В «грешневское лето» начинается завершающий этап формирования того образа «народного поэта», каким Некрасов видится современному читателю. Именно в 1861 году народ становится центральной темой некрасовского творчества — не только объектом жалости и заботы, но и источником вечной духовной силы и одновременно участником истории, возможным вершителем судьбы страны. Реформа, при всей ее несправедливости, понятной Некрасову, всё-таки была, с его точки зрения, благотворной, поскольку давала народу шанс проявить те огромные нравственные и интеллектуальные силы, которые в нем заложены, а кропотливая работа по просвещению народа — продуктивной, имеющей значение для будущего. Сотрудники «Современника» думали иначе, предпочитая просвещению прямую агитацию, призывы к немедленному бунту.
Вернулся в Петербург Некрасов после 7 сентября и сразу столкнулся с совсем другой деятельностью. Творческое грешневское лето сменилось мрачной и драматичной осенью, опять стало не до стихов. 14 сентября Михаил Михайлов был арестован и посажен в Петропавловскую крепость за составление прокламации «К молодому поколению» (на следствии он взял всю вину на себя, выгородив своего соучастника Н. В. Шелгунова). Этот арест был первым, и литературная общественность, только-только создавшая Литературный фонд и пока не осознавшая серьезности происходящего, обратилась к министру народного просвещения Евфимию Васильевичу Путятину с петицией в защиту Михайлова. Подписал ее и Некрасов. События, однако, продолжали развиваться, и 4 октября был взят под стражу и заключен в Петропавловскую крепость еще один постоянный автор журнала, друг Добролюбова и Чернышевского В. А. Обручев (прототип Рахметова в романе Чернышевского «Что делать?») — также за составление прокламаций, своего рода подпольной газеты «Великорусе», в участии в издании которой современные исследователи подозревают Чернышевского. Некрасов в это время был на охоте со своими великосветскими приятелями и карточными партнерами. Только возвратившись, он узнал о новом ударе. 23 ноября Михайлов был приговорен к шести годам каторги. 14 декабря над ним была публично совершена гражданская казнь, после чего с ним повидались близкие, в том числе Некрасов. Обручев 27 февраля 1862 года был приговорен к пяти годам каторги и бессрочному поселению в Сибири.
Знал ли об этой, подпольной, стороне деятельности своих сотрудников Некрасов? Никаких документов и свидетельств об этом не сохранилось, Чернышевский не обмолвился ни единым словом. Можно уверенно говорить, что арест Михайлова был для поэта совершенной неожиданностью и казался ему (как и другим литераторам, подписавшим петицию об освобождении «государственного преступника») недоразумением, ошибкой. Дальнейший ход событий эти иллюзии развеял — в редакции «Современника» трудился настоящий «заговорщик». В случае с Обручевым сомнений в справедливости обвинений у Некрасова уже не было, но и предвидеть его арест Некрасов скорее всего не мог. Практически нет сомнений, что ни Чернышевский, ни другие сотрудники, авторы и друзья не ставили поэта в известность о своих заговорщицких планах и деятельности (хотя наверняка были намеки, скажем, на то, что их сотрудничество с «Современником» может внезапно прекратиться). Конечно, подозрения у Некрасова были, и касались они не только Чернышевского и Добролюбова, но и сотрудников, приведенных ими в журнал; все они действительно были вовлечены в широко понимаемый «заговор» или, во всяком случае, готовы принять в нем участие; некоторые из них вскоре отправились на каторгу, а Сигизмунд Сераковский, ставший через два года одним из вождей Польского восстания 1863 года, повешен.