Подростка Николая Костомарова, подобно многим богатым барчукам, отдали в частный пансион господина Ге, преподавателя французского языка в университете. Первое время его пребывания после отъезда отца из Москвы проходило в беспрестанных слезах; Николаю было невыносимо тяжело и одиноко в чужой стороне и среди чужих людей; юному подростку все время рисовались картины покинутой домашней жизни и матушка, которой была тяжела разлука с сыном. Мало-помалу учеба начала Николая захватывать и тоска улеглась. Он приобрел признание товарищей; содержатель пансиона и учителя удивлялись памяти и способностям Николая Ивановича. Однажды, например, забравшись в кабинет хозяина, он отыскал сборник латинских крылатых выражений и за каких-нибудь полдня выучил все наизусть. По всем предметам Н. Костомаров учился хорошо, кроме танцев, к которым, по приговору танцмейстера, «не показывал ни малейшей способности». Будущий ученый вспоминал: «Через несколько месяцев я заболел; отцу написали об этом, и он внезапно явился в Москву в то время, как я не ждал его. Я уже выздоровел, в пансионе был танцкласс, как вдруг отец мой входит в зал. Поговоривши с пансионосодержателем, отец положил за благо взять меня с тем, чтобы привезти снова на другой год после вакаций. Впоследствии я узнал, что человек, которого отец оставил при мне в пансионе в качестве моего дядьки, написал ему какую-то клевету о пансионе; кроме того, я слыхал, что сама болезнь, которую я перед тем испытал, произошла от отравы, поданной мне этим дядькой, которому, как оказалось, был в то время расчет во что бы то ни стало убраться из Москвы в деревню. Таким образом, в 1828 году я был снова в деревне – в чаянии после вакаций снова ехать в московский пансион; между тем над головой моего отца готовился роковой удар, долженствовавший лишить его жизни и изменить всю мою последующую судьбу».
Иван Петрович еще сильнее восхищался даровитостью своего сына, часто возил по лесам и твердил ему при кучерах и лакеях: «пойдем, Николай, обозревать твои леса». Всякому встречному он неосторожно говорил: «Откладывать больше не стану, отвезу с каникул Николая в пансион, а сам отправлюсь из Москвы в Петербург для усыновления моего дорогого мальчика». Но случилось непоправимое: Иван Петрович был убит, и это направило жизнь юного Костомарова по иному пути и удручающим образом подействовало на психику впечатлительного ребенка.
В имении отца, как уже упоминалось, было несколько переселенцев из Орловской губернии; из них кучер и камердинер жили во дворе, а третий, служивший прежде лакеем, был за пьянство изгнан со двора и жил в селе. Они организовали заговор – убить отца Николая Ивановича с намерением украсть у него деньги, которые, как они выяснили, хранились в шкатулке. К ним пристал человек, бывший дядькой Костомарова во время пребывания Николая в московском пансионе. Злодейский умысел вынашивался уже несколько месяцев, наконец, убийцы решили исполнить его 14 июля. Отец Николая имел привычку ездить для прогулки в леса на расстоянии двух-трех верст от двора, иногда с сыном, иногда один. Вечером в роковой день он приказал заложить в дрожки пару лошадей и, посадив Николая с собою, велел ехать в рощу, носившую название Долгое. Николай Иванович вспоминал: «усевшись на дрожки, я по какой-то причине не захотел ехать с отцом и предпочел, оставаясь дома, стрелять из лука, что было тогда моею любимою забавою. Я выскочил из дрожек, отец поехал один. Прошло несколько часов, наступила лунная ночь. Отцу пора было возвращаться, мать моя ждала его ужинать – его не было. Вдруг вбегает кучер и говорит: „Барина лошади куда-то понесли“. Сделался всеобщий переполох, послали отыскивать, а между тем два лакея, участники заговора, и – как есть подозрение – с ними и повар обделывали свое дело: достали шкатулку, занесли ее на чердак и выбрали из нее все деньги, которых было несколько десятков тысяч, полученных моим отцом за заложенное имение. Наконец, один из сельских крестьян, посланный для отыскания барина, воротился с известием, что, как вспоминал Николай Иванович, „пан лежит неживый, а у его голова красна и кровь дзюрчить“. С рассветом 15 июля мать моя отправилась со мною на место, и нам представилось ужасное зрелище: отец лежал в яру с головой обезображенной до того, что нельзя было приметить человеческого образа. Вот уже 47 лет прошло с тех пор, но и в настоящее время сердце мое обливается кровью, когда я вспомню эту картину, дополненную образом отчаяния матери при таком зрелище. Приехала земская полиция, произвела расследование и составила акт, в котором значилось, что отец мой несомненно убит лошадьми. Отыскали даже на лице отца следы шипов от лошадиных подков. О пропаже денег следствия почему-то не произвели». Убийство Костомарова-отца представляется прямо-таки детективной историей, рассказанной самими юрасовцами и отраженной в архивных документах Воронежского окружного суда. Среди последних хранилось несколько дел, содержащих интересные сведения о семье Костомаровых, в том числе: «О предании случая смерти капитана Костомарова, убитого лошадьми, воле Божией», «О краже у помещицы Костомаровой из сундука разных вещей и денег крестьянином Мельниковым», «О крестьянах Василии Смыколове с прочими, судимых за ограбление дома помещицы Костомаровой». Суд умышленного убийства не установил. В ином виде дело представлено в воспоминаниях Татьяны Петровны. Она свидетельствует, что муж ее был убит с целью ограбления дворовыми людьми: кучером, камердинером и изгнанным за пьянство лакеем. Версию матери передает Костомаров в «Автобиографии»: «убийство совершено из-за шкатулки с несколькими десятками тысяч рублей, полученными за заложенное имение».