Самовозгорание пороха, а также небрежность в обращении и с огнем и порохом были признаны маловероятными. В то же время отмечалось, что на линкоре «Императрица Мария» имелись существенные отступления от требований устава в отношении доступа в артиллерийские погреба. Во время стоянки в Севастополе на линкоре работали представители различных заводов, причем количество их достигало 150 человек ежедневно. Работы велись и в снарядном погребе первой башни — их выполняли четыре человека с Путиловского завода. Пофамильная перекличка мастеровых не проводилась, а проверялось лишь общее количество людей.
Комиссия не исключила и возможности «злого умысла», более того, отметив плохую организацию службы на линкоре, она указала «на сравнительно легкую возможность приведения злого умысла в исполнение».
По окончании своей работы комиссия представила три основные версии гибели линейного корабля:
1. Самовозгорание пороха.
2. Небрежность в обращении с огнем или порохом.
3. Злой умысел, то есть диверсия.
После рассмотрения всех трех вариантов комиссия заключила, что «прийти к точному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства».
Письмо И.К. Григоровича Колчаку. Секретно. № 65 от 18 ноября 1916 года: «Милостивый государь Александр Васильевич.
Разделяя мнение Вашего превосходительства об отсутствии в следственном материале по делу о гибели линейного корабля „Императрица Мария“ положительных данных для суждения об истинной причине взрыва погребов 12-дм носовой башни, я в то же время признаю, что установившийся на этом корабле порядок службы и те грубые отступления от требований Морского устава, которые и Ваше превосходительство усмотрели по этому делу, могли не только обусловить собой возможность катастрофы, имевшей место 7 октября, но и приблизить ее наступление, если таковая была неизбежной. Вследствие сего я не нашел оснований обойтись в настоящем случае без рассмотрения дела о гибели линейного корабля „Императрица Мария“ в установленном законом порядке, о чем и доложил Его императорскому величеству.
По всеподданейшему моему докладу заключения следственной комиссии и Вашего мнения по существу сего заключения государь император в 10-й день сего ноября высочайше повелеть соизволил направить дело о гибели линейного корабля „Императрица Мария“ на судебный ход, в порядке 1113–1130 статей Военно-морского судного устава, с привлечением к делу в качестве прикосновенных лиц контр-адмирала Порембского (начальник бригады крейсеров. — Авт.), капитана 1-го ранга Кузнецова (командир линкора. — Авт.), капитана 2-го ранга Городысского (старший офицер. — Авт.) и старшего лейтенанта князя Урусова (старший артиллерийский офицер. — Авт.), но рассмотрение этого дела военно-морским судом отложить по обстоятельствам военного времени до окончания войны, с тем, чтобы контр-адмирала Порембского до суда ни на какие должности во флоте не назначать. Прочие же прикосновенные к делу лица могут быть назначены к исполнению служебных обязанностей, но в таких должностях, которые не ставят их в положение самостоятельных ответственных начальников. Но т. к. в Вашем частном письме ко мне Вы находите желательным не отлагать рассмотрение дела до окончания войны и произвести судебный разбор теперь же, то благоволите об этом сообщить мне официально для доклада Его императорскому величеству.
Что же касается вопроса об изменении стойкости пороха в зависимости от механических воздействий на него, то в целях определенного решения сего вопроса мной уже сделано распоряжение о производстве опытов над порохом в отношении его самовозгорания от толчков, трения и т. п., и таковые опыты уже начаты.
Прошу Вас, милостивый государь, принять уверение в совершенном моем уважении и таковой же преданности. И. Григорович».
Сразу после гибели линкора по Севастополю поползли разговоры о том, что несчастье «Марии» принес Николай II. Дело в том, что в свое последнее посещение Севастополя в сентябре 1916 года Николай II посетил только один корабль. Им был линкор «Императрица Мария». Сразу же после посещения «Марии» Николай покинул Севастополь и вернулся в Ставку в Могилев. Поездка в Севастополь и посещение «Императрицы Марии» оказались вообще последней поездкой Николая II в ранге российского самодержца. Несколько месяцев спустя, в феврале 1917 года, он будет вынужден отречься от престола, а Россия вступит в полосу смут и революций.