Под Думой, как высшим правительственным местом, стояли приказы, ведавшие отдельные отрасли государственного управления.
По известиям XVI века, дела по этому управлению распределялись между 4 главными приказами, или четями. Эти приказы были: Посольский, Разрядный, Поместный и Казанский… Вообще трудно составить себе не только по иностранным, но и по отечественным известиям ясное понятие об устройстве и ходе управления посредством приказов именно по тому, что ведомства не были точно разграничены и определены по известным началам; чем далее, тем более будут эти приказы размножаться и обособляться вследствие усложнения правительственного дела и вместе с тем вследствие того же более и более будет оказываться несостоятельность служилых людей в деле управления, более и более будет чувствоваться нужда в людях иного рода, которые умели бы владеть не мечом, а пером, и с начала XVI века одновременно с известиями о приказах встречаем известия об усиления значения дьяков. Они имели важное значение в Думе государя, они заправляли ходом дел в приказах, они же отправлялись вместе с наместниками по областям и заведовали там всеми государственными делами, были представителями государственного начала в областях, потому что наместники, служилые люди, оказались теперь непригодны и непривычны к правительственному делу при его новом значении, при новых чисто государственных потребностях, и этим наместникам предоставили ведать только свои частные интересы кормления.
Для управления областями назначались царем известные лица, по одному или по два в каждую область, которые должны были во всех делах обращаться к управляющему той чети, в которой числилась известная область. Наместник отправлялся в назначенную ему область с одним или двумя дьяками, которые заведовали всеми приказными делами по управлении областью. Областные правители и дьяки назначались по царскому указу, и через год обыкновенно сменялись».
Служебные отношения внутри правящей элиты Московского государства регулировал местнический порядок военной и административной службы. Термин «местничество» произошел от древнего обычая «считаться местами» как во время великокняжеских пиров, так и на государевой службе. «Место» при московском правителе, занимаемое князем или боярином, зависело от его происхождения, родословной и должностей его предков и его самого при великокняжеском дворе. Сама Боярская дума состояла из думных бояр и думных окольничих, людей, находящихся около царя, приближенных к царю.
В середине XVI века местнические взаимоотношения воевод начали регулироваться «Приговором царя и Боярской думы» 1550 года, Разрядной книгой и «Государевым родословцем». Московским царством управляли чины думные, чины московские, чины городовые и уездные.
Непосредственно управление страной в XVI веке осуществляли дьяки, особенно усилившие свое влияние во время царствования Ивана Грозного, создавшего кроме дьяческого и широкий слой поместного дворянства, служивших ему противовесом родословному боярству.
В.Н. Татищев писал в примечаниях к найденному им «Судебнику царя Ивана Васильевича», изданному в 1786 году:
«Дьяк, греческое диаконос, служитель церкви, и как сначала кроме церковников мало письма умеющих было, то их для письма в канцеляриях употребили, и были равно как ныне писари. Потом учинили подьячих, а дьяки стали быть яко ныне асессоры и так сильны при сем государе были, что бояре без согласия их ничего делать не могли. Сей же государь учинил Думных Дьяков, которые в Сенате яко обер-секретари докладывали и все определения подписывали. Сначала их было два, потом до семи умножено, и сидели с бояры в разных приказах, иногда и самими главными».
В Западной Европе должность клерка была образована также как и должность дьяка, от слова clericus – церковник. Поначалу клерки были секретарями европейских королей, а затем по их имени клерками стали называть всех государственных чиновников.
При Иване Грозном вольные бояре и княжеские слуги с их вотчинами сменились невольными служилыми людьми, владевшими землей в основном на поместном праве. Служилые люди образовались из потомков княжеских слуг времен уделов и из обедневших потомков старинных земских бояр. В Древней Руси существовал обычай делить имение и земли между всеми сыновьями-наследниками, и многие дети бояр не могли достигнуть того общественного положения, которое занимали их родители. Обедневшие дети бояр были известны в качестве сыновей знатных отцов боярских детей. Название детей боярских получали все мужчины обедневших родов, и со времени княжения Василия Темного это наименование получило широкое распространение. В первое время это звание получали, в основном, потомки бояр, а позднее оно распространилось на всех слуг второго разряда – служилых людей. Дети боярские обязаны были постоянно служить и не имели права отъезда, земля принадлежала им на условиях поместного владения.