У 1658 г. эпідэмія ўспыхнула з новай сілай*. Ратуючыся, маскоўскія ваяводы ставілі на дарогах заставы, рабілі засекі. А цар наракаў, што з прычыны мору ён атрымлівае надта мала інфармацыі з тэрыторыі Вялікага Княства Літоўскага...
* Лютавала тады яна і ў Вільні. Аднак, калі віленчукі памкнуліся ратавацца ад пошасці, з якой ужо паміралі людзі ў самым горадзе, на пасадзе і ў слабодах за Вяллёй, царскі ваявода Шахоўскі загадаў «закрыть ворота все» ды «из города мещан пропущать не велел». Праўда, па якім часе ўсё ж мусіў дазволіць ім выйсці ды жыць на палях, у лесе, па вёсках і мястэчках, але папярэдне ўзяў з кожнага падпіску аб вернасці маскоўскаму цару.
У тыя гады на занятых абшарах Аляксей Міхайлавіч нават рэлігію зрабіў сваёй зброяй. Правам на існаванне тут надзялялі толькі адну канфесію - праваслаўную. Ацалелыя неправаслаўныя храмы ці зачыняліся, ці перадаваліся святарам грэцкага абраду, як, прыкладам, у Смаленску ды ў Старым Быхаве, дзе цар загадаў «в каменном костеле быть соборной церкви». Людзі апынуліся ў такім становішчы, што часам трэба было пераходзіць у праваслаўную веру адно дзеля таго, каб выжыць, каб не памерці з голаду [5, т.3, с.101]. Асабліва даставалася вуніяцкай царкве. Сам вуніяцкі мітрапаліт ратаваўся толькі тым, што таемна пераходзіў з месца на месца, несучы з сабою рэшткі мошчаў полацкага вуніяцкага арцыбіскупа Язафата Кунцэвіча, якія да вайны захоўваліся ў Полацку.
Ідучы на часовае замірэнне ў 1656 г., маскоўскі ўрад мусіў часткова карэктаваць сваю палітыку да касцёла. Каб нейтралізаваць каталіцкае духавенства, хоць неяк схіліць сімпатыі шляхты да цара як кандыдата на каралеўскі пасад, трэба было пайсці на кампраміс. Падзяліўшы захопленую тэрыторыю на дзве часткі па лініі ракі Бярэзіна, цар па-ранейшаму забараняў існаванне каталіцкіх храмаў толькі на ўсход ад яе. На захад ад Бярэзіны цяпер дазвалялася суіснаваць і царкве, і касцёлу. Гэтак маскоўскія ўлады, падпісаўшы патрэбнае замірэнне, пайшлі насустрач дамаганням шляхты Ашмянскага, Ваўкавыскага, Горадзенскага і Лідскага паветаў, якая прасіла захаваць яе веру й маёнткі. Праўда, напачатку гэты дазвол не распаўсюджваўся на сама буйныя гарады - Вільню, Горадню, Трокі. А ў паветах спакой і бяспека каталікоў мала бараніліся ад сваволі праваслаўнага духавенства ці вайскоўцаў актам прынятай дамовы. Гэтак, у гады замірэння полацкі епіскап Каліст гвалтам закрыў касцёл у вёсцы Альбарочыцы на Ашмяншчыне, забараніў там набажэнствы, а ксяндзоў павязаў і невядома куды дзеў. Што ж да вуніятаў, дык яны аніколі не ведалі літасці з боку царскага ўрада. Пад час тых жа віленскіх перамоваў маскоўскія паслы неадступна патрабавалі: «Уния должна быть уничтожена, ибо она Богу всемогущему грубна» [64, т.10, с.638]. Незалежна ад ваенна-палітычнай сітуацыі на занятай тэрыторыі храмы вуніятаў абавязкова зачыняліся, землі іх канфіскоўваліся, а саміх парафіянаў найчасцей высылалі ці пераводзілі ў праваслаўе. Прыкладам, у 1658 г. сам цар загадаў свайму віленскаму ваяводу Міхайлу Шахоўскаму «из города Вилны и из иных городов и мест, которые к Вилне близко, униятов всех, кто где живет... высылать вон тотчас, и заказ учинить крепкой, чтоб впредь униятов нигде не приймовали и высылали их вон, чтобы от них в вере каких расколов не было». Сабраўшы вуніятаў, ваявода абвясціў ультыматум: або яны перахрысцяцца ў праваслаўе, або іх выганяць. Падумаўшы, шмат хто пагадзіўся змяніць веру [4, с.261]. Пад гэтакім ціскам за гады акупацыі ў праваслаўе было пераведзена, відаць, усё вуніяцкае жыхарства Беларусі.
Нецярплівасць маскоўскіх уладаў да іншых веравызнанняў вельмі ўражвала сучаснікаў тых падзеяў. Пасол аўстрыйскага імператара Аўгусцін Маербэрг, які ездзіў пад час вайны ў Маскву, нават параўноўваў цара з турэцкім уладаром. Але калі турак, лічачы ўсе веравызнанні ніжэйшымі за сваю веру, усё ж дазваляе праводзіць каталіцкія, і праваслаўныя набажэнствы, дык «масквіцяне толькі ўвойдуць у адкрытую браму якога-колечы горада ... адразу ж знішчаюць усялякае падабенства каталіцкай веры», - адзначаў ён [15, с.199].
Затое праваслаўная царква ў Беларусі ў тым часе ўсяляк умацоўвалася, манастыры карысталіся дэманстратыўнай пратэкцыяй і сама шырокай падтрымкай цара. Прыкладам, Богаяўленскі манастыр у Полацку, які яшчэ на пачатку вайны атрымаў дапамогу па царскай грамаце, у чэрвені 1656 г. дачакаўся новае ўзнагароды - граматы на валоданне Іванскай воласцю «со крестьяны и с землею, со всеми угодьи к тем селам и деревням* належачим»; затым, увосень таго ж года, цар перадаў яму апусцелыя двары полацкіх мяшчанаў і габраяў, а крыху пазней, у лістападзе, - яшчэ блізу 30 вёсак [11, с.57, 67, 68].