Російський уряд, зі свого боку, грізно вимагав від січового начальства, аби гайдамаки на запорозькій території впредь приниманни не были, но вовся искореняемы без пощады. Російські команди, як і польські, ганялися за гайдамаками, втім – часто констатуючи в рапортах, що їх никак взять было немочно, навпаки – розбійники ще й погрожували, що команду выколят. У цілому ж, як констатував 1750 р. київський губернатор Михайло Леонтьєв у своєму рапорті до Санкт-Петербурґа, вышеописанные злодеи не толико не умаляютца, но от времяни до времяни умножаютца.
На зламі 1765–1766 рр. до гайдамацької проблеми долучився церковний конфлікт. Як уже згадувалось, у Придніпров'ї парафії були уніатськими, але декілька монастирів – православними. На заклик ігумена розташованого поблизу Чигирина Мотронинського монастиря Мельхіседека Значко-Яворського, котрий виконував функції намісника Переяславського єпархіального правління на Правобережжі, попи 150 парафій оголосили про своє навернення до православ'я з перепідпорядкуванням о. Мельхіседеку. Відповіддю уніатських церковних влад стали репресії над новосхизматиками, коли, зокрема, в липні 1766 р. за підозрою в шпигунстві був заарештований і Значко-Яворський. Скривджений православний клір відразу взяв під свій захист жаботинський сотник Харко, заявивши, як пише один з представників місцевого уніатського духівництва, що зміг би вчинити ще більше повстання epotiorem facere revolutionem, ніж покійний Хмельницький. Харко був схоплений і страчений як бунтівник (за іншими даними – убитий у Жаботині), і, як говориться у згаданій записці, жах (horror) охопив усі тутешні краї. Очевидно, жах – не найточніше слово, яким можна було б визначити глуху ворожість люду, що давно звик бачити шибениці, від чого не меншало гультяйське свавілля. Коротка передгрозова тиша, якій судилося вибухнути навесні 1768 р., запала від Черкас до Сміли.
Іскрою стали дії барських конфедератів. Керуючись гаслом оборони віри й вольності, вони силою зганяли людей до Канева, Чигирина та Сміли і примушували присягати на вірність конфедерації. Екзекуції впали і на голови новосхизматиків: їх погрожували вирізати дощенту. Як оповідає одна з тогочасних скарг, писана в Каневі, вони чинили по всій Україні різні жорстокості та заворушення, тож внаслідок таких непристойних вчинків дали привід для гайдамацтва… Мешканці м. Мошнів точніше передають ставлення простолюду до конфедератів. Змальовуючи кривди від управителя, вони пишуть, що той намірявся на них конфедерацію спровадити, то єсть ляхов, чтобы з нас, християн, кождый в живих не остался…
Вірний діагноз спалахові через кілька місяців поставлять і в Петербурзі. В імператорському указі від 12 липня 1768 р. говорилося:
Проте автори петербурзького маніфесту не згадали головного – власної ролі в розробці сценарію подій. Хронологія ж останніх була такою: у середині березня конфедерати видали перші закличні універсали, а вже між 20–26 березня, як показував потім на допиті лідер повстанців Максим Залізняк, до нього в Мотронинський монастир (куди він з Січі вийшов на послушаніє) прибуло семеро запорожців на чолі з отаманом Юхимом Шелестом. Той буцімто показав Залізняку лист кошового Січі, чтоб итти в Полшу для прогнания конфедератов и жидов и для грабежа их. За кілька днів по тому Шелеста в сварці убили, таємничий лист щез, натомість на заклик "козацької пошти" довкола монастиря, розташованого в глухому лісовому урочищі Холодний Яр, до кінця квітня зібралося до 700 запорожців і близько 300 мешканців Правобережжя – селян та козаків з надвірних міліцій. На коші, закладеному тут же, у Холодному Яру, Максим Залізняк був обраний отаманом (далі він буде називати себе полковником Низового Війська Запорозького), а один з ченців монастиря відслужив, як каже Залізняк, молебен за наші успіхи (народна традиція назве цей молебен освяченням ножів).
У другій половині травня, практично одночасно зі вступом російських військ на Правобережну Україну, повстанці вийшли з Холодного Яру, рушивши звичним гайдамацьким маршрутом – Медведівка (батьківщина Залізняка), Жаботин, Сміла, Корсунь, Богуслав, Канів, Лисянка. Уже на початку червня Залізняк видає універсали з закликом ляхов и жидов… казнить, а начальник російських відділів Апраксін у власних універсалах закликає тих самих "ляхів" не сприяти конфедератам, бо це буде розцінено як погані наміри. Підозріла синхронність подій ще дужче насторожує, коли врахувати, що всі вони супроводжувалися чутками про золоту грамоту, яку імператриця нібито через о. Мельхіседека передала Залізнякові, наказуючи йому увійти в кордони Польщі, щоб вирізати і знищити з Божою поміччю усіх поляків та євреїв. Збережені тексти цієї "грамоти", зрозуміло ж, апокрифічні, бо петербурзькі майстри дипломатії у відкриту гру ніколи не грали. Однак показово, що в протоколі відповідей Залізняка на поставлені йому на допиті запитання немає навіть найменшої згадки про золоту грамоту, котра, найімовірніше, підштовхнула запорожця до дій і навряд чи могла не згадуватися ним під час тортур. Натомість текст протоколу помітно підкреслює не менш міфічний сюжет – згаданий лист кошового отамана (власне з Січі спробують зробити головного винуватця катастрофи).
Втім, плетиво чергової інтриги Петербурґа було розгадане вже зарубіжними сучасниками, котрі споглядали події без емоційної заанґажованості. Безпосередні враження від вибуху руйнівної стихії 1768 року описав секретар французького посольства в Росії Шарль Рюльєр у своїй книзі "Історія анархії в Польщі". Серед причин гайдамацького кровопролиття на перше місце належить поставити, на його думку, провокаційні дії російських влад, які за посередництвом православного духівництва цілеспрямовано підбурили спалах релігійного фанатизму українських селян та козаків, поєднаний з соціальною ненавистю і ксенофобією.
Отже, після виступу з Холодного Яру гайдамацькі загони, перетворившись на чимале (до 2 тис.) організоване військо, штурмом здобули згадані вище міста, супроводжуючи свій тритижневий марш розправами над польським та єврейським населенням. 20–21 червня (н. ст.) дійшла черга до Умані. Коли місто вже було оточене, на бік гайдамаків перейшов сотник надвірної міліції Потоцьких Іван Гонта, на якого покладалася оборона. Тож у лічені години фортеця впала, і почалося винищення її мешканців та людей з навколишніх поселень, які повтікали сюди, сподіваючись на порятунок за фортечними мурами. Кілька вцілілих очевидців описали жахи Уманської різанини, коли, як скаже невдовзі на допиті сам Залізняк, гайдамаки