Лівобережна гетьманщина остаточно (вже за Бруховецького) була поділена на десять військових округ, які називалися полками. Всі козаки, що жили на території даної округи, творили окрему військову одиницю — «полк», який відповідав більше-менше сучасній дивізії. Полки були такі: Київський, Чернігівський, Стародубський, Ніжинський, Прилуцький, Переяславський, Лубенський, Галицький, Миргородський і Полтавський. Територія Київського полку, крім невеликої округи на правому березі, обіймала пізніші повіти Остерський і Козелецький на Чернігівщині. На чолі кожного полку-території стояв полковник, який був заразом і воєнним начальником свого козачого полку, як бойової одиниці, й головою адміністрації полку, як округи. Біля нього стояла полкова старшина, що мала такі самі назви, як і ґенеральна, тільки що її функції поширювалися лиш на обсяг одного полку; отже були: полковий писар (начальник полкової канцелярії), обозний (начальник штабу полку й полкової артилерії), суддя, осавул, хорунжий.
Полк ділився на сотні, себто повіти, як територія і як менші бойові частини в складі полку. Сотень було в ріжних полках від десяти до двадцяти. Управа сотні була зменшеною копією полкової управи: отже були: сотник, сотенний писар, обозний, осавул і хорунжий; сотенного судді не було, бо сам сотник був головою сотенного суду. Зпід юрисдикції полковників були вийняті міста, які мали самоврядування на основі маґдебурзького права, підтвердженого царськими грамотами. Інші міста й сільські громади підлягали юрисдикції загальних козацьких властей.
Козацького війська було положено мати по договору 1654 p. 60.000. Але пізніше, особливо після того, як відпала правобережна Україна, число його зазначалося (по статтях 1669 і 1687 років) в 30.000. Окрім реєстрових козаків гетьмани мали ще цілі полки найманого, т. зв. охотницького війська; в Дорошенка вони називалися сердюками, у лівобережних гетьманів звичайно компанійцями. Хоч у гетьманських статтях говорилося звичайно за один полк на 1000 людей, але фактично тих полків бувало кілька, вони складалися з ріжних охочих людей на початку з чужинців: поляків, німців, сербів, волохів, тощо. За гетьмана Виговського була спроба орґанізувати реґулярне «затяжне», себто наймане військо; тоді на українську службу вступали цілі сотні й тисячі сербів. На Лівобережжі в останніх десятиліттях XVII ст. вже не було такого масового припливу чужинців на українську службу, але ряди старшини раз-у-раз поповнялися сербами, волохами, греками, які досягали на Україні навіть полковницьких посад. Козацьке військо було піше, хоч у похід кожен козак вирушував на коні: до бою козаки «спішувалися» й атакували ворога або оборонялися в окопах у пішому ладі. Окремих кінних відділів було небагато, і взагалі доброї кінноти українське військо не мало, чим пояснюється в значній мірі постійна участь татарської кінноти в війнах Хмельницького, Виговського й Дорошенка. Артилерія була значна й доволі добра. Окрім загальної «військової армати», кожен полк мав свою окрему артилерію
Про орґанізацію фінансової справи в українській козацькій державі, на жаль, ми знаємо небагато. Після революції 1648 року в розпорядженні гетьманського уряду опинилися державні добра, т. зв. королівщини, в межах трьох воевідств: київського, чернігівського й брацлавського; по обрахунку дослідника українського державного скарбу за Б. Хмельницького, проф. І. Крипякевича, ці маєтності давали польському скарбові річно коло 100.000 злотих доходу. Залишилися ще маєтності римо-католицької церкви й ті маєтності панів та шляхти, з яких повтікали й більше не поверталися назад їх власники. Бурхливі воєнні часи мало сприяли відновленню господарства, але подекуди воно було відновлене, й ми маємо відомості, що в деяких місцях «меди, чинші, пастви, оренди бралися на Хмельницького», себто йшли до військового скарбу, яким він розпоряджав. Щодо податків, то як це виходить із переговорів гетьмана з Москвою в 1654 рощ, він мав намір оподаткувати (себто відновити колишні норми оподаткування) селян і міщан, увільнивши від усяких податків