После смерти Сталина бывшие члены Военной коллегии Верховного суда СССР Матулевич, Горячев и секретарь судебного заседания Батнер, непосредственно участвовавшие в рассмотрении дела Ленинградского центра, показали, что приговор по этому делу был написан заранее в Москве.
В настоящее время совершенно ясно, что обоснованным является только обвинение Николаева в совершении террористического акта. Другие обвинения, выдвинутые против арестованных по делу Ленинградского центра, объективного подтверждения не нашли.
Необходимо отметить, что Сталин, постоянно осуществлял наблюдение за ходом следствия по делам Ленинградского и Московского центров. Он ежедневно получал копии протоколов допроса арестованных и отчеты о показаниях подсудимых в судебном заседании, заслушивал доклады Ежова, Агранова, Вышинского и других работников, проводивших следствие по делу. Согласовывал с ними тексты наиболее важных документов. Настойчиво требовал от органов НКВД выполнения его указаний.
Для непосредственного руководства следствием в Ленинграде Сталиным был оставлен Ежов, являвшийся в то время секретарем ЦК ВКП(б).
В это время Ежов становится экспертом по деятельности органов НКВД. 23 января 1935 года он сообщает Сталину свое мнение о недостатках в работе Ленинградской ЧК, полагая, что ими страдают другие территориальные органы НКВД и центральный аппарат. Представил Сталину ряд своих соображений по их устранению, просил согласовать вопрос о его выступлении на совещании уполномоченных НКВД с критикой недостатков работы ЧК на примере Ленинграда. По другим вопросам Ежов просил Сталина принять его лично.
В приложении к письму, в первой части, он говорил «о размерах агентуры и организации ее работы». Сообщал Сталину сложившийся порядок вербовки агентуры и недостатки в этой работе.
Во второй части утверждал, что никакого специального следственного аппарата в НКВД не имеется. Между розыском и следствием нет разграничения, что приводит к тому, что следователь создает много «дутых» дел. Предлагал разделить розыскную и следственную работу.
Наконец, в третьей части Ежов сообщает, что в процессе «чистки» вычистил 280 человек из оперативных отделов: из них 180 направил в лагеря (имеется в виду работать), а 100 человек счел возможным использовать не на чекистской работе, а на работе в милиции, ЗАГС, в пожарных частях и хозяйстве ЧК.
По мнению Ежова, оставшийся состав чекистов – это в большинстве случаев малокультурные люди, они не читают политической и экономической литературы. Никакого политического воспитания людей в духе преданности партии нет.
Сталин оценил рвение Ежова по делу Кирова, на февральском (1935 года) Пленуме ЦК ВКП(б) он избирается секретарем ЦК ВКП(б), а затем председателем Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б). До этого назначения Ежов был членом ЦК, Оргбюро ЦК и заместителем председателя Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б). С марта 1935 года в связи с распределением обязанностей секретарей ЦК ему было поручено заведование Отделом руководящих партийных органов.
Параллельно в это же время шла «травля» А. С. Енукидзе, бывшего друга Сталина, с которым он в подпольной типографии спал на одной кровати, в течение полугода делил с ним жалкую пищу. Существует мнение, что Енукидзе был против продолжения репрессий в отношении Каменева и Зиновьева. Это одна из причин, по которой он попал в сталинскую опалу.
В июне 1935 года Ежов направил Сталину на согласование проект своего доклада на Пленуме ЦК ВКП(б) «Об аппарате ЦИК СССР и тов. Енукидзе». В нем он коснулся факта убийства Кирова. По словам Ежова, при расследовании обстоятельств этого преступления до конца не была вскрыта роль Зиновьева, Каменева и Троцкого. По его мнению, они являлись не только вдохновителями, но и прямыми организаторами как убийства товарища Кирова, так и готовящегося в Кремле покушения на Сталина.
Было установлено, что ряд служащих Секретариата ЦИК СССР и Комендатуры Кремля распространяли контрреволюционную клевету, направленную прежде всего против вождя партии Сталина.
Проведенным НКВД расследованием в Кремле вскрыто пять связанных между собой, но действовавших каждая самостоятельно террористических групп. Установлена причастность к организации террора и высланного из страны Троцкого, который разоблачен показаниями своих сторонников и собственны ми программными выступлениями.
Показания арестованных свидетельствовали, что Зиновьев, Каменев и Троцкий по мере роста успехов в СССР все больше и больше скатывались в болото белогвардейщины. Не имея никакой приемлемой для рабочего класса программы, они стремились захватить руководство партией и страной. Непосредственная причастность к организации террора Зиновьевым, Каменевым и Троцким вытекала и из их политических позиций и установок, которые они проповедовали в последние годы.