В часі виборів нового гетьмана в Глухові зїхалося дуже небагато старшини. Полковників прибуло всього троє. Всі хотіли вибрати на гетьмана чернігівського полковника Павла Полуботка, людину дуже енергійну й сміливу. Але цар заявив, що з Полуботка може вийти другий Мазепа, й наказав вибирати стародубського полковника Івана Скоропадського, людину вже старшу й тихої, лагідної вдачі.
Іван Скоропадський, родом із правобережної України, переселився в 1674 році після зруйнування Умані турками на лівий берег і вступив на службу до гетьмана Самойловича. Він служив у військовій канцелярії, виконував ріжні дипльоматичні доручення, брав участь у кримських походах і за Мазепи став ґенеральним бунчужним, а потім ґенеральним осавулом. У 1706 році Мазепа призначив його полковником стародубським. Безумовно, Скоропадський належав до групи мазепинців, але події заскочили його так, що він мусів залишитися на стороні Москви. На його долю випало тяжке завдання: рятувати, що можна було, з автономії Гетьманщини, яку цар Петро по полтавській катастрофі намірився звести на нівець. Після вибору гетьмана належало за звичаєм скласти «статті», але цар відклав це з огляду на військові обставини. Зараз після полтавського бою Скоропадський із табору під Решетилівкою, де він стояв із козацьким військом, звернувся до царя з проханням підтвердити права й вольності Гетьманщини й вирішити низку дуже важливих справ біжучого життя, а саме: щоб козаки в походах залишалися під командою своєї старшини, а не московських офіцерів, які знущалися над ними, щоб віддано було українському урядові гармати, забрані в Батурині та інших містах, щоб московські воєводи не втручалися до внутрішнього правління на Україні, щоб не обтяжати українське населення постоями московських військ, щоб заборонено було називати українців «зрадниками» і т. п. На це все прийшла відповідь за підписом канцлера Ґоловкіна: цар у загальних фразах підтверджував «права й вольності», обіцяв згодом дати й «статті», але щодо інших прохань, то не на всі прохання була його згода: українські війська мали по давньому залишатися під командою російських генералів; батуринська артилерія, як військовий трофей, мала залишитись у Москві; щодо воєвод, то обіцялося, що їм буде наказано «не інтересуватись до українського населення»; як особливу ласку царя з огляду на руїни краю обіцялося, що в цьому 1709 р. без крайньої потреби українські козаки не будуть посилатися в похід. Гетьманові було вказано, що йому не личить, звертаючися до царя, згадувати за «козацьку вольність», бо український народ із ласки царя має стільки вольностей і свободи, як ні один народ у світі.
В тих самих днях, коли цар давав відповідь гетьманові на його прохання, призначив він стольника Ізмайлова бути своїм міністром при гетьмані. Ізмайлов дістав від царя дві інструкції: явну й таємну. В явній в 10 пунктах говорилося, що Ізмайлов має стежити за тим, щоб на Україні не було зради, щоб не допускати запорожцям селитися біля гряниць Гетьманщини; щоб чужоземних післанців приймав гетьман укупі з ним, Ізмайлов і зараз же пересилав привезені ними листи до царя; дивитися за тим, щоб гетьман без дозволу царя не переміняв нікого з ґенеральної старшини й полковників, та щоб не відбирав і не давав маєтностей нікому без порозуміння з царем. Резиденція гетьмана мала бути в Глухові; дозволялося знову заселити Батурин та інші міста, які були зруйновані «за зраду», але на знак кари мешканці цих міст мусіли платити до царевого скарбу по два червінці з двору. Нарешті наказувалося пильнувати, щоб гетьманський уряд повідомляв царя про всі свої прибутки.
В таємній інструкції Ізмайлову доручалося стежити за гетьманом і старшиною, щоб вони не зносилися з турками, татарами, шведами, поляками, «зрадником» Мазепою; довідатися таємно, скільки збиралося раніш, за Мазепи, й скільки буде збиратися тепер прибутків до військового скарбу й прислухатися, до розмов старшини і козаків, — хто з них виявляє справжню прихильність до царського уряду й хто до якої посади надається. Глухів, як гетьманська столиця, був вибраний тому, що він лежав на самій московській гряниці. При особі гетьмана мали постійно перебувати два російські полки, які знаходилися у розпорядженні царського при гетьмані міністра.
Всі ці розпорядки ясно свідчили про повне недовіря царя до гетьманського уряду й про бажання тримати гетьмана під повною своєю контролею. Стольника Ізмайлова, як доглядача за гетьманом, скоро заступив стольник Протасьев, великий хабарник і ворог України, який вів агітацію проти гетьмана серед населення й раз-у-раз висилав на його доноси цареві. За його ініціятивою цар видав у 1715 р. наказ, яким касував колишній порядок вибору полкової й сотенної старшини й заступав його призначенням: полкові й сотенні ради визначали тільки кандидатів, а гетьман, за порозумінням із міністром-резидентом, призначав котрогось із кандидатів, який мав складати присягу в присутності російського міністра.
Козацькій старшині, яка пішла за Мазепою, зразу було обіцяно амнестію, якщо хто вернеться й стане знову на царську службу. І справді, ціла низка представників козацької старшини, починаючи від ґенерального хорунжого Сулими й полковника мирогородського Данила Апостола, покинула Мазепу й явилася прохати прощення в царя. Всі дістали прощення й затримали за собою свої посади. Але з днем полтавського бою всякі амнестії припинились і всіх, хто явився тепер прохати прощення, арештовувано й вивожувано на Сибір. Така доля зустріла ґенерального суддю Чуйкевича, ґенерального осавула Максимовича, полковників Зеленського, Кожуховського, Кандибу, Покотила, Гамалію й цілу низку інших старшин. Усі маєтності мазепинців конфісковано, й з цього земельного фонду цар щедро нагороджував тих, хто показав йому в цей критичний час свою вірність.
Після знищення шведської армії України цар почув себе значно певнішим, і від того часу його політика супроти України різко змінилась: тепер настала в повному розумінні слова політика залізної руки. Формально залишаючи попередній устрій у Гетьманщині, цар старався фактично забрати все в свої руки. Зовсім не рахуючися з основними правами України й ігноруючи її гетьмана, він почав сам призначати полковників, і то не українців, а москалів. У три північні полки: Стародубський, Чернігівський і Ніжинський були призначені москалі. До Гадяча призначено полковником сербина Милорадовича.
Взагалі Петро попризначав на Україні на цілу низку важних посад чужинців, головно сербів і волохів, а також роздав великі земельні маєтності, сконфісковані в прихильників Мазепи, цілій низці російських генералів і вельмож, серед яких більша половина були німці: Вайсбах, Рооп, Дуґлас, Мініх та інші. Всі вони, й адміністратори з чужинців, і поміщики, поводилися на Україні, як у завойованому краю, й дозволяли собі всякі надужиття, всякі насильства над місцевим населенням. Ніхто не міг їм нічого зробити; вони держали себе зовсім незалежно від гетьмана, ігнорували місцеву українську владу, й ніхто не смів на них поскаржитися: скарги самому гетьманові залишалися без наслідків, бо й гетьманові було не під силу боротися з чужинцями, які хвалилися, що вони поставлені царем і тільки йому одному й підлягають. А скаржитись у Москву також не досягало цілі, бо там не звертали уваги на ці скарги. Нові земельні власники, не бувши певні, як довго вони будуть володіти маєтками, старались яко мога швидче збагатитись і страшенно визискували підвладних їм українських селян. На Україні, не зважаючи на зріст «послушенства», кріпаччини ще не було; селяни зобовязані були відбувати тільки деякі повинності на власників маєтків. Нові поміщики заводили кріпацькі порядки, такі, які вже давно існували з Московщині, але які були нові й страшні для українського люду. Деякі царські вельможі, не обмежуючися тим, що їм подарував цар або з царського наказу гетьман, самовільно захоплювали величезні маєтності. Так генерал Мєньшіков до подарованих йому маєтків на північній Чернігівщині самовільно приєднав цілі дві козацькі сотні, себто дві великі округи, а козаків, які там мешкали, обернув у своїх кріпаків і примушував відбувати панщину. Гетьмана Скоропадського коштувало величезних зусиль і довгого часу, доки він добився, щоб Мєньшіков вернув незаконно загарбані землі.
Але мало чим кращі були від чужинців і деякі українці, які виплили на поверхню життя в ці сумні часи. В часи страшного терору з одного боку й переляку та упадку духа з другого, звичайно дуже легко шириться серед громадянства й упадок моралі. Люди неперебирливі в засадах для досягнення каріери, ріжні авантюристи, підіймають у такі часи голову й на загальному нещасті будують своє власне щастя. Так було й на Україні в часи зараз після упадку Мазепи. Всі ті, хто через такі або інші причини попав у число «вірних» цареві людей, хто доніс на когось із мазепинців або чим-небудь пошкодив мазепкнській справі, той тепер гордо ніс голову й вимагав від російської влади нагород за свої «заслуги». І нагороди сипалися щедро. Простий неграмотний козак, компанійський полковник Гнат Ґалаґан за те, що покинув Мазепу й поміг російським військам зруйнувати Запорозьку Січ, — він сам раніше був запорожцем і знав на Січі усі виходи й входи — був зроблений полковником прилуцьким і двадцять пять років правив полком безконтрольно, не слухаючи ні гетьмана, ні кого іншого з українських властей, заявляючи всім, що він поставлений самим царем і тільки одного царя й хоче слухатись. Правдами й неправдами він зібрав у своїх руках величезні маєтки, силою віднімив у сусід землю, записував козаків у своїх підданих. Коли він постарівся, то передав свій уряд синові, й син був затверджений на полковницькім уряді за «заслуги» батька. Ціла низка полковників і сотників була настановлена таким способом за ріжні заслуги перед царем у часі Мазепиної «зради», і всі вони показали себе на службі людьми дуже користолюбними й поганими у відносинах до населення, всі поробилися багачами, нагромадили в своїх руках великі земельні маєтки.