Известно только два погребения, относимых к неолиту. Одно из них случайно найдено в 1923 г. в с. Батени (Грязнов, 1953), другое обнаружено в 1963 г. при раскопках окуневского могильника в урочище Черемушный Лог близ с. Байкалово (Хлобыстин, Шер, 1966). В погребении у с. Батени вместе с костями человека найдены четыре астрагала косули и восемь астрагалов барана, а также орудия.
У ручья Гремячего и на Афонтовой горе раскопан ряд погребений (Окладников, 1957; Глусская, 1963б), обладающих рядом общих признаков. Для них характерна ориентация восток-запад, положение умерших вытянуто на спине в грунтовых ямах, некоторая нарушенность скелетов, возможно, связанная с обычаем вторичного захоронения. В некоторых случаях отмечены засыпка умерших охрой, а над погребениями у ручья Гремячего — и следы кострищ, что свидетельствует об использовании огня в погребальном обряде, нашедшем яркое выражение в погребении на Узенькой улице. В погребениях найдены украшения из клыков кабана, резцы бобра, подвески из зубов песца, медведя, мелкие бусы-кружочки из перламутра и мрамора, шилья из костей животных, тесла из сланца, листовидные наконечники стрел с тонкоструйчатой ретушью, произведения искусства. Так, из погребения у ручья Гремячего (Глусская, 1963б) происходят костяные пластинки-подвески с вырезанными на них изображениями птиц, головка лося с характерными косыми линиями гравировки на поверхности. Здесь же найден игольник, покрытый спиральной резьбой. В погребении на Афонтовой горе, раскопанном А.Ф. Катковым, была подвеска в виде плавающей уточки. Эти погребения можно датировать второй половиной III тыс. до н. э. и сопоставлять с культурой западно-ангарской керамики.
К позднему неолиту, а по мнению некоторых исследователей, к энеолиту, относится захоронение, обнаруженное близ Красноярска у дач Гороно (Глусская, 1963а). В глубокой яме вытянуто на спине, головой на север была погребена женщина 30–35 лет. В погребении найдены пластины из клыка кабана с отверстиями для нашивания, подвески из зубов медведя и волка, резцов свиньи, вырезанные из кости бусы, имитирующие подвески из зубов животных, бусы в виде кружков из перламутра и агальматолита, невысокие цилиндрические бусы из пирофиллита, две бусины из небольших округлых галек. Эти украшения составляли ожерелье и обшивку обуви. С умершей положили две подвески из раковин, грубые скребловидные орудия и скребла-ножи миндалевидной формы, пластинчатое тесло, под шлифованное только по лезвию, длинный игольник из кости лебедя, украшенный на концах спиральными поперечными нарезками. Кроме того, в могиле лежали расколотые трубчатые кости животных — заготовки для орудий или украшений.
В 1884 г. в урочище «Бор» у устья Базаихи И.Т. Савенков (Savenkov, 1893) раскопал пять погребений. Погребение № 2 сопровождалось кельтом карасукского типа и было устроено в менее глубокой яме, чем остальные. В двух погребениях вещей не было, за исключением одного кварцитового скребка. Богатый инвентарь оказался при двух наиболее глубоких захоронениях женщины с ребенком и мужчины (№ 4 и 5), лежащих недалеко друг от друга. Между ними отмечены следы большого костра. В захоронениях найдены шлифованное тесло из кремнистого сланца, линзовидное в сечении, сланцевый нож с односторонне выпуклым лезвием и притупленной спинкой, обработанной ретушью, кинжал с желобками для вкладыша, наконечники стрел, украшения из клыков кабана, клык медведя, составной рыболовный крючок из кости, аналогичный крючкам из серовских погребений Верхоленского могильника и другие вещи. Замечательны сделанные из лосиного рога фигурки лосей, животного с подогнутыми ногами и антропоморфная скульптурка с головой птицы. Человека, с которым положены в могилу эти предметы, И.Т. Савенков назвал «шаманом». Скелет «шамана» оказался неполным. Возможно, это связано с обрядом вторичного захоронения, который известен по другим погребальным комплексам Среднего Енисея. А.П. Окладников (1957), отметив сходство изделий из двух последних погребений с серовскими материалами, отнес погребения к серовскому времени, т. е. к III тыс. до н. э. Другие исследователи датируют их началом II тыс., периодом раннего металла (Студзицкая, 1966). Исследования черепов из Базаихи (Дебец, 1948; Герасимов, 1955) показали, что черепа принадлежат к смешанному типу, возникшему в результате метисации монголоидов и европеоидов.