В период репатриации бывших военнослужащих русской армии на родину, начавшейся в 1921 году, Базаров провел ряд важнейших оперативных мероприятий, способствовавших возвращению в Россию патриотически настроенных солдат и офицеров. Разведчик и сам стремился домой, к своей невесте. Однако по решению Центра он был оставлен за рубежом для развертывания нелегальной работы на Балканах. Одновременно Центр способствовал приезду к Базарову из России его невесты, которая вскоре стала надежным помощником разведчика.
Первой оперативной командировке Базарова суждено было продлиться до 1924 года. В служебной характеристике на нелегального резидента, относящейся к тому периоду, в частности, отмечалось:
«С марта 1921 года по 1924 год тов. Базаров пробыл на подпольной работе на Балканах (Болгария, Югославия), где в условиях крайне тяжелых, в условиях жесточайшего террора сумел создать и организовать работу группы источников, освещавших самые разнообразные политические и оперативные вопросы по Балканам».
С 1924 по 1927 год Базаров работал сотрудником полпредства СССР в Вене и под прикрытием этого учреждения в качестве резидента руководил нелегальными группами источников, действовавших в Болгарии, Югославии и Румынии. Одновременно поддерживал связь с лидерами македонского и албанского национально-революционных движений на Балканах, снабжая их оружием и материальными средствами. По заданию Центра «провел ряд особо ценных оперативных мероприятий».
В 1927 году Борис Яковлевич получил разрешение вернуться на Родину. Находясь в Москве, он руководил Балканским сектором внешней разведки в должности особоуполномоченного ИНО ОГПУ. Его отличало исключительно глубокое знание политических и экономических проблем стран этого региона. В июле 1927 года стал членом ВКП(б).
В декабре 1927 года, отмечая десятилетие создания органов государственной безопасности, Коллегия ОГПУ наградила Базарова почетным именным оружием, на котором было выгравировано: «За преданность делу пролетарской революции».
В середине 1928 года Борис Яковлевич уволился из ОГПУ по состоянию здоровья и стал работать в аппарате Высшего совета народного хозяйства СССР. Однако его оперативный и разведывательный опыт вновь понадобился Иностранному отделу. Уже в том же году Базаров возвращается в ОГПУ и снова направляется на нелегальную работу, на этот раз — в Германию. С позиций Берлина ему предстояло руководить нелегальными резидентурами в Англии и во Франции, а также балканской линией внешней разведки.
Наша справка:
В мае 1927 года консервативное правительство Великобритании разорвало дипломатические отношения с Советским Союзом, что привело к ликвидации лондонской резидентуры ИНО ОГПУ, действовавшей под прикрытием советского представительства. Это обстоятельство вынудило руководство советской внешней разведки искать иные пути проникновения в интересующие ее английские учреждения, в частности с позиций континентальных европейских стран.
Одновременно перед руководством ИНО ОГПУ со всей актуальностью встал вопрос: как организовать разведывательную работу по конкретным странам, чтобы она не зависела от состояния межгосударственных отношений? И выход был найден — перевести деятельность разведки преимущественно на нелегальную основу. Исходя из этого вывода, подкрепленного в дальнейшем решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 30 января 1930 г., начался активный период работы советской внешней разведки с нелегальных позиций.
В конце 1920-х годов Германия с учетом ее центрального положения в Европе, относительно либерального режима и широких международных связей превратилась в основную оперативную базу советской внешней разведки, в частности в работе по Англии. В эти годы с территории Германии были задействованы сразу несколько нелегальных резидентур. Одной из них и руководил резидент Кин — Б.Я. Базаров.
Возглавляемая Базаровым нелегальная резидентура, действовавшая в Лондоне, получала через своих источников ценную информацию об экономической политике Великобритании, англогерманских отношениях и по ряду других проблем.
Помимо работы по Англии и уже привычной для Базарова работы по балканским странам перед ним была поставлена задача по руководству нелегальной группой разведчиков во Франции. Резиденту и его сотрудникам удалось провести ряд успешных оперативных мероприятий по приобретению ценных источников информации. В частности, используя нелегальную агентурную сеть в Париже, Базаров получил исчерпывающую информацию о деятельности предателей Беседовского и Агабекова.