Особый характер антимогольской войны повлиял на формирование и действия армии Шиваджи. Основу маратхского войска составляла легкая кавалерия, набранная из крестьян: эта конница не была наемной, как у Моголов, а пополнялась за счет рекрутской повинности с каждой общины, да и в добровольцах не было недостатка. Конями (обычно три лошади на двоих) и оружием всадников снабжала сама община, и лишь свою личную гвардию Шиваджи вооружал за счет казны. В отличие от тяжелой, неповоротливой, обремененной обозами могольской армии, где военачальники не отказывали себе в удобствах и развлечениях и даже везли с собой гаремы, маратхская конница была исключительно подвижной и как нельзя лучше подходила для ведения полупартизанской войны в условиях гористой местности. Никаких обозов, прислуги и даже палаток, воины и их командиры спали под открытым небом, фураж и пропитание добывали у крестьян, причем за деньги. За грабежи на маратхской территории Шиваджи наказывал с исключительной суровостью, подчеркивая при этом, что если его солдаты начнут грабить маратхских крестьян, то те «решат, что вы хуже Моголов». Что касается немаратхских земель, то там грабить разрешалось, но насилия над брахманами, женщинами и убийство коров запрещалось. Все источники того времени отмечали, что армия Шиваджи была дисциплинированной и спаянной духом освободительной борьбы. Излюбленной тактикой маратхов были внезапные атаки, ложные отступления с целью заманить врага в ловушку, перехват обозов и почты неприятеля. С помощью крестьян Шиваджи наладил великолепную разведку; деревенские жители сообщали ему обо всех передвижениях врага, заваливали или отравляли колодцы, сжигали все, что могло быть полезно могольской армии.
Моголы вторглись в самое сердце Махараштры, опустошили Пуну, и главнокомандующий падишахской армии, дядя Аурангзеба Шаиста Хан устроил свой штаб в доме, где прошло детство Шиваджи, дабы унизить маратхского вождя. Но Шаиста Хан торжествовал недолго, Шиваджи с тысячью воинов ночью напал на его лагерь и едва не захватил могольского полководца спящим. В 1664 г. Шиваджи дерзким налетом захватил Сурат, важнейший коммерческий центр Могольской империи. Город подвергся страшному разграблению, маратхам досталась колоссальная