козаків, духовенство, шляхту. Але здійснити цього йому не вдалось, як не вдалось потім збирати податки до царського скарбу. Всякі умовляння про це залишалися на папері, й тільки за Бруховецького зроблено спробу збирати податки через московських агентів до царського скарбу, але ця спроба, як знаємо, скінчилася дуже сумно для москалів. Отже для самого українського уряду залишалось, як головне джерело прибутків до державного скарбу, мито з привозного краму й посередні податки з меду, пива й горілки. Зберігся універсал Б. Хмельницького з р. 1654, в якому доручається орґанізувати митну справу на границях України (турецькій і московській) Остапові Астаматієві, пізнішому дипльоматові Дорошенка, й установляється такси митних оплат, так званої «індукти», з привозного краму. Як свідчить Павло Алепський, митні побори на гряницях і доходи з оренди гарячих напитків приносили українському державному скарбові 100.000 червоних золотих річно. Щодо видатків, то вони йшли головно на військо й на удержання дипльоматії, що коштувала дуже дорого, бо був звичай, щоб чужі посольства, поки вони перебували на Україні, жили коштом українського уряду. З 1655 р. маємо згадку про «гетьманського підскарбія», котрий, як можна думати, провадив гетьманську касу, а може й взагалі кермував справами державного скарбу. Поборці державних прибутків називались індукторами або екзакторами. Їм здавалося від уряду добирання митних та горільчаних поборів. В полках були полкові підскарбії, що завідували касою полку.
Одним із джерел державних прибутків був податок від млинів. Від кожного млина до військового скарбу бралося дві третини «розміру». Зразу після «Чорної Ради» 1663 р. Бруховецький призначив на посаду «військового підскарбія», або «дозорці скарбу військового» ніжинського сотника Романа Ракушку, який, займаючи цю посаду до р. 1669, перевів дуже добре орґанізацію оподаткування млинів, дбаючи про «вшелякоє розмноження скарбу військового по всіх полках». Крім млинів, як джерело прибутків, були рудні: власники рудень платили до військового скарбу доволі великий податок натурою, себто залізом, що на руднях вироблялося.
Одним із важніших привілеїв козацтва було здобуте ним по революції 1648 р. право вільно курити й продавати горілку. Але потреби державного скарбу примусили оподаткувати горілчаний промисл, так само, як і продаж дьогтю та тютюну. За гетьманування Юрія Хмельницького заведено оренди на продаж горілки. Право вільно викурювати горілку, варити пиво й ситити мед залишалося за козаками, але продавати в роздріб вони вже не сміли. Многогрішний дозволив курити горілку й селянам, але завів податок «показанщину»: козаки або духовні особи платили по 50 копійок від казана, а посполиті по 1 карбованцю. Крім козаків привілей курити й продавати горілку мали ще й міщани міст із магдебурзьким правом. Зїзд старшин 1669 р. в Батурині ухвалив завести оренди на продаж дьогтю, горілки й тютюну. Оренди перебирали приватні люди, а іноді й цілі корпорації. Так у 1686 р. Лубенський полк перебрав на себе оренду на продаж горілки, тютюну, дьогтю та на збори з млинів на суму 17.000 золотих на рік, яку мав вносити до військового скарбу. Була установлена й тверда ціна на продаж горілки: кварту горілки продавано по 5 осьмаків. Продукти, віддані в оренду, можна було продавати тільки гуртом орендарям, а горілку не менше, як 100 кварт відразу. Мед, пиво й брагу дозволено було вільно всім продавати.
Недавно київський архівіст В. Романовський знайшов дуже цікавий розпис прибутків і видатків українського державного скарбу за 1678 р. З нього видко, що оренда в році 1678 по всіх 10 полках Гетьманщини мала дати 77.000 золотих, але до 28 жовтня того року на руки підскарбія вступило всього 44.656 золотих. Головні видатки йшли на удержання компанійських полків і взагалі на потреби в звязку з Чигиринською війною. Витрачено було до 27 липня 1678 року 40.181 золотих. Між іншим, із державного скарбу заплачено літературний гонорар: 100 золотих із наказу гетьмана Самойловича заплачено студентові Олександрові Бучинському за видання двох поем про Чигиринську війну.