Мазепа уважно стежив за розвитком подій на Правобережжі. Він радив цареві Петрові; щоб той прийняв під свою владу правобережну Україну, принаймні хоч Білу Церкву з Палієм. Але цар не хотів про це й чути: він зовсім не хотів псувати своїх союзних відносин із Польщею, котра була втягнута в війну проти шведів. Він не тільки не думав приймати Палія в підданство, але вимагав, щоб Палій припинив повстання й покорився Польщі, й не дозволив Мазепі подати ніякої помочі повстанцям.
Народне повстання було здане на свої власні сили, й польський уряд його приборкав. Польський гетьман Сінявський вирушив із цілим військом. Він випер Самуся з Немирова, потім обложив Ладижин, де замкнувся полковник Абазин. Після геройської оборони Ладижин узято штурмом, усіх оборонців поголовне винищено, при чім загинуло 10.000 народу, а Абазина посаджено на кіл. Після здобуття Немирова й Ладижина почалися страшні репресії. Багато тисяч повстанців покарано смертю, в 70.000 людей обрізано ліве вухо… Один Палій держався в своїй Білій Церкві. Сінявський посилав листи за листами до гетьмана Мазепи, прохаючи допомогти проти повстанців. Але Мазепа не міг підняти руку на своїх земляків і одновірців. Він прийняв у себе Самуся, котрий віддав йому свої гетьманські клейноди, дав притулок у себе й козакам, які вернулись після погрому на правому березі Дніпра.
При таких обставинах раптом Мазепа дістав весною 1704 р. наказ від царя вирушити з цілою українською армією на правий берез Дніпра і йти в глиб Польщі на поміч партії короля Авґуста Саксонського проти партії Станіслава Лещинського. Мазепа окупував Київщину й Волинь. Він вислав уперед 17-тисячний український корпус під проводом полковників Апостола й Мировича, котрий прилучився до саксонських військ і оперував разом із ними проти шведів на Познанщині. Козаки під проводом Апостола розбили шведський відділ Лейонгельма і взяли в полон 300 шведів. Козаки Мировича взяли участь у здобутті від шведів Варшави. Сам Мазепа задержався в Бердичеві. В нього виник конфлікт із Палієм. Хоча Мазепа й Палій хотіли того самого — злуки правобережної України з Гетьманщиною, але вони дуже ріжнилися своїми політичними поглядами й своєю тактикою. Палій був щирий демократ, він хотів удержати справжнє народоправство й такі порядки, які були хіба що на Запорозькій Січі; він ворогував проти панів і шляхти. В очах Мазепи він був небезпечний демаґоґ, тим більше, що народні маси дуже любили Палія, для яких він був «козацький батько». Мазепа боявся, що Палій захоче й при ньому грати якусь самостійну ролю, як він це робив під Польщею. Може бути, що Мазепа підозрював Палія в честолюбних замірах і в претензіях до гетьманської булави. Щоб збутися такого небезпечного союзника, Мазепа звелів заарештувати Палія й вислав його до Батурина, а потім до Москви. Звідти Палія заслано до Сибіру. Конфлікт між Мазепою й Палієм зробив глибоке вражіння на народні маси: ще й донині збереглася в численних варіянтах пісня про Мазепу й Палія, де всі симпатії народу лежать по стороні Палія.
Карл XII розбив Авґуста й вигнав його з Польщі. Шведи взяли Львів, і українське військо мусіло відступити. Одначе Мазепа вдержав за собою Волинь і Київщину й, коли Карл погнався далі на захід за Авґустом і переніс війну до Саксонії, 40-тисячна українська армія під проводом Мазепи рушила літом 1705 року до Галичини. Львів і ціла Галичина були окуповані українським військом. Воно дійшло аж. до Сандоміра. Одначе нові побіди Карла привели до нової зміни в військовій обстанові Шведи рушили були на Литву, й сам Карл підійшов до Городна. Литовські магнати й шляхта стали переходити на його бік, визнаючи королем Станіслава Лещинського. Москалі старалися затримати наступ шведів, і ранньою весною цар Петро викликав на поміч Мазепу, який у березні 1706 року прибув до Мінська з 14.000 війська. Козаки стали залогами в Мінську, Слуцьку, Несвіжі й Ляховичах. Тут козакам не пощастило: шведи взяли Несвіж, де загинув Миклащевський, полковник стародубський, а потім після довгої облоги добули й Ляховичі, де попав у полон Мирович, полковник переяславський. Тимчасом Карл XII, затримуючи ворогів дрібними сутичками на Литві й Білорусі, кинувся з головними своїми силами до Саксонії й окупував її аж до Липська. Це примусило Авґуста почати переговори про сепаратний мир. 18 вересня в Альштранді заключено мир: Авґуст зрікся польської корони на користь Станіслава Лещинського й розірвав свій союз із Москвою. Карло мав тепер змогу обернутися з усіма своїми силами проти останнього свого ворога, проти царя Петра.
