Аутопоэтические системы являются "организационно закрытыми" в том смысле, что их порядок и поведение не навязываются окружающей средой, а устанавливаются самой системой. Другими словами, живые системы автономны. Это не значит, что они изолированы от окружающей среды. Напротив, они взаимодействуют с окружающей средой посредством непрерывного обмена энергией и веществом. Здесь применима диссипативная характеристика открытых систем. Живые системы "структурно открыты" для материи и энергии, которые непрерывно протекают через систему, но система сохраняет стабильную форму, причем делает это автономно, посредством самоорганизации.22 Она сохраняет паутинообразную структуру организации, но постоянно претерпевает структурные изменения.
Это достигается благодаря процессу развития "структурной связи" с окружающей средой. Новые связи в аутопоэтической сети создаются либо под влиянием окружающей среды, либо в результате внутренней динамики системы. Структурное сопряжение означает повторяющиеся взаимодействия с окружающей средой, каждое из которых вызывает структурные изменения в системе. Например, нервная система организма меняет свои связи при каждом чувственном восприятии.23
Однако, в соответствии с автономным характером аутопоэтических систем, окружающая среда только запускает структурные изменения, но не задает и не направляет их. Не все возмущения вызывают структурные изменения. Именно живая система определяет, какие возмущения из окружающей среды их вызывают.24 Существует множество возмущений, которые не вызывают структурных изменений, потому что они "чужды" системе. Таким образом, каждая живая система строит свой собственный мир в соответствии со своей особой структурой. Продолжая взаимодействовать с окружающей средой, живой организм претерпевает последовательность структурных изменений и со временем формирует свой собственный, индивидуальный путь структурного взаимодействия.
В любой точке этого пути структура организма представляет собой запись предыдущих структурных изменений и, следовательно, предыдущих взаимодействий, то есть истории. Структура организма обусловливает ход его взаимодействий и ограничивает структурные изменения, которые эти взаимодействия могут в нем вызвать. Отсюда следует, что структурные изменения в системе представляют собой акты познания.25 Вместо того чтобы предполагать, что система приспосабливается к окружающей среде или что среда выбирает конфигурацию системы, которая выживает, аутопоэзис делает основной акцент на том, как общая система взаимодействий формирует свое собственное будущее.26
В 1960-х годах под влиянием кибернетики Матурана выдвинул предположение, что нервная система не только самоорганизуется, но и постоянно самовоспроизводится. Это означало, что восприятие не может рассматриваться как репрезентация внешней реальности, а должно пониматься как постоянное создание новых связей внутри нейронной сети. Восприятие и, в более общем смысле, познание не представляют внешнюю реальность, а скорее определяют ее через процесс круговой организации нервной системы. Таким образом, Матурана предположил, что сам процесс круговой организации (с нервной системой или без нее) идентичен процессу познания.
Из этого он сделал вывод, что живые системы - это когнитивные системы, а жизнь как процесс - это процесс познания. Живая система представляет собой многочисленную взаимосвязанную сеть, компоненты которой постоянно меняются. Эта сеть обладает большой текучестью, что позволяет системе реагировать на возмущения окружающей среды. Диапазон взаимодействий живой системы с окружающей средой определяется как ее "когнитивная область", и с увеличением сложности живого организма увеличивается и его когнитивная область.27
Связь с работой Бойда очевидна, как и связь с понятием молчаливого знания Поланьи. Структурная связь, например, очевидна в приведенном ранее утверждении Бойда о том, что:28
Ориентация - это шверпункт. Она формирует то, как мы взаимодействуем с окружающей средой [...].
В этом смысле
Ориентация формирует характер настоящих петель наблюдения-ориентации-решения-действия, а эти настоящие петли формируют характер будущей ориентации.