе це пішло до військового скарбу, але Москва настояла на тому, щоб половина пішла до царського скарбу, а половина до військового; вона фактично перейшла в розпорядження нового гетьмана.
*
В особі нового гетьмана лівобережна Україна дістала талановитого політика й адміністратора зі школи Петра Дорошенка. Іван Степанович Мазепа належав до православної української шляхти білоцерківського повіту на Київщині, де було її родове гніздо, село Мазепинці. Батько Мазепи пристав до козаків і в 1654 р. був білоцерківським отаманом. Мати будучого гетьмана походила з шляхетського роду Мокієвських, відзначалася гарячою прихильністю до православної віри, була «сестрою» Луцького братства, а пізніше, ставши вдовою, постриглася в черниці; вибір її сина на гетьмана застав її ігуменією Флорово-Вознесенського манастиря в Київі. Одинока сестра Мазепи, що була замужем за шляхтичем Войнаровським, покинула свого чоловіка за те, що він її силував перейти на католицтво, і сама теж постриглася в черниці, так само, як її дочка Марта. Син Андрій виховувався при дворі дядька-гетьмана. Ця любов до православної віри й глибока релігійність характеризували й самого Івана Мазепу.