Прибувши до Петербурґу, Полуботок подав цареві нову петицію про те, щоб Україні були повернуті старі права в адміністрації й суді. Але одночасно прибуло від стародубського полку прохання, можна думати, підстроєне аґентами Вельямінова, щоб цар завів там московські суди й призначив полковником москаля. Тоді цар вислав на Україну бригадира Румянцева розслідити, як стоїть справа, а Малоросійській Колєґії дав наказ публично оповістити, щоб кожен, хто має якусь кривду від старшини, подавав би скаргу, не боячися за це ніякого лиха. Скарг було зібрано чимало. Але Полуботок провідав у Петербурзі про секретний наказ царя й зараз же вислав свою людину на Україну з інструкцією організувати по всіх полках збирання підписів для підкріплення його домагань. Так само з його доручення козацька старшина, яка стояла з військом у таборі над Коломаком, склала колективне прохання про вибір гетьмана й привернення прав та вислала його до Петербурґу.
Уперта опозиційна діяльність Полуботка роздратувала царя, й він у кінці 1723 р. звелів заарештувати його і всіх українців, які були з ним, і посадовити до Петропавлівської фортеці. Традиційне оповідання українських літописців XVIII в. ставить цей арешт у звязок із промовою, яку ніби то сказав Полуботок цареві, подаючи йому свою петицію, коли цар виходив із церкви. Ця промова, подана в цілості автором «Исторіи Русовъ» (дехто гадає, що він сам її й склав) і наведена вже в 1788 році французьким істориком України Шерером (у його „Annales de la Petite Russie»), докоряла цареві за його жорстоке й несправедливе відношення до України й доводила, що не личить йому, християнському монархові, поводитись як якомусь азіятському тиранові. Можна мати сумнів, чи таку промову Полуботок дійсно сказав, але й без неї діяльність Полуботка давала Петрові підстави для його великого незадоволення. Скоро по арешті Полуботка вислано на Україну наказ розшукати й привезти до Петербурґу всіх Полуботкових однодумців, які брали участь у складанні й висиланні петиції. Заарештовано й привезено до Петропавлівської вязниці старого полковника Данила Апостола, ґенерального бунчужного Лизогуба, ґенерального осавула Жураховського й цілий ряд інших старшин. Всі вони просиділи до початку 1725 р., а Полуботок так і помер у тюрмі 29 грудня (н. ст.) 1724 р.; там же померли й реєнт (управитель) Військової ґенеральної Канцелярії Дмитро Володковський та наказний переяславський полковник Карпека. Решту визволила смерть царя Петра на початку 1725 року. Замісць заслання на Сибір, як намірявся Петро, всіх українських вязнів інтерновано в Петербурзі, де вони й пробули кілька років. Коли ж декого пущено на Україну, то залишено в Петербурзі закладниками їх синів.
Це був останній погром української старшини з її автономістичними тенденціями. Тепер усе замовкло й принишкло. На вищі становища ґенеральної старшини й полковників попризначувано людей смирних, слухняних, далеких від яких-небудь політичних аспірацій. На чолі Військової ґенеральної Канцелярії поставлено полковника полтавського Івана Левенця, глухівського сотника Івана Мануйловича й Федора Гречаного. До Стародуба й Чернігова призначено полковниками москалів. Всі занялися тепер своїми приватними справами й дбали тільки про збереження свого матеріяльного добробуту. Краєм правила Малоросійська Колєґія разом із слухняними старшинами.
Виконуючи волю Петра, Вельямінов наклав руку й на українські фінанси: він почав збирати податки грошима й натурою й висилати їх просто до Москви. В 1722 році було зібрано 45.527 карб. і 16.785 четвериків збіжжя; в 1723 р. 85.854 карб. і 27.524 чтв. збіжжя; в 1724 р. 141.342 карб. і 40.693 чтв., — з кожним роком щораз більше, з того в 1725 р. відіслано до розпорядження російського уряду 244.255 карб. — майже все, що було зібрано з України, а збіжеві запаси передано до російського інтенданства. Щоб збільшити прибутки з України, Малоросійська Колєґія вигадувала щораз нові податки.
