Еще опаснее «древнего партикуляризма»[62] было для ордена то, что традиционные тенденции комтурств и баллеев к автономии, равно как и обычная угроза со стороны территориально-княжеской политики, усугубились в условиях Реформации. Новую конфессию принял не только Немецкий орден в Пруссии и Ливонии и не только отдельные братья, вышедшие из ордена. Похоже, что все братство порвало со старой конфессией, впрочем, не заявляя при этом о своем выходе из ордена, а иные братья, не принявшие новой конфессии, хотели выйти из ордена, но сохранить все то, что им принадлежало. Итак, ордену и в империи угрожала секуляризация, и вставал вопрос, найдется ли в нем место братьям, поддержавшим Реформацию Лютера.
Знатные лютеране и (в небольшом количестве) католики жили бок о бок, например, в баллее Марбург, после того как ландграф Филипп подверг насильственной религиозной реформе эти владения ордена. Благодаря щедрым пожалованиям в XIII веке (см. с. 43–44) они уже в период Реформации считались богатейшими областями, но по ходу административно-финансового развития Филипп отнял их у ордена, присоединив к своей территории. Как и в других регионах, орден и его владения подчинялись в то время праву и обычаям, как привилегированные подданные сюзерена. За пределами данной территории они фактически не зависели от ордена, так что для них разница между таким положением и секуляризацией была невелика. Но в данном случае она была ощутима для тех семей гессенской знати, которые продолжали посылать своих сыновей в баллей Марбург. Они все еще служили ему, но покончили бы с этим в случае секуляризации владений ордена.
Напротив, в Саксонии и Тюрингии большая часть земельных владений Немецкого ордена в XVI веке была отчуждена. Здесь феодалы в связи с территориальной церковной политикой уже задолго до Реформации ограничили автономию монастырских владений. Однако Реформация стала причиной коренного преобразования: в Тюрингии и менее заметно в Саксонии члены ордена все чаще становились братьями священниками. В Тюрингии в канун Реформации проживали 6 рыцарей и 92 брата священника, в Саксонии 4 (или 6) рыцарей и 16 (или 14) братьев священников. Поскольку отношения между теми и другими до Реформации не были гладкими и поскольку к братьям священникам относились плохо, как в то время обычно относились рыцари ордена, кичившиеся своим статусом, к членам ордена низкого ранга, то они не могли противостоять быстро охватившей Саксонию и Тюрингию Реформации.
Здесь священники ордена быстро расстались со старой верой и орденом, и на этом он, во всяком случае в Тюрингии, так сказать, развалился. Вместе с братьями священниками исчезли получаемое за мессы и исповеди доходы, на которые орден в Тюрингии в основном и жил. В 1539 году тюрингский капитул ордена решил отказаться от «глупых (орденских) обетов». У ордена осталось только три комтурства в Тюрингии и шесть в Саксонии, в которых ютилось небольшое число рыцарей евангелической Церкви. К концу 1801 года, то есть незадолго до почти полного упразднения ордена, в Тюрингии жил один рыцарь, а в Саксонии их было шесть. Впрочем, тогда это были не самые низкие показатели и Саксония была еще одним из крупных баллеев. Во всем ордене насчитывалось всего 60 рыцарей.
Позволим себе лишь наметить путь, пройденный с XVI до начала XIX века и закончившийся роспуском ордена в эпоху Наполеона.
Несмотря на потери, которые после утраты Пруссии и Ливонии давали знать о себе и в XVI веке, ордену удалось сплотиться и реорганизоваться. Это особенно заметно в приобретении франконским комтурством Мергентхайм статуса резиденции верховного магистра и главного города региона, непосредственно подчиненного верховному магистру, а также (в иной степени) центра ордена. Хотя неизменные притязания на Пруссию, а значит, и на резиденцию верховного магистра в Кёнигсберге, долгое время не позволяли объявить Мергентхайм резиденцией верховного магистра и он был чем-то вроде Бонна, на время ставшим столицей ФРГ, это ни в коем случае не мешало учреждению необходимых центральных ведомств, но в Мергентхайме, естественно, в скромных размерах, как и пристало малой территории начала Нового времени.