Веря в силу этого общественного подъема, сотрудники «Современника», его постоянные авторы приступили к подпольной работе, имевшей целью побуждение народа к массовым вступлениям и в конечном счете не только справедливое решение земельного вопроса, но и установление социального строя, соответствующего идеалам равенства и справедливости. Основным средством осуществления этих задач стали прокламации, изготовление которых началось сразу после (а возможно, и до) объявления царского манифеста, которые сочинили и напечатали сотрудники журнала — Чернышевский, Михайлов, Владимир Александрович Обручев. Вскоре была создана и подпольная революционная организация «Земля и воля», идейным вдохновителем которой был Чернышевский. Ближайший сотрудник Некрасова, один из руководителей его журнала стал духовным вождем довольно значительного количества молодых людей, идейно подготовленных им и его единомышленниками к вступлению в беспощадную борьбу с правительством (среди них, судя по всему, было немало офицеров, в том числе гвардейских, что придавало этому невидимому и разрозненному «фронту» вполне реальную силу). Так правительство, как ему казалось, предоставившее российскому обществу обширное поле для проведения в жизнь реформ через институт мировых посредников (и такая работа действительно началась и привлекла большое количество образованных людей, считавших своим гражданским долгом вступить в ряды мировых посредников), посеяло бурю, создало возможности для нелегальной деятельности.
Как отнесся к правительственному манифесту Некрасов? Имеется свидетельство Чернышевского, посетившего поэта «в тот день, когда было обнародовано решение дела»: «…я вхожу утром в спальную Некрасова. Он, по обыкновению, пил чай в постели. Он был, разумеется, еще один; кроме меня редко кто приходил так (по его распределению времени) рано. Для того я и приходил в это время, чтобы не было мешающих говорить о журнальных делах. — Итак, я вхожу. Он лежит на подушке головой, забыв о чае, который стоит на столике подле него. Руки лежат вдоль тела. В правой руке тот печатный лист, на котором обнародовано решение крестьянского дела. На лице выражение печали. Глаза потуплены в грудь. При моем входе он встрепенулся, поднялся на постели, стискивая лист, бывший у него в руке, и с волнением проговорил: «Так вот что такое эта «воля». Вот что такое она!» — Он продолжал говорить в таком тоне минуты две. Когда он остановился перевести дух, я сказал: «А вы чего же ждали? Давно было ясно, что будет именно это». — «Нет, этого я не ожидал», — отвечал он и стал говорить, что, разумеется, ничего особенного он не ждал, но такое решение дела далеко превзошло его предположения».
Видимо, в целом этот рассказ достоверен и Некрасов был на стороне народа. Каких-либо оснований сочувствовать помещикам и радоваться сохранению хотя бы части их имущества у него не было. Однако разделял ли Некрасов взгляды своих молодых сотрудников во всей полноте, в том числе их предельный радикализм и бескомпромиссное отрицание правительственной и вообще всякой легальной деятельности?
Некрасов доверял Чернышевскому-теоретику и мыслителю, фактически отдав ему на откуп все публикации научного и философского характера, о чем свидетельствует, в частности, Антонович, познакомившийся с Некрасовым весной 1861 года: «Перейдя к деловому разговору, он стал говорить о том, что о моих серьезных статьях он судить не может, но что Чернышевский их одобряет и он с ним согласен…» Однако считать, что у Некрасова с его сотрудниками было полное совпадение взглядов, не приходится.
Чернышевский очень точно определил степень своего воздействия на Некрасова: «Мнение, несколько раз встречавшееся мне в печати, будто бы я имел влияние на образ мыслей Некрасова, совершенно ошибочно. Правда, у меня было по некоторым отделам знания больше сведений, нежели у него; и по многим вопросам у меня были мысли более определенные, нежели у него. Но если он раньше знакомства со мною не приобрел сведений и не дошел до решений, какие мог бы получить от меня, то лишь потому, что для него как для поэта они были не нужны; это были сведения и решения более специальные, нежели какие нужны для поэта и удобны для передачи в поэтических произведениях. <…> Те сведения, которые мог бы получать от меня Некрасов, были непригодны для поэзии. А он был поэт, и мила ему была только поэтическая часть его литературной деятельности. То, что нужно было знать ему как поэту, он знал до знакомства со мною, отчасти не хуже, отчасти лучше меня. Но в числе тех мыслей, которые мог он слышать от меня и которых не имел до знакомства со мною, находились и широкие, способные или быть предметами поэтической разработки, или по крайней мере давать окраску поэтическим произведениям? — Были». Таким образом, Чернышевский в своей обычной уклончивой манере утверждает, что Некрасов был его единомышленником в целом, в базовых фундаментальных принципах, но не в деталях специального характера, и это единомыслие было вызвано не «влиянием» Чернышевского, а согласием с ним Некрасова, имевшего собственные твердые взгляды. Полное единомыслие между редактором и его сотрудниками и не было обязательно для успеха журнала, Некрасов пропускал мимо ушей многое и не соглашался (но не обязательно спорил) со многими конкретными идеями Чернышевского и Добролюбова, однако не считал расхождения принципиальными.