По легенде ложа, в работах которой якобы принимал участие Петр I, называлась «Нептун». Подтвердить или опровергнуть эти легенды вряд ли возможно, однако доподлинно известно и документально подтверждено, что великий реформатор пользовался у русских вольных каменщиков огромным уважением и свою родословную русские масоны предпочли вести именно от Петра I, которому посвящено немало масонских гимнов, в частности знаменитая «Песнь Петру Великому» Державина. Так что, идеологическая и духовная связь русских масонов с петровскими реформами не вызывает сомнения.
Самые ранние исторически достоверные сведения о масонстве в России относятся к 1731 году, к эпохе императрицы Анны Иоанновны, когда, как гласит официальный английский источник, гроссмейстер Великой Лондонской ложи лорд Ловель назначил капитана Джона Филипса провинциальным великим мастером «для всей России». Через десять лет его сменил генерал Джеймс Кейт, шотландец, состоявший на русской службе.
Таким образом, первоначальное масонство пришло в Россию, как и всюду на континенте, из Англии. Вероятно, в первые годы орденское учение распространялось лишь в тесном кругу соплеменников Джона Филипса, переселившихся в Россию.
Собственно же российское масонство начинает развиваться в сороковых годах, в царствование Елизаветы Петровны и среди российских вольных каменщиков появляются имена самих видных русских вельмож, представителей старых дворянских и даже княжеских родов (граф Николай Головин, графы Захар и Иван Чернышевы, Кирилл Разумовский, фаворит императрицы Иван Шувалов и др.). Масоном был и будущий император Петр III.
Настоящий расцвет масонства в России приходится на первые десятилетия царствования Екатерины II Великой, когда в России одновременно заработали ложи двух масонских систем — Елагинской и Циннендорфской (шведско-берлинской), пользовавшиеся огромной популярностью. Масонами были фаворит императрицы Григорий Орлов, глава иностранной коллегии, наставник будущего русского императора граф Никита Панин, генералы И.Н. Болтин, Н.М. Бороздин, графы А.А. Брюс, А.К. Разумовский, А.С. Строганов, князья Ю.В. Долгорукий, Г.П. Гагарин, А.Б. Куракин, М.М. Щербатов и другие.
Выдающаяся роль в этот период истории русского масонства принадлежит Ивану Перфильевичу Елагину — писателю, сенатору, управляющему императорскими театрами, одному из самых деятельных пропагандистов масонства в Россини, основателю ряда масонских лож в Санкт-Петербурге. Нельзя не вспомнить Николая Ивановича Новикова — русского просветителя, мыслителя, писателя, журналиста, издателя, общественного деятеля и благотворителя: Вольным Каменщиком он стал в 1775 году, будучи посвящен в ложе «Астрея» в Санкт-Петербурге.
Еще в последние годы царствования Елизаветы Петровны одним из первых русских масонов стал великий русский полководец Александр Васильевич Суворов. Он был посвящен и возведен в третью степень мастера в Петербурге в ложе «Три звезды». Находясь позднее, во время Семилетней войны в Пруссии и навещая в Кенигсберге отца, он 27 января 1761 года был произведен в шотландские мастера в ложе «К трем коронам». С этого дня и до отъезда из Кенигсберга в начале 1762 года Суворов числился членом ложи. В списке ее членов, представленном 16 марта 1761 года в Ложу Трех Глобусов, Александр Суворов значится за № 6.
Другой великий русский полководец фельдмаршал князь Михаил Илларионович Голенищев-Кутузов (Смоленский) приобщился к таинствам ордена в 1779 году в Регенсбурге, в ложе «К Трем Ключам». Впоследствии он дошел до высших степеней и был одним из влиятельнейших членов российского братства вольных каменщиков.
В историю России вписаны имена масонов: Михаила Матвеевича Хераскова, Александра Николаевича Радищева, Михаила Михайловича Сперанского, Федора Петровича Гааза, Николая Михайловича Карамзина, Александра Сергеевича Грибоедов, Александра Сергеевича Пушкина, Василия Львовича Пушкина, Павла Ивановича Пестеля, Михаила Александровича Бакунина, Павла Николаевича Яблочкова, Максимилиана Александровича Волошина, Михаила Андреевича Осоргина (Ильина) и многих других.
Тем не менее масонские ложи в России неоднократно подвергались гонениям и трижды запрещались особыми императорскими указами.
Екатерина II, относившаяся к масонству с благосклонностью, если не с симпатией, в 1792 году обвинила вольных каменщиков во всех смертных грехах, в том числе и в том, что они «употребляли разные способы… к уловлению в свою секту известной по их бумагам особы (то есть наследника престола Павла Петровича)». Многие из «братьев», и среди них Николай Новиков, были арестованы, «с пристрастием» допрошены и осуждены. Другие, как И.В.Лопухин, Н.Н.Трубецкой и И.П.Тургенев, «после истинного раскаяния допрашиваемых» прощены милостью государыни, повелевшей: «из единого человеколюбия освобождая их от заслуженного ими жестокого наказания… отправиться в отдаленные от столиц деревни их и там иметь пребывание». Российские ложи указом от 1794 года были разогнаны.