1. Принцип взаимосвязи или коннексии частей. Гомологичные части располагаются одинаково относительно смежных частей. Это "закон места". Сент-Илер Этьен считал, что орган будет скорее изменён, атрофирован, уничтожен, но не перемещён. Нахождение места данной части ― главный метод гомологизации, которым пользовался Жоффруа Сент-Илер Этьен.
2. Принцип уравновешивания (балансирования) органов. Это "закон взаимосвязи". Орган достигает своего полного развития за счёт недоразвития другого из его системы. Идея принципа восходит к Аристотелю.
Идею параллелизма успешно разрабатывали сравнительные анатомы — Этьен Серр (Serres E. 1787-1868 гг.), ученик Жоффруа Сент-Илера Этьена, и, особенно, Иоганн Фридрих Меккель (Meckel J. F., 1781-1833 гг.), который назвал это явление "законом параллелизма".
Следует отметить, что ещё раньше Жоффруа Сент-Илера Этьена предпринял попытку обосновать единство плана строения как животных, так и растений знаменитый немецкий поэт, талантливый морфолог, анатом и ботаник Иоганн Вольфганг Гёте (Goethe J. W., 1749-1832 гг.). Понятие морфологического типа он впервые сформулировал в 1795 году в статье "Первый набросок общего введения в сравнительную анатомию, исходя из остеологии". В 1796 году по материалам этой статьи Гёте прочитал три лекции. Но напечатана эта работа была только в 1820 году уже после неоднократных публикаций Жоффруа Сент-Илера Этьена. Гёте писал: "Животное формируется обстоятельствами для обстоятельств: отсюда его внутреннее совершенство и его целесообразность в отношении внешнего мира" (И. В. Гёте Избранные сочинения, М., 1957, с. 160).
В своей работе "Метаморфозы растений" (1790 г.) Гёте доказывал, что все органы растений, включая пестики, тычинки, плоды являются метаморфозами одного и того же образования, которое он условно назвал "листом". Он впервые дал определение цветка, как видоизменённого побега, зарисовал его на бумаге и сказал: "В этом изображении заключён закон для всех растений; это то, что должно считать основой и последней реальностью, таковы все растения, каковы бы ни были их бесконечные отличия". (Сравните с выше приведённым высказыванием Жоффруа Сент-Илера Этьена "Природа создала все существа по единому плану, одинаковому в принципе, но бесконечно варьирующему в деталях").
Теорию аналогов в строении животных поддерживал другой французский зоолог и сравнительный анатом Жорж Кювье (Cuvier J., 1769-1832 гг.), известный нам по старым школьным учебникам своей "теорией катастроф". Но, в отличие от единого плана строения Жоффруа Сент-Илера, он выделял четыре самостоятельных и гомологию рассматривал в каждом отдельно. Т. н. планы, то есть, группы животных, были у него следующими: 1. позвоночные ― млекопитающие, птицы, рептилии, рыбы; 2. мягкотелые ― моллюски; 3. членистые животные ― ракообразные, паукообразные, насекомые; 4. лучистые — иглокожие, круглые черви, плоские черви, медузы, инфузории. В основе выделения этих групп лежат нервная система, скелет, органы кровообращения.