Во время начавшейся вскоре войны с Англией и Швецией мичман Лазарев служил на линейном корабле «Благодать» в эскадре адмирала П.И. Ханыкова. Именно тогда он вызвался в числе других охотников идти на помощь атакованному при Рогервике английскими кораблями и пленному линкору «Всеволоду». Вскоре после этого Лазарев вернулся в эскадру Ханыкова, на которой служил до конца сентября 1808 г.
В феврале 1811 года Лазарев уже лейтенант. В Отечественной войне 1812 года, служа на бриге «Феникс», он участвует в высадке десантов в районе Данцига, предпринятых с целью отвлечения от Риги французов.
Получив боевое крещение в сражениях с французскими корсарами, побывав в плену, поучаствовав в двух войнах, испытав на себе все тяготы морской службы, Лазарев проникся глубоким убеждением, что «всякое положение человека, прежде всего, возлагает на него обязанности» и что «с точным, безукоризненным их выполнением связана не только служебная, но и личная честь».
Значительно превосходя организаторскими способностями окружавших его офицеров, Лазарев был всегда ценим начальством. Когда в 1813 году Российско-Американская компания обратилась с просьбой к морскому министру назначить офицера для командования новым компанейским кораблем «Суворов» в предстоявшем ему кругосветном плавании, был выбран именно он. Факт сам по себе поразительный, ведь опытных капитанов для столь трудного, но почетного мероприятия было предостаточно.
1 сентября 1813 года молодой офицер принял в командование свой первый корабль, который должен был доставить груз на остров Ситху через Северное море, Атлантический и Тихий океаны. Это первое кругосветное плавание Лазарева на Аляску, во время которого им были открыты необитаемые коралловые острова, названные островами Суворова, продолжалось без малого 3 года. Здесь заслуживает внимание и судебный процесс, выигранный лейтенантом против тогдашнего начальника колоний Российско-Американской компании Баранова. Самовластие Баранова заставило Лазарева самовольно оставить Ситху, под выстрелами батареи. Дирекция компании вначале протестовала против такого поступка, но потом, удостоверившись в крайнем положении командира и офицеров «Суворова», окончила спор отставкой Баранова с поста правителя Аляски.
Трудности этого возвращения – без медика и суперкарго – показали решительный и твердый характер Лазарева и его глубокие познания в морском деле, что во многом способствовало его последующей карьере.
1 сентября 1816 года «Суворов» благополучно бросил якорь в Кронштадте, и Лазарев, сдав его компании, снова возвратился в разряд флотских офицеров. В 1817 году за выслугу на море 18-ти шестимесячных компаний он был в соответствии со статутом награжден орденом Святого Георгия 4-го класса.
Лето 1818 года лейтенант Лазарев провел на корабле «Память Евстафия» в плавании по Финскому заливу, а в 1819–1821 годах, командуя шлюпом «Мирный», участвовал в своем втором кругосветном плавании в экспедиции под командованием капитана 2-го ранга Фаддея Беллинсгаузена, направленной для исследования Южного Ледовитого океана. Плавание это длилось 751 сутки, за время которых было пройдено 49 тысяч миль. Во время экспедиции, как известно, была открыта Антарктида, обойден вокруг антарктический материк и нанесено на карту около 30 новых островов.
В связи с успешным завершением Антарктической экспедиции лейтенант Лазарев был произведен через чин в капитаны 2-го ранга «за отличие» и пожалован пенсией по чину лейтенанта, а спустя год награжден еще и орденом Владимира 4-й степени.
Назначенный командиром 36-пушечного фрегата «Крейсер», Лазарев почти сразу отправился на нем в свое третье кругосветное плавание – на остров Ситху, из которого возвратился спустя 3 года, в 1825 году. Среди офицеров шлюпа были лейтенанты Нахимов, Бутенев и Завалишин (будущий декабрист), мичманы Домашенко и Путятин. Все лучшие из лучших!
Вместе с «Крейсером» к Аляске был направлен 20-пушечный шлюп «Ладога» под командованием капитан-лейтенанта Андрея Петровича Лазарева – старшего брата Михаила Петровича.
Русские корабли у берегов Аляски вели отчаянную борьбу с американскими и английскими браконьерами, хищнически бившими в наших водах пушного зверя и ведшими контрабандную торговлю оружием с туземными племенами. Во время этого плавания экипажем фрегата была также проведена и серия широтных научных исследований по океанографии и метеорологии.
Вокруг него объединялись наиболее способные и инициативные молодые офицеры: на «Крейсере» – Нахимов, Путятин, Завалишин.