В телеграммах в центр Дыбенко просил направить надежные части Советской армии в Гуляйполе, предлагал захватить Махно и его штаб, махновцев разоружить и расформировать «даже с боем, если будет необходимость». На 24 апреля Дыбенко запланировал ликвидировать Махно, вызвав его в свой штаб на совещание. Однако Антонов-Овсеенко запретил Дыбенко прибегать к террору и вмешиваться в дела Махно, а махновская контрразведка предупредила Махно, чтобы он не ехал в штаб.
28 апреля махновцы вытеснили белых из Мариуполя и Волновахи и подошли вплотную к Юзовке и Таганрогу. Антонов-Овсеенко в телеграмме правительству УССР требовал «…немедленно прекратить травлю махновцев, которая носит провокационный характер». Итоги своего визита к Махно Антонов-Овсеенко изложил в телеграмме Раковскому, указывая, что Махно проводит агитацию за «единый фронт» против белогвардейцев, что батько к агитации против большевиков непричастен, а на III Гуляйпольском съезде не был и его резолюций не подписывал, что бандитизма в частях Махно не замечено, а общее мнение о повстанцах: «кадр прекрасный, но нуждается в обработке». Антонов-Овсеенко дал согласие на развертывание махновской бригады в дивизию. В то же время Троцкий и командование Южного фронта послали телеграммы во все инстанции с запретом развертывания дивизии. Троцкий и К° продолжают снабжать махновскую дивизию как бригаду, а с середины мая вообще прекратили все поставки. 7 мая на махновском совете было принято решение о переформировании бригады в дивизию им. Махно, и комдивом этой дивизии избрали самого Махно. Махновцы удерживали важнейший участок фронта — 110 верст, от Азовского моря до ст. Кутейниково.
В начале апреля в Елизаветграде состоялся съезд конфедерации «Набат». Съезд отметил, что большевики применяют репрессии против анархистов, что карательные действия власти могут вынудить анархистов совершить адекватные действия. «Бюрократизация», «подавление низов», «контрреволюционность» — такими эпитетами анархисты характеризовали большевиков, обращаясь при этом к своим сторонникам и сочувствующим с лозунгом: «Никаких компромиссов с Советской властью!». «Набатовцы» призывали организовывать подполья на заводах и в военных частях, «всячески поддерживать повстанческое движение». К Махно прибыли несколько сотен анархистов во главе с лидером «набатовцев» В. Волиным, который вскоре стал вторым человеком в махновском движении — секретарем махновского совета (до декабря 1919 года).
8 мая 1919 года атаман Григорьев поднял мятеж против большевиков в своей 6-й дивизии 3-й Украинской советской армии (20 тыс. солдат). Григорьев отдает приказ всем своим единомышленникам формировать отряды, захватить все станции, уездные города, Киев и Харьков. В первые дни восстания григорьевцы достигли значительных стратегических успехов. Военные части Украинской Красной армии переходили на сторону восставших или объявляли о своем нейтралитете. 9—16 мая восставшие крестьяне и красноармейцы захватили Елизаветград, Черкассы, Кременчуг, Екатеринослав, Николаев, Херсон.
Паника охватила представителей власти. Казалось, все три Украинские советские армии развернули свои штыки против них и восстание достигнет успеха. Большевистские власти стали готовиться к эвакуации из Киева. Григорьевский «Универсал» в Украине имел эффект разорвавшейся бомбы, это был неожиданный вызов коммунистическому режиму. Атаман рассчитывал, что на его сторону перейдут не только повстанцы атаманов Зеленого, Ангела, Волынца, Заболотного, но и части трех Украинских советских армий, которые состояли из бывших украинских повстанцев. Особые надежды он возлагал на Махно. На 27 апреля 1919 года Махно и Григорьев назначили тайную встречу своих представителей в Екатеринославе для рассмотрения политической ситуации. Однако чекисты их арестовали.
Судьба восстания Григорьева в значительной степени зависела от позиции Махно. Григорьев посылает Махно телеграмму со словами: «От комиссаров, чрезвычаек не было жизни… Мои войска не выдержали и стали сами бить чрезвычайки и гнать комиссаров… И вот я, атаман вне закона, гоню их за пределы Украины… Не пора ли Вам, батьке Махно, сказать свое весомое слово тем, кто выше свободы народа ставит диктатуру отдельной партии?» Большевики требовали от Махно провозгласить воззвание против григорьевцев, угрожая, что объявят его вне закона. Однако батько заявил, что не верит «красной пропаганде». Он решил не вмешиваться в конфликт. Хотя Махно и выпустил прокламацию «Кто такой Григорьев», в которой атаман был назван врагом революции и антисемитом, но в то же время Махно призывал игнорировать «спор Григорьева с большевиками за политическую власть». В боях 16–24 мая части Григорьева были разбиты красноармейскими отрядами, но атаман сумел сохранить ядро своего повстанческого войска.