С середины XVI века старую систему государственного управления – введенных и путных бояр и «Казенный двор» – сменила приказная система.
В середине XV века управление государством осуществляли бояре и дьяки – неродовитые грамотные чиновники, исполнявшие нерегулярные поручения царя. Постепенно эти поручения – «приказы» царя стали постоянными. Появились, должности казначея, печатника, разрядных и ямских дьяков. С увеличением объема работы в начале XVI века дьякам для письма придавались чиновники поменьше – подьячие, работавшие в особом помещении – «избе» – канцелярии. С середины XVI века «избы-канцелярии» были преобразованы в постоянно действующие государственные учреждения – приказы. Самым старым приказом, впервые упоминаемым в 1512 году, был Казенный приказ, возглавляемый казначеем и печатником – хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями государства, поместными, ямскими и холопьими делами. В начале XVI века у казначея и печатника появились помощники – поместный, ямской и посольский дьяки. В Боярской Думе была создана Посольская изба. Позднее, с увеличением объема работ, были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы. В 1533 году начал работать Приказ большого прихода, ведавший сбором налогов и таможенных пошлин. В 1549 году Посольская изба была преобразована в Посольский приказ. Тогда же для контроля за деятельностью всех остальных приказов был создан Приказ тайных дел, в штате которого в течение всего XVI века был тайный дьяк и не более 6–7 подьячих. Местное управление в царстве осуществляли наместники и тиуны.
В январе 1547 года Иван Грозный изменил титул великого князя на царя и установил в России новую форму правления – самодержавную. Московское княжество стало царством. Управление страной осуществляли царь и Боярская Дума – высший законодательный орган, – утвердившая в 1550 году Судебник. Боярской Думе подчинялись все приказы и все местное управление царства, она руководила армией, вела все земельные дела, проводила переговоры с иностранными послами. После принятия Иваном Грозным титула царя в Боярской Думе появилась «комната» – «ближняя дума», состоявшая из нескольких наиболее верных царю людей, вместе с царем решавших важнейшие государственные дела. Тогда же стала действовать «Избранная рада» – неофициальный царский совет, состоявший из А. Адашева, А. Сильвестра, князей Курбского и Курлятева. Периодически созывались «земские соборы» – всероссийские собрания, состоявшие из Боярской Думы, элиты духовенства, представителей дворянства и посадского населения, принимавших решения по важнейшим вопросам внутренней и внешней политики государства.
Бывший посол Англии в России при царе Федоре Иоанновиче Джильс Флетчер в своей книге «О государстве Русском», изданной в 1591 году в Лондоне, писал:
«Что касается до главных пунктов или статей, входящих в состав самодержавного правления (как-то издания и уничтожения законов, определения правительственных лиц, права объявлять войну и заключать союзы с иностранными державами, и права казнить и миловать, с правом изменять решения по делам гражданским и уголовным, то все они так безусловно принадлежат царю и состоящей под ним Думе, что его можно назвать как верховным правителем, так и самим исполнителем в отношении ко всем исчисленным предметам… Принадлежащие к собственному и тайному совету Царя (именно те, которые ежедневно находятся при нем для совещания по делам государства) носят прибавочный титул думных и называются думными боярами, а собрание их, или заседание, Боярской Думой.
Во-вторых, что касается до общественных и правительственных должностей в государстве, то здесь нет ни одного наследственного звания, как бы ни было оно высоко или низко, и напротив, определение к той или другой должности зависит непосредственно от самого царя, так что даже дьяки в каждом главном городе большею частью назначаются им самим».
Великий русский историк В.О. Ключевский в своей работе «Сказания иностранцев о Московском государстве» писал:
«Во главе управления стоял государь со своей Думой. Думу составляли думные бояре, отличавшиеся этим от простых бояр, которые хотя также назывались советниками государя, но получали это звание больше, как почетный титул, ибо на общий совет их приглашали редко или совсем не приглашали. Кроме думных бояр в Думе присутствовали думные дьяки или государственные секретари. Как те, так и другие, получали свое звание по воле государя. Дума была высшим законодательным, административным и судебным местом. Отсюда исходил всякий новый закон или государственное постановление. Здесь с утверждения государя определялись известные лица на правительственные должности и решались важнейшие судебные дела.