На отдельных аэродромах Западного и Киевского особых военных округов находилось до 100 и более самолетов. В процессе переучивания значительная часть самолетов устаревших конструкций на этих аэродромах оставалась без экипажей. По этой причине самолеты не могли подняться в воздух в момент нападения врага и являлись незащищенными объектами воздействия немецкой авиации. Все это резко ограничивало боевые возможности советских ВВС.
Соотношение родов авиации в составе ВВС западных военных округов: истребители – 59 %, бомбардировщики – 31 %, штурмовики – 4,5 %, разведчики – 5,5 %.
ВВС приграничных военных округов возглавляли: Ленинградского – командующий генерал-майор авиации А.А. Новиков, начальник штаба генерал-майор А.П. Некрасов; Прибалтийского особого – командующий генерал-майор авиации А.П. Ионов и начальник штаба генерал-майор авиации С.П. Синяков; Западного особого – соответственно генерал-майор авиации И.И. Конец и полковник С.А. Худяков; Киевского особого – генерал-лейтенант авиации Е.С. Птухин и генерал-майор авиации Н.А. Ласкин; Одесского – генерал-майор авиации Ф.Г. Мичугин и генерал-майор авиации А.З. Устинов. Командующие и начальники штабов ВВС приграничных военных округов были опытные и в оперативном отношении хорошо подготовленные военачальники.
ВВС внутренних военных округов, расположенных за приграничными военными округами, возглавляли: Московского – командующий полковник Н.А. Сбытов, начальник штаба полковник А.Н. Бурцев; Орловского – соответственно полковник Н.Ф. Науменко и полковник А.Ф. Ванюшин; Харьковского – генерал-майор авиации С.К. Горюнов и полковник М.А. Белишев; Северо-Кавказского – генерал-майор авиации Е.М. Николаенко и полковник Н.В. Корнеев; Закавказского – генерал-лейтенант авиации С.П. Денисов и комбриг С.П. Лаврик. На Дальнем Востоке накануне войны существовал Дальневосточный фронт, командующим ВВС был генерал-лейтенант авиации К.М. Гусев, начальником штаба – генерал-майор авиации Я.С. Шкурин.
ВВС внутренних военных округов в своем составе имели несколько авиационных соединений и частей, оснащенных устаревшей авиационной техникой, и большое число авиационных школ и училищ.
Дальняя бомбардировочная авиация накануне войны претерпела большие организационные изменения. В ноябре 1940-го в целях улучшения управления и ликвидации многоступенчатости в руководстве три авиационные армии особого назначения (АОН) Главного командования, созданные еще в 1936–1938 годах, были переформированы в бомбардировочные авиационные корпуса по две авиационные дивизии двухполкового состава каждый. Всего было создано пять авиационных корпусов и три отдельные авиационные дивизии. К началу войны в каждом авиационном корпусе было начато формирование по одной истребительной авиационной дивизии дальнего сопровождения.
В районе Новгорода, Смоленска, Курска, Запорожья, Скоморохи дислоцировалось 4 авиакорпуса, 1 отдельная авиационная дивизия, всего 9 дивизий
(29 авиационных полков), которые насчитывали 1346 самолетов и 931 боевой экипаж. Самолеты ДБ-3 в дальнебомбардировочной авиации составляли до 86 %, ТБ-3 – 14 %. Новейших самолетов ТБ-7 (Пе-8) в строевых частях было всего 11 машин. Накануне войны авиакорпусами командовали: 1-м бомбардировочным авиакорпусом – генерал В.И. Изотов, 2-м – полковник К.Н. Смирнов, 3-м – полковник Н.С. Скрипко, 4-м – полковник В.А. Судец и 18-й бомбардировочной отдельной авиадивизией – полковник А.М. Дубошин. 5-й авиакорпус находился на Дальнем Востоке в стадии формирования. Дальнебомбардировочная авиация как вид авиации Военно-воздушных сил возглавлялась специально созданным управлением авиации главного командования. Начальником управления до апреля 1941 г. был участник боев в Испании Герой Советского Союза генерал-лейтенант авиации И.И. Проскуров, а затем полковник Л.А. Горбацевич.
Накануне войны руководство советскими ВВС осуществлялось Главным управлением ВВС. Начальником Главного управления ВВС был генерал-лейтенант авиации П.Ф. Жигарев, сменивший на этом посту 12 апреля 1941 года генерал-лейтенанта авиации П.В. Рычагова.
Павел Федорович Жигарев пришел в авиацию из кавалерии. В 1927-м он окончил военную школу летчиков, а в 1932-м – Военно-воздушную академию им. Н.Е. Жуковского. Командовал авиаэскадрильей, авиабригадой и ВВС 2-й отдельной Краснознаменной армии на Дальнем Востоке. В декабре 1940-го он был назначен на должность заместителя начальника Главного управления ВВС Советской армии. Заместителем начальника Главного управления ВВС по политчасти был назначен корпусной комиссар П.С. Степанов. Организационно Главное управление ВВС состояло из штаба ВВС (начальник штаба генерал Д.Н. Никишев, с мая 1941 года – генерал П.С. Володин), управлений и самостоятельных отделов. Начальнику Главного управления ВВС подчинялись управление ДВА и ряд других управлений. К началу войны в составе центрального аппарата ВВС самостоятельной службы тыла не было. Указания по организации работы тыла ВВС военных округов (ВВС фронтов) исходили непосредственно от штаба ВВС Советской армии. Эти функции выполнял отдел тыла штаба, начальником которого был генерал П.В. Коротаев.