После этих событий Николай Николаевич отправил семью на дачу Марии Федоровны, сестры жены, находившуюся в 42 километрах от Москвы.
В результате оборонительных сражений в Заполярье, Прибалтике, Белоруссии, на Украине немецко-фашистским войскам были нанесены чувствительные потери. В ходе Смоленской битвы на два месяца было задержано наступление немецких войск на Москву. В весьма ограниченные сроки большинство предприятий страны перешло на выпуск военной продукции.
С конца июня началась эвакуация авиапромышленности на Урал, в Поволжье, Сибирь, Среднюю Азию сначала из западных районов страны, затем и из центральных. В НКАП, как и в других наркоматах, начали разрабатываться соответствующие планы, рассчитываться потребное количество железнодорожных вагонов, других транспортных средств. К 12 августа 1941 г. полностью эвакуированы 25 заводов, в том числе №№ 35, 43, 81, 115, 156, 165, 380, 381, 453, 463, 464, 465, 483, заканчивалась эвакуация ленинградских авиационных предприятий №№ 23, 47, 387. В Куйбышеве завершалось создание дублеров заводов № 1 и № 24 под номерами, соответственно, 122 и 337.
Систематические воздушные налеты в конце сентября 1941 г. побудили правительство поставить вопрос о полной эвакуации авиапромышленности из Москвы.
А. С. Яковлев вспоминал, как однажды в наркомат приехал к нему Николай Николаевич.
«В этот момент объявили воздушную тревогу, но мы не пошли в убежище и долго молча сидели друг против друга.
— Что же будет дальше? — прервал молчание Поликарпов.
— Будем эвакуировать заводы в Сибирь и, как только можно, увеличивать выпуск самолетов, — чересчур бодро ответил я.
— Знаю я эти эвакуации, — угрюмо буркнул Николай Николаевич. — В Первую мировую войну мы эвакуировали Русско-Балтийский завод из Риги в Петроград… всего пятьсот километров, и то ничего не получилось. Создалась страшная пробка! Чтобы пропустить воинские эшелоны, пришлось в пути сбросить все станки вместе с платформами под откос. Так они и ржавели вдоль всего полотна железной дороги по обеим сторонам. А тут — Сибирь… Тысячи километров. Вы идеалист, Александр Сергеевич.
Состояние Поликарпова мне было понятно. Причиной была не только очередная сводка с фронта. Много горького скопилось в его душе, и я решил, что лучше не полемизировать с ним сейчас, а помолчать».
В конце сентября 1941 г. немцы начали наступление на Москву. 13 октября после тяжелых боев была оставлена Вязьма. Враг близко подошел к столице. Над Москвой нависла смертельная угроза.
Началась эвакуация правительственных учреждений. В начале октября эвакуировался ЛИИ НКАП. При перелете из Москвы в Казань И-185 № 6202 из-за остановки мотора (сломался угольник карбюратора) в районе Шатуры потерпел аварию. Пилотировал машину П. М. Попельнюшенко.
15 октября последовало указание правительства о немедленной эвакуации авиаконструкторов. Ответственность за ее проведение была возложена на А. С. Яковлева.
КБ Н. Н. Поликарпова эвакуировалось в Новосибирск.
Получив приказ, Николай Николаевич созвал совещание. Он предупредил о трудностях, ожидающих в Новосибирске: «Жить придется в землянках, работать еще упорнее». На совещании были определены сроки отправки эшелонов, назначены ответственные по эвакуации, составлен жесткий график. Он с заместителем Н. А. Жемчужиным собирался выехать первым, чтобы организовать размещение прибывающих людей, оборудования. Вместо себя ответственным за эвакуацию Николай Николаевич назначал Н. Т. Кувшинова.
А. С. Яковлев вспоминал, как вечером 15 октября он позвонил Поликарпову и дал указание немедленно выезжать:
«— Каким способом?
— Любым, каким желаете, — говорю. — Хотите самолетом — свяжу Вас сейчас с аэродромом, Вам сообщат, когда нужно туда приехать. Хотите поездом — обеспечу возможность выехать по железной дороге. Хотите — машиной…
Но, оказывается, Поликарпов никак не может выехать немедленно: за сорок километров от Москвы, на даче, у него семья… Чуть не полчаса уговариваю Поликарпова понять необходимость немедленного отъезда, сегодня же. Наконец уславливаемся, что Николай Николаевич выезжает сегодня ночью на машине.
Проверяю в одиннадцать часов вечера, выехал ли Поликарпов. Оказывается, нет. Вызываю к телефону.
— Николай Николаевич, что же Вы?
— Видите, какая погода? Ни зги не видно, снег идет. Я уж лучше подожду до утра.