По результатам рассмотрения проектов Министерство обороны СССР выбрало для продолжения работ ОКБ, возглавляемое O.K. Антоновым, которому Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 13 октября 1960 г. и было выдано задание на разработку «изделия 100» — будущего Ан-22. Проект Бе-16 был сдан в архив. Однако работы по тяжелым ВТС в ОКБ продолжались, и в 1962 г. военным был предложен эскизный проект военно-транспортного самолета Бе-18 с четырьмя ТРД НК-8, расположенными на пилонах под крылом. Но как и в случае с Бе-16, этот самолет так и не был реализован в металле.
В начале 50-х перед отечественной наукой и промышленностью была поставлена задача создания носителя, способного доставить ядерный заряд на межконтинентальную дальность. Работы над межконтинентальными ракетами, согласно Постановлению правительства от 20 мая 1954 г., развернулись в двух направлениях. Первое — создание межконтинентальной баллистической ракеты. Ею стала знаменитая «семерка» Р-7 ОКБ-1 С.П. Королева. Второе — создание межконтинентальных крылатых ракет. В работе по этому направлению помимо ОКБ-301 С.А. Лавочкина с ракетой Ла-350 «Буря», ОКБ-23 В.М. Мясищева с М-40 «Буран», ОКБ-156 А.Н. Туполева с Ту-121 (самолет «С») и Ту-123 (самолет «Д») участвовало и ОКБ-49 Г.М. Бериева с проектом сверхзвуковой межконтинентальной ракетной системы П-100 «Буревестник».
Непосредственным руководителем работ по межконтинентальной ракетной системе в ОКБ стал А.Г. Богатырев.
Двухступенчатая крылатая ракета могла применяться как для нанесения ядерного удара, так и для ведения фото- и радиотехнической разведки. Использование в варианте разведчика предусматривало два варианта: на предельную дальность, без возвращения, с передачей данных разведки по радиоканалу и с возвращением в точку старта и спасение отсека оборудования на парашютах. В отсеке оборудования устанавливалась система радиоразведки СРС-3 «Куб-3», система фоторазведки «Плутоний», система навигации и управления «Ратесин», автопилот.
Скоро стало очевидным, что на данном этапе крылатые ракеты не в состоянии конкурировать с баллистическими в качестве стратегического средства доставки ядерного заряда, и военно-политическое руководство
СССР сделало окончательный выбор в пользу баллистических ракетных комплексов. А вот работы по разведывательным вариантам стратегических крылатых ракет, еще представлявших интерес для военных заказчиков, продолжились и после принятия на вооружение ракеты Р-1. Правда, в конце концов на вооружение в 1964 г. поступил только созданный в ОКБ А.Н. Туполева дальний беспилотный разведчик ДБР-1 «Ястреб», вариант Ту-121. Остальные, в том числе и П-100, не выдерживали конкуренции с еще одним творением ОКБ С.П. Королева — спутником-разведчиком «Зенит». В силу вышеуказанных причин П-100 так и не была воплощена в металле (в отличие от «Бури» или Ту-121).
Еще одной необычной задачей, которую пришлось выполнять ОКБ Г.М. Бериева, стало создание советского аналога американского самолета U-2 — высотного самолета-разведчика С-13.
События, давшие толчок началу работ ОКБ-49 по высотному разведчику, имеют мировую известность. 1 мая 1960 г. под Свердловском зенитной ракетой комплекса С-75 был сбит американский самолет-разведчик U-2. Пилотировавший его летчик Френсис Г. Пауэрс спасся на парашюте и был арестован как нарушитель Государственной границы СССР.
Факт пресечения полета U-2 стал поводом для громкого международного скандала, хотя самолеты-шпионы к тому моменту неоднократно безнаказанно фотографировали важнейшие военные и промышленные объекты СССР. Но поднимать шум, не имея возможности уничтожить нарушителя, было политически невыгодно, и вот теперь радоваться могли все — политики в Кремле, получившие козырь в «холодной войне» с США, военные, одержавшие серьезную победу в воздухе, а в руки к специалистам авиационной промышленности в буквальном смысле с неба свалился самолет, воплотивший в себе самые последние достижения самолетостроения основного вероятного противника.
Место падения обломков сбитого U-2B самым тщательным образом прочесали и все, что смогли найти, доставили в НИИ ВВС. Там «дар небес» с серийным номером 56-6693 был досконально изучен (вплоть до летного белья пилота).