Средние и остальные высшие учебные заведения также подверглись изменениям в течение этого времени. Другим средством против прилива учащихся в средние и высшие заведения было требование еще до поступления увольнительных свидетельств от обществ, что тогда соединялось со значительными затруднениями. В 1849 году (марта 11-го) в курсе гимназий было допущено разделение на общее и специальное обучение, начинавшееся с 4-го класса, причем только желающие поступить в университет обязаны были учиться латинскому (все) и греческому (для филологического факультета) языкам (обоим с 4-го класса), а для заявивших желание поступить прямо на службу обязательны были общие предметы и законоведение.
В октябре 1851 года последовал запрос министру народного просвещения такого рода: «Не полагает ли он так же, как его величество, что преподавание греческого языка во всех гимназиях совершенно лишнее?» Князь Ширинский-Шихматов представил доклад в этом смысле, ссылаясь на личный опыт, при обозрении гимназий. При этом он указывал на то обстоятельство, что до сих пор из 74 гимназий греческий язык преподается только в 45. Преподавание его положено было оставить только в университетских гимназиях (по одной) и в некоторых других городах. Все эти преобразования не коснулись, однако, Дерптского округа. Преподавание греческого языка было заменено естественными науками, которые были признаны имеющими современный интерес. Но что далеко не эта цель преобладала в замене одного предмета другим, это очевидно из того же доклада.
«По мнению моему, — говорится в нем, — с допущением этой меры не только довершилась бы полнота образования учеников, намеревающихся прямо из гимназий поступить в гражданскую службу, но и ощутительно облегчилось бы подробное и основательное изучение естественных наук для студентов физико-математического и медицинского факультетов, о чем неоднократно и убедительно просили меня профессора естественных наук». Без сомнения, в этой пригодности естественных наук для службы имелась в виду та же цель, то есть необходимость сократить «необдуманное» стремление молодых людей в университеты. В то время когда Дерптский округ признавался вполне пригодным для приготовления настоящих филологов, в следующем году сделано было такое распоряжение: «Не сомневаясь в существенной пользе, которая произойдет от направления этого предмета (греческого языка) к прямой цели своей — основательному изучению творений эллинских писателей и в особенности святых отцов восточной церкви, — министр народного просвещения обратил внимание на возможное усовершенствование преподавания греческого языка, причем не мог упустить из виду и правильности произношения, а потому всеподданнейше испрашивал соизволения его императорского величества, чтобы в высших учебных заведениях при преподавании греческого языка употребляемо было произношение природных греков (Рейхлина), принятое в наших православных духовных академиях и семинариях.
Но тенденциозность проводимых мер еще более видна из дальнейших действий. В это время заявляется стремление со стороны самих педагогов переделать всеобщую историю на новый лад, например, опустить в учебниках всю греческую и римскую историю до времен Августа. Греческая и римская история, написанная языческими или республиканскими писателями, каковы: Геродот, Фукидид, Тит Ливий и Тацит, — по мнению их, должна была оказывать вредное влияние на юные умы. Учебник всеобщей истории должен был быть написан в русском духе и с русской точки зрения. Слабые стороны этой программы были указаны тогда же Грановским.
Заявляли о приливе молодых людей в гимназии и университеты, но в действительности и гимназии далеки были от этого идеала. Из статистических данных оказывается, что число учеников в империи постоянно увеличивалось с 1836 по 1847 год, и в этом году достигло уже цифры свыше 20 000, но в следующие восемь лет оно заметно уменьшается и в 1855 году падает до цифры 17 817. В 1836 г. среднее число учеников было 227 и гимназию, но были гимназии с гораздо меньшим числом учеников, большинство которых приходилось только на некоторые губернии (С.-Петербургскую, Московскую, западные). Вообще в это время в России оказывается: 1 гимназия на 349 000 жителей и 1 учащийся на 1000 жителей (мужского пола), тогда как в Бельгии — 1 на 230 000 (1 на 766), во Франции — 1 на 239 000 (1 на 616), в Италии — 1 на 32 100 (1 на 520), в Пруссии — 1 на 62 900 (1 на 214). Но из указанного числа учеников в русских гимназиях, по позднейшим данным (1863 г.) только Ум достигала высшего класса. В 1843 году по сословиям в 51 гимназии ученики распределялись так: 10 066 детей дворян и чиновников, 218 — духовного звания, 2500 податного состояния. В 1853 году (в 58 гимназиях) было: дворян и детей чиновников — 12 007, духовного звания — 343, податного состояния — 2719 (православных — 7884, католиков — 3571, протестантов — 1020, евреев — 155, магометан — 23). По позднейшим сведениям, в гимназиях не было занято служебных мест 2337. Более 1/2 директоров (из сведений, имевшихся в министерстве о 337 директорах) не имели вовсе степеней; из 351 инспектора без степеней было 72. Бывали случаи, что места учителей не были заняты в течение 32, 27, 11, 8 и весьма часто 5 и 6 лет. На 3956 учителей 37,5 % не имели ученой степени.