Этот научный кабинет в его доме был невелик, но в нём были скелеты животных и чучела, и сосуды со змеями и ящерицами в спирте, коллекции насекомых под стеклом, окаменелости, засушенные растения. Там было даже чучело колибри — одно из первых, привезённых в Европу. Рядом стояло множество книг, ведь Геснер знал более десяти языков и прочёл почти всё, что к тому времени было написано о животных. И сам он писал книги — по медицине, минералогии, ботанике, составил огромный библиографический справочник, но в историю науки Конрад Геснер вошел как зоолог.
Его труд, названный, как у Аристотеля, "История животных", стал для Европы XVI века своеобразной зоологической энциклопедией. В первый том её Геснер поместил, выделив их в отдельную группу, живородящих четвероногих животных, то есть млекопитающих. Второй том рассказывает о яйцекладущих четвероногих (земноводных и части пресмыкающихся), третий — о птицах, четвёртый — о водных животных.
2.1. Носорог — рисунок Дюрера, опубликованный Геснером
Пятый том, описывающий змей и ящериц, был издан уже после смерти Геснера. Это огромные, в половину стола, книги, около тысячи страниц в каждой, с множеством иллюстраций. Именно там было помещено сделанное Дюрером знаменитое изображение первого носорога, попавшего в Европу — мощное животное, как будто закованное в броню. "Броня" эта возникла по ошибке. Носорог был прислан из Индии португальскими завоевателями в подарок своему королю Мануэлу I. Несколько месяцев несчастное животное ютилось на корабле в маленьком загончике, и за это время у него образовались мощные кожные наросты; такие бывают и в зоопарках у старых азиатских носорогов. В Португалии художник Валентин Фернандес зарисовал его, невольно преувеличив размеры и форму наростов. По этому рисунку Дюрер, сам в глаза не видавший носорога, и сделал гравюру, на котором носорог выглядит как доисторическое чудовище.
Работая над "Историей животных", Геснер понимал, что сведения в каждом томе должны располагаться в каком-то порядке. Но до создания научной системы животного мира было ещё далеко, и Геснеру пришлось в каждом томе расположить всю живность просто по алфавиту, согласно латинским названиям. Каждая главка — десятки страниц, посвящённых одному живому существу, на которых записано всё, что было тогда о нём известно: его название на разных языках, подробное описание облика, сведения о том, где оно обитает, образ жизни, повадки, способы охоты на него, дрессировка и множество других подробностей вплоть до басен и поговорок об этом животном.
То, что Геснер писал о европейских животных, во многом согласуется с современными сведениями. Многих он видел сам, иные хранились в его музее. Более того, он рассказал о животных, не доживших до наших дней. Это тур, ещё встречавшийся в начале XVII века, и "лесной ворон". Эту птицу долго считали вымыслом, и только много позднее выяснилось, что речь идёт о лысом ибисе, тогда ещё обитавшем в Альпах; сейчас он сохранился только в немногих местах Марокко и Турции.
Геснер старался быть критичным к рассказам путешественников и авторов бестиариев. О василиске он написал, что это "женские сплетни и фальшивая бессмыслица" и добавил: "Аптекари и другие бродяги изменяют тела скатов многими способами по своей прихоти, обрезая, выворачивая и вытягивая в облик змей, василисков и драконов. Я помещаю здесь изображение такой фигуры, чтобы могли быть узнаны обман и хитрость. Я видел здесь (в Цюрихе) путешествующего бродягу, который показывал такую фигуру как василиска, но он был сделан из ската". Он доказал, что знаменитый в то время дракон (он же гидра), хранившийся в Венеции, — чудовище с двумя когтистыми лапами, длинным закрученным хвостом и семью головами на длинных шеях — искусная подделка. Впрочем, в существование драконов он верил; просто считал, что настоящие драконы очень редки. Что же касается семиголовых гидр, то, по-видимому, в те времена это был ходкий товар. Голландский собиратель экзотических животных Альберт Себа даже в начале XVIII века считал чучело такой гидры жемчужиной своей коллекции. К счастью (или к сожалению?) гидра не вошла в число тех "натуралий", которые были куплены у него Петром Великим и составили основу петербургской Кунсткамеры. Забавно — ведь Себа был аптекарем, и к нему тоже в какой-то мере относится гневная фраза Геснера, написанная гораздо ранее.