Трудно составить полный перечень научных обществ, в коих состоял Давид Горациевич. Он был пожизненным членом Императорского Русского Археологического Общества и парижского “Societe Asiatique”, членом Ученого комитета Министерства народного просвещения и т. д. Причем участие Гинцбурга в сих объединениях отнюдь не было синекурой, а всегда было оплачено делом. Он и сам был вдохновителем и учредителем Общества востоковедения и “Societe des etudes juives” в Париже. При его ближайшем участии возникло Общество для научных еврейских изданий, и одним из самых масштабных проектов сего общества было издание Ф.А. Брокгаузом и И.А. Ефроном в 1908-1913 гг первой в России «Еврейской энциклопедии» – «свода знаний о еврействе и его культуре в его прошлом и настоящем». Это самая полная и обширная (по объему текстов и качественных иллюстраций) Энциклопедия на данную тему из выпущенных до сегодняшнего дня (достаточно сказать, что в ней содержится более 21 тыс. статей).
«Идея об издании [Энциклопедии – Л.Б.]..нашла в нем горячее и деятельнейшее сочувствие, – говорит биограф Д. Гинцбурга Г. Генкель, – он первый поддержал эту мысль, и его содействию Энциклопедия в значительной мере обязана своим существованием». Наряду с д-ром Л.И. Кацнельсоном, Гинцбург становится главным редактором Энциклопедии; он также ведет в ней отделы арабской и гаонской литературы. Статьи этого универсального компендиума, написанные выдающимися учеными того времени, не устарели и сегодня (особенно в вопросах истории, биографий и толкования библейских вопросов).
Усилиями Давида Гинцбурга в Петербурге был открыт первый светский еврейский вуз в России – Курсы востоковедения. Такое название было навязано барону чиновниками из Министерства народного просвещения. Гинцбург же намеревался назвать его Институтом еврейских знаний. «Юдофобское русское правительство, – замечает по сему поводу историк М. Бейзер, – не могло допустить, чтобы "неприличное" слово "еврейских" появилось на вывеске высшего учебного заведения, и прикрыло "грех" фиговым "восточным" листком».
В программу курсов входили научный анализ Танаха и Талмуда, еврейская и всеобщая история, философия, языки, литература и искусство народов Востока, психология и педагогика. Ректором вуза стал его учредитель барон Давид Гинцбург; он привлек к преподаванию в нем лучших историков, востоковедов, лингвистов, знатоков еврейской литературы: Л.И. Кацнельсона, С.М. Дубнова, Г.О. Слиозберга, М.Л. Вишнивицера, И.Ю. Маркона, А. Зарзовского и др.
Сам Гинцбург читал курсы лекций по талмудической, раввинистической и арабской литературам, семитическому языковедению и средневековой философии. По словам С.М. Дубнова, барон часто приглашал студентов в свою библиотеку, где на столах лежали редкие фолианты, брал какой-нибудь классический еврейский труд и предлагал кому-то читать вслух, а сам объяснял непонятные места. Задачу Курсов востоковедения он видел в том, чтобы «создать интеллигентный элемент среди евреев, который сумеет с успехом отвечать духовным и научным потребностям русского еврейства, служить его интересам в качестве общественного раввина или учителя и содействовать сохранению в целом заветов прошлого».
Как общественный деятель барон был прямым наследником своего выдающегося отца. Еще при жизни родителя он состоял членом Комитетов Общества по распространению просвещения между евреями России и Общества распространения земледельческого труда среди русских евреев. После же смерти Горация Гинцбурга он сменяет его на постах председателя Петербургской еврейской общины и председателя центрального комитета Еврейского колонизационного общества. Он также основывает Общество пособия бедным евреям Петербурга, Общество «Маахол кошер» для еврейского учащегося юношества, попечительствует сиротскому дому в Петербурге, Минской земледельческой ферме, Новополтавской сельскохозяйственной школе для евреев-колонистов и т. д.
Давид Гинцбург был близким приятелем известного археолога, вице-президента Академии художеств графа И.И. Толстого, занимавшего в октябре 1905 – апреле 1906 гг. пост министра народного просвещения. Интересно, что этот либеральный сановник выступил тогда с инициативой отмены процентной нормы для приема евреев в учебные заведения. В 1907 г. И.И. Толстой и Д.Г. Гинцбург, а также философ Э.Л. Радлов, один из лидеров октябристов Ю.Н. Милютин, редактор «Петербургских ведомостей» Э.Э. Ухтомский и обер-прокурор Синода П.П. Извольский объединились в «Кружок равноправия и братства». Члены кружка, независимо от своих политических убеждений, должны были везде восстанавливать «мир, правду и справедливость», «вносить свой дух в Университет, Государственный совет и Государственную думу, а также через преподавателей в среднюю и низшую школу». Целью кружка было достижение равноправия всех народов России, причем особо подчеркивалось, что его участникам предстоит «и словом, и делом бороться с антисемитизмом».