Восени 1707 року Карл рушив з Саксонії на схід. Йому властиво треба було знову завойовувати Польщу, окуповану українсько-російськими військами при допомозі прихильників Авґуста. Невідомо одначе було, куди він саме рушить, чи на Польщу й звідти на Україну, чи на Литву й звідти просто на Москву. На Україні почалася тривога. Цар Петро звелів гетьманові Мазепі стягати до купи свої сили й почати поспіхом укріпляти самий Київ. Україна вже сьомий рік несла тягар шведської війни й поклала на цю війну величезні жертви. Десятки тисяч українських козаків полягли в далеких краях — у Фінляндії, Ліфляндії, Литві, Польщі, Саксонії за чужу для них справу, а цар вимагав щораз нових жертв. Край був страшенно виснажений і зруйнований економічно. З України вивозилося безконечне число хліба й усяких інших харчів; торговля припинилась; маси сільського населення примусово виганялися на фортифікаційні роботи. Серед народу, серед козацтва й навіть серед козацької старшини йшли голосні нарікання: коли ж цьому нарешті буде кінець? Непевні політичні перспективи примушували задумуватися над будучою долею України. Було ясно, що для Петра Україна була лише знаряддям для його власних цілей, які зовсім не були згідні з інтересами українського народу. Мазепа хотів удержати за собою правобережну Україну. Цар Петро готовий був віддати її назад Польщі, аби тільки знайти в ній союзників проти Карла. Ходили чутки, що він готовий віддати Україну як компенсацію кому вгодно, — полякам, шведам, аби тільки купити собі цією ціною шматок побережжя Балтійського моря. На Україні боялися, що коли Карл піде просто на Гетьманщину, то цар залишить її на її власні сили, аби оборонити свої придбання на півночі й саму Москву. Все це утворювало на Україні незвичайно тривожний настрій і приводило до того, що українські патріоти разом із самим старим гетьманом мусили поважно задуматися над питанням, що далі буде з Україною й що далі їм треба робити. Виникла думка: чи не пошукати яких інших політичних комбінацій, ніж протекторат московського царя ? …
Ми підходимо тут до виключно важного в українській історії моменту, який звичайно звязують із іменем одної особи, а саме особи гетьмана Мазепи. Це так звана «зрада» гетьманом Мазепою московського царя й його перехід на бік шведів. Небагато в українській історії моментів, які так тяжко заважили на долі українського народу, як цей учинок знаменитого гетьмана. Можна сміливо сказати, що ввесь дальший розвиток українського життя й спеціяльно розвиток українсько-російських відносин відбувався протягом трохи не цілих двох століть під вражінням і під знаком траґічного кроку гетьмана Мазепи. Досить буде пригадати, що вже в наші часи, на початку 20-го століття, український визвольний рух був охрещений його ворогами іменем «мазепинства», а прихильників цього руху називано «мазепинцями». Біля імени Мазепи накопичилося з одного боку страшенно багато ненависти й злоби, а з другого, не менше того романтичної ідеалізації. І те й друге так впливало на самий хід історичних дослідів, що майже до самого кінця XIX століття історіографія не знає ні одної спроби хоч трохи обєктивно, sine ira et studio, розглянути життя й діяльність славного гетьмана. Коли додати до цього, що до самого кінця XIX ст. в Росії й неможливо було обєктивно писати про Мазепу, без небезпеки стягнути на себе підозріння в політичній нельояльності, трохи не в державній зраді, то буде зрозуміло, чому навіть широка спеціяльна монографія про Мазепу, написана в 1885 році знаменитим українським істориком Костомаровом, дуже далека від історичної обєктивности. Лише в 1897 році появилася перша праця, яка старалася спокійно розглянутися в історичній обстанові початку XVIII ст. й оцінити особу і вчинки гетьмана Мазепи не в залежності від традиційних і передузятих поглядів. Це була монографія Ф. Уманця «Гетманъ Мазепа». Вона викликала живий обмін думок серед спеціялістів і стала щасливим початком. Нові розсліди, а особливо нові матеріяли, знайдені по закордонних архівах, пролили багато нового світла, й трагічний момент української історії, звязаний із іменем гетьмана Мазепи, представляється нам сьогодня зовсім інакше, ніж представляла його раніше офіційна російська історіографія, а за нею повторювали й інші історики, навіть деякі українські.