Великий князь спешил убедить новгородцев, что им незачем бояться повторения побоища, которое некогда устроил Иван Грозный лишь из-за одного подозрения о сговоре Новгорода с Литвой. «Которые люди, будучи у Свейских людей, им доброхотали и служили, и во всем были им покорны, и волю их творили волею и неволею, и тех по тому ж мы Великий Государь, по нашему Царскому милостивому нраву, жаловати хотим, никто б ничего от нас Великого Государя не опасался: как было, будучи у Свейских людей в руках, их воли не творити?» — говорилось в царском послании.
Впрочем, ни казнить, ни жаловать было практически некого. Послы великого князя составили опись состояния Новгорода после выхода оттуда шведов, в которой, в частности, говорилось: «На Софийской стороне белых 24 двора, а жильцов в них 25 человек, тяглых 40 дворов, а жильцов в них 49 человек. А опричь того на Софийской стороне дворов нет, вся Софийская сторона стоит пуста, дворы и лавки сожгли». Лучше сохранилась торговая сторона, где шведы не стояли. Там уцелело 429 дворов, в которых писцы зафиксировали 764 жильца.
О причине малолюдства красноречиво говорится в одной из челобитных, поданных царским послам: «Как были в Новегороде немецкие люди, и от их великих налогов и правежев многие посадские людишки сами на себя посягали, давилися, а иные, не терпя великих правежев и мучения, разбрелися розно, да и те людишки на дорогах от литовских и от немецких и от воровских людей побиты, а иные с мразу и с гладу в лесах померли».
На оставленных шведами оккупированных землях началась гигантская инвентаризация. Специально назначенные комиссии считали все — от колоколов, в том числе битых и горелых, до кабацких чанов и пушек. Доносы о русском имуществе, тайно увезенном или спрятанном шведами в нарушение договора, текли густым потоком. Кто-то видел, как шведы ночью вывезли из Новгорода три пушки, укрыв их сеном, кто-то сообщал, что шведы зарыли в землю несколько колоколов, чтобы потом выкопать их и похитить при удобном случае. «Верните! Заплатите ущерб! Докажите, что не брали!» — требовали русские комиссары.
Много хлопот вызывала и борьба за людей. Царские представители жаловались, что шведы насильно удерживают в отошедших к ним городах ремесленников, в том числе пушкарей, а с тех, кто хочет переехать в Россию, берут взятки. Шведы, в свою очередь, обвиняли царских слуг в нежелании высылать назад исконных шведов, толпами перебегавших на земли великого князя в поисках лучшей доли. По огромной приграничной территории шла загонная охота. Как русский царь, так и шведский король старались поймать в свои сети как можно больше народа, пока на границах еще не установлены прочные заставы, а людишки растерянны и не сообразили, куда им лучше приткнуться.
В годы шведской оккупации сотни представителей высших слоев русского общества, от высокородных бояр до мелкопоместных дворян, верой и правдой служили Густаву Адольфу. Они тем более нужны были королю сейчас, чтобы держать в повиновении массу его новых русских подданных. Но великий князь успел отправить многих из этих полезных людей в глубь своей обширной страны, в Сибирь и на Каспий. «Вы их несправедливо сослали. Приведите дворян к границе, и пусть они в нашем присутствии изъявят свою волю, кому хотят служить!» — взывали шведские комиссары. «Они не сосланы, а добровольно отправились служить нашему самодержцу. Вызывать их на границу незачем», — с достоинством парировали русские представители.
Шведам приходилось смириться с тем, что своих былых союзников они уже никогда не увидят. Впрочем, многие знатные русские все же остались на шведской стороне. Они вели сейчас агитацию в отошедших короне городах, призывая жителей сменить подданство. Православие останется в неприкосновенности, а их монархом будет просвещенный и милостивый шведский король, под защитой которого они забудут о тирании великих князей!
Наиболее отчаянные из вербовщиков заезжали и на другую сторону границы, уговаривая население переходить в Швецию. В конце концов русские послы поставили шведам ультиматум, требуя по разным делам присылать в Россию лишь шведов, а не русских, перешедших на их службу: «Чтоб те русские люди меж великого государя нашего, царя и великого князя Михайла Федоровича, всея Руси самодержца, его царского величества и вашего вельможного государя, короля Густава Адольфа Свийского ссоры не учинили: а опроч ссоры меж государей и государств от тех людей чаяти нечево».