В марте 1939 г. фашистская Германия захватила порт Клайпеду и Клайпедский край. Согласно подписанному 23 августа пакту Молотова-Риббентропа Литва отошла в сферу влияния Германии. Но по договору от 28 сентября того же года Германия и СССР произвели уточнение сфер влияния, теперь Литва (кроме Клайпеды) оказалась в советской сфере.
10 октября 1939 г. был подписан советско-литовский договор. С одной стороны, по нему Литве был передан Вильнюсский край, освобожденный Красной Армией в сентябре от польской оккупации, с другой стороны — в Литве были размещены гарнизоны советских войск.
14 июня 1940 г. председатель Совета Народных Комиссаров СССР В.М. Молотов передал литовскому министру иностранных дел Ю. Урбшису заявление советского правительства, в котором, после обвинений литовского правительства в нарушении Договора о взаимопомощи (в том числе в похищении советских военнослужащих), выдвигались следующие требования:
«1. Чтобы немедленно были преданы суду министр внутренних дел г. Скучас и начальник департамента политической полиции г. Повилайтис, как прямые виновники провокационных действий против советского гарнизона в Литве.
2. Чтобы немедленно было сформировано в Литве такое правительство, которое было бы способно и готово обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора.
3. Чтобы немедленно был обеспечен свободный пропуск на территорию Литвы советских воинских частей для размещения их в важнейших центрах Литвы…».
15 июня в страну были введены дополнительные контингенты советских войск. А. Сметона бежал в Германию. 17 июня было образовано «Народное правительство».
Собравшийся 21 июля новый, Народный сейм, провозгласил Литву советской социалистической республикой и обратился к Верховному Совету СССР с просьбой о принятии Литвы в состав Советского Союза. Осенью этого же года в Литве начались глубокие социально-экономические преобразования — экспроприация капиталистической частной собственности, сокращение крупных земельных владений и передача излишков земли батракам и малоземельным крестьянам. 31 августа 1940 г. был образован народный комиссариат внутренних дел Литовской ССР (док. № 7).
Таутининки и другие националисты ушли в глубокое подполье. Первое время число их вооруженных выступлений было невелико. Однако накануне войны количество антисоветских групп и вооруженных выступлений значительно возросло, советские власти наметили очистить территорию Литвы (как и другие недавно вошедшие в состав СССР земли) от всех, кого они считали своими врагами.
В докладной записке НКГБ Литовской ССР от 12 мая 1941 г. говорилось: «…За последние месяцы в республике значительно растет активная враждебная деятельность. Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов…
В силу этого считали бы необходимым приступить к аресту и принудительному выселению из Литовской ССР наиболее активных категорий лиц:
— Государственный буржуазный аппарат: чиновники государственной безопасности и криминальной полиции; командный состав полиции; административный персонал тюрем; работники судов и прокуратуры, проявившие себя в борьбе с революционным движением; офицеры 2-го Отдела Генштаба Литовской армии; видные государственные чиновники; уездные начальники и коменданты.
— Контрреволюционные партии: троцкисты; активные эсеры; активные меньшевики; провокаторы охранки (по данным литовской охранки, по этим категориям числится 963 человека).
— Литовская националистическая контрреволюция: (считаем необходимым подвергнуть аресту только руководящий состав наиболее реакционных фашиствующих партий и организаций) таутининков; яунои-лиетува (молодые таутининки); вольдемаристы (фашистская организация германской ориентации — всех); руководящий состав „Шаулю Саюнга“ (от командиров взводов и выше) (по статистическим данным, бывшей литовской буржуазной прессы руководящего состава насчитывается более 10 тысяч человек).
— Фабриканты и купцы Литвы: фабриканты, годовой доход коих свыше 150 тыс. лит; крупные домовладельцы, недвижимость коих оценивалась более 200 тыс. лит; купцы, годовой оборот коих свыше 150 тыс. лит; банкиры, акционеры, биржевики (по данным б<ывшего> Министерства финансов Литвы, по таким категориям числится 1094 человека).