В постійній опозиції до Мазепи стояло Запорожжя. Воно розуміло, що з завоюванням Криму й опануванням чорноморських степів могла скінчитися сама рація існування запорозької організації, як передової охорони границь України від кримських хижаків. Замирення цих границь і здобуття широких степових просторів грозило зробити існування Запорожжя зовсім зайвим. В інтересах запорожців лежало, щоб кругом були нерозорані поля, щоб не було хліборобського господарства й інтенсивної культури. Присунення осілої людности до берегів Орелі й Самари й будування там фортець дуже не подобалося запорожцям і зразу ж викликало в них конфлікт із гетьманом. Причиною до конфлікту було й те, що Запорожжя, як колись перед Богданом Хмельницьким, стало притулком для всяких опозиційних елементів українського суспільства; звідти виходили на Гетьманщину агітатори, які підбурювали народ проти старшини й проти гетьмана. Звідти нарешті вийшов і претендент до гетьманської булави, який марив увільнити Україну від московської надвлади й від своїх власних панів за допомогою Криму. Був це військовий канцелярист Петро Іваненко, або Петрик.
Ранньою весною 1692 р. ґенеральний писар Кочубей, під яким служив Петрик, вислав його з службовим дорученням з Батурина до Полтави. Петрик доручення виконав, а потім узяв та й утік на Запорожжя. Там він почав аґітувати проти гетьмана й проти Москви. Запорожці вибрали його своїм писарем. Проте особливого успіху аґітація Петрика не мала. Тоді він із кількома десятками січовиків поїхав до Криму й там 26 травня 1692 року склав формальний трактат в імені «Удільного Князівства Київського, Чернігівського і всього Війська Запорозького Городового й народу малоросійського». Це був договір між двома державами — Україною й Кримом, які умовлялися між собою про «вічний мир і братство» й взаємну оборону від Москви й Польщі. Повний текст цього договору в 16 пунктах уперше опублікував недавно (1927 р.) київський учений проф. Ол. Оглоблин. У договорі стояло, що князівство мало обіймати крім Гетьманщини ще правобережну Україну й частину України Слобідської — полки Сумський і Охтирський, а полки Харківський і Рибінський (?) мали бути переведені на правий берег Дніпра, щоб відкрити татарам вільний шлях для наскоків на Москву. Україна й Крим мали взаємно удержувати резидентів і всі справи й непорозуміння між собою полагоджувати дружнім способом. Застерігалося право вільної торговлі для обох сторін без усякого мита, а для українців спеціяльно право вільного рибальства й звіроловства на низу Дніпра й добування соли без усякої оплати. Проф. Оглоблин уважає, що договір цей має великий інтерес для історії української політичної думки і що основна його ідея — це визволення України зпід чужоземної влади та обєднання українських земель у одній окремій державі. Татарський хан визнав Петрика гетьманом і дав йому кілька тисяч орди під проводом калги. Петрик рушив на Україну і в липні 1692 р. прибув на Запорожжя. Запорозький кошовий Гусак із усіма курінними атаманами й 2000 товариства зустрінув Петрика й калгу хлібом-сіллю, одначе рада не зважилась отверто прилучитися до Петрика й дозволила йти лиш охотникам. Набралося чоловік 500 голоти, яку принаджувала перспектива пограбувати орандарів і панів-кармазинників, що їй обіцяв Петрик. Ця голота проголосила Петрика гетьманом, а калга-салтан дав йому клейноди: булаву, бунчук і корогву.
Петрик розіслав універсали, оповіщаючи, що він, за допомогою Кримської держави хоче визволити Україну «від тиранства Москви і від немилостивих панів» і закликав народ помогти йому «скинути московське невільницьке ярмо з вільних козацьких хребтів». Мазепа був у курсі всіх рухів Петрика й вислав негайно вперед чотири городові полки й один компанійський, а сам із пятьма компанійськими полками став під Гадячем, щоб звідси кермувати операціями. Він видав універсал до народу, де закликав не слухати «погибельного сина Петрика», не починати усобиці, яка поведе край до нової руїни, й грозив карами, хто стане на бік Петрика. Коли підійшли до гетьмана інші городові полки, він рушив на Полтаву. Петрик тимчасом наблизився до південних границь Гетьманщини, й деякі містечка над річкою Ореллю — Царичанка, Китай-Город піддалися йому й заявили охоту визволяти Україну від москалів. Але тут показалися гетьманські полки, й татари кинулись тікати. Мусів за ними вертатися й Петрик із купою своїх прихильників. Ті, що визнавали були Петрика гетьманом, були суворо покарані: царичанському сотникові відрубано голову, а китайгородського з кількома спільниками заслано на Сибір.
Але Петрик не вгамувався. В Криму сталася переміна: на ханському престолі втрете засів талановитий і енергійний Селім-Ґірей, колишній союзник Дорошенка. Він радий був шкодити Москві, яку ненавидів, і рішив піддержувати Петрика. В січні 1693 р. Петрик, маючи при собі татарську орду (по одній версії коло 30.000) і кілька сот козаків, появився знову на Україні. Запорожці на цей раз зовсім відмовилися брати якусь участь у його підприємстві, а міста Переволочна, й Кишинка, до яких він був підступив, не схотіли його приймати. Петрик дійшов був до самої Полтави, але полтавці поставили йому опір, а чутка про наближення великих українських і московських сил примусила й на цей раз Петрика тікати до Криму. Ще кілька літ завдавав Петрик клопоту гетьманським властям своїми інтриґами в Криму; він брав участь у пізніших наскоках татар на Україну, але після 1696 року сходить з історичної арени.
Вже давніше деякі наші історики (наприклад, Ф. Уманець) висловлювали погляд, що справа Петрика не була лиш його особистою авантюрою. В останніх роках проф. Ол. Оглоблин, досліджуючи діяльність Петрика й спираючися на свідченні літописця Величка, прийшов до висновку, що за Петриком стояла певна частина опозиційної старшини, а, можливо, й сам Мазепа, маючи на меті «скласти угоду з Кримом і за кримською допомогою вибитися зпід московської зверхности, вийти з антитурецької коаліції, добитися кращих умов задля українського торгу на Чорноморщині, утворити самостійну українську державу». Але, висунувши Петрика, Мазепа, мовляв, скоро збагнув, що справа не може вдатися, та й виступив сам проти його. Справді, в усій історії з Петриком багато ще темного й загадкового, й сказати щось певне, доки не знайдено явних доказів, дуже тяжко. В усякому разі справа Петрика свідчить за живучість української самостійницької традиції й політичної концепції союзу з татарами проти Москви серед козацької старшини. Проф Оглоблин на підставі деяких міркувань допускає навіть співпрацю Петрика в пізніші часи з Орликом і в конституції Орлика 1710 року вбачає деякі сліди Петрикового договору з Кримом 1692 р.
Тільки що вляглося хвилювання, викликане справою Петрика, як увага козацтва й народніх мас була відтягнута в бік боротьби з турками й татарами, боротьби, яку розпочала наново Москва за опанування доступу до Чорного й Азовського моря і в якій Україна мусіла взяти як найближчу участь. Ця боротьба захопила й Запорожжя та на якийсь час вгамувала його опозиційний настрій. Цар Петро склав плян кампанії на два фронти: з одного боку мали бути ведені операції на долішньому Доні, щоб узяти турецьку кріпость Азов і відкрити вихід до Азовського моря; з другого — мала провадитися військова акція на долішньому Дніпрі, щоб пробитися до Чорного моря. Мета цієї боротьби була зрозуміла українському народові, вона лежала в площі його життьових інтересів, і тому українська козаччина взяла в ній участь охоче й виявила в ній велике завзяття. В 1695 р. цар відбув свою першу облогу Азова, яка скінчилася для нього невдачею. Зате сполучена московсько-українська армія, яка оперувала під проводом Мазепи й боярина Шереметева на долішньому Дніпрі, взяла турецьку кріпость Кизикермень і цілий ряд турецьких фортів, зруйнувала їх і тільки в одному, в Таванську, була залишена українська залога з гетьманських і запорозьких козаків. На самому початку 1696 року татари разом із Петриком зробили наскок на лівобережну Україну й прорвалися аж до Гадяча, але Мазепа вжив енергійних заходів, і скоро татари були прогнані.
В 1696 р. відбувся другий похід і облога Азова. Цар Петро побудував на річці Дону біля Вороніжа цілу флотилію, спустився з нею до Азова й тут, після завзятих боїв, піддержаний 15-тисячним українським корпусом полковника Лизогуба, здобув міцну Азовську фортецю. Українські війська, як признався сам Петро, відіграли в здобутті Азова рішальну ролю.