*
Суворий режим щодо України продовжувався і підчас короткою царювання Петрової жінки, цариці Катерини І, коли фактичним правителем був князь Мєньшіков. У кінці 1726 року «Таємна Рада», найвища інституція держави, обмірковувала можливість турецької війни, і в звязку з цим було висловлено думку: поки ще не дійшло до розриву з Туреччиною, чи не зробити деякі полекші Україні «ради удовольствія й приласканія тамошнього народа», чи не дозволити вибрати гетьмана, злекшити податки й відновити старий порядок судівництва? Одначе ця думка зустріла сильний протест з боку одного з членів Ради, ґрафа Толстого, який заявив, що такі полекші означали би порушення політики, установленої царем Петром І, політики, яка полягала в тому, щоб посварити старшину з народом і тим способом Україну «къ рукамъ прибрать»; він указав на те, що ця політика дала добрі наслідки, бо вже народ і старшина «пришли въ немалую ссору». Престиж покійного царя був такий великий, що всі погодилися, що не слід міняти раз узятої лінії політики щодо України. Проте справу зміни політики щодо України обмірковувано ще кілька разів і в «Найвищій Таємній Раді», і в сенаті, але одинокою реальною полекшею тягарів, які несла Гетьманщина, був дозвіл козакам відкупатися грішми від участи в походах на Кавказ.
Але скоро сам Мєньшіков перемінив свою думку про потребу продовження політики залізної руки на Гетьманщині. Річ у тому, що він посварився з Малоросійською Колєґією через те, що вона, наклавши податки на всі приватні маєтності, наклала їх і на Мєньшікова, який володів величезними лятифундіями в Стародубському й Ніжинському полках. Мєньшіков запротестував, і Малоросійська Колєґія програла справу в Найвищій Таємній Раді, де все залежало від Мєньшікова; але тепер Колєґія нажила собі в особі Мєньшікова рішучого ворога. Коли в травні 1727 року померла Катерина й царем оповіщено маленького Петра II, сина нещасного царевича Олексія й онука Петра І, Мєньшіков зробився фактичним регентом. Тоді й у «Найвищій Таємній Раді» взяла гору думка, що Україні таки слід де в чім попустити, щоб заспокоїти населення й прихилити його до російської держави. Не минуло й тижня, як померла цариця Катерина, а вже Найвища Таємна Рада ухвалила скасувати нові податки, накладені Малоросійською Колєґією, й залишити лише ті, які належало збирати згідно з «пунктами Богдана Хмельницького»; того ж дня ухвалено заборону москалям купувати землю на Україні, а тим, що закупили, наказано повернути гроші. На Україну вислано від імени малого царя грамоту, в якій подано надію, що скоро буде вибрано гетьмана, а одночасно Вельямінова викликано до Петербурґу з усіма його фінансовими книгами для ревізії. Саме тоді посварився Мєньшіков і з Толстим, і останнього було арештовано й вислано на заслання, при чім скинуто з ніжинського полковництва й сина Толстого, зятя гетьмана Скоропадського, й вислано з України.
В червні того ж 1727 року Найвища Таємна Рада ухвалила перенести всі українські справи з Сенату до Колєґії Закордонних Справ, і нарешті 20 червня ухвалено вислати до Глухова тайного радника Наумова для переведення вибору гетьмана й призначення старшини. Малоросійська Колєґія була скасована. 1 жовтня 1727 року при дуже урочистій обстанові з усією старосвітською церемонією відбулися в Глухові вибори, й на гетьмана вибрано Данила Апостола, полковника мирогородського. Напередодні виборів у Наумова відбулася нарада старшин при участі вищого духовенства, й на цій нараді властиво й було ухвалено кандидатуру Апостола. Наумов залишився при новому гетьмані як міністр-резидент. Одначе за кілька місяців Наумову було наказано титуловатися просто «тайним радником», бо «при гетьмані цареві тримати міністра не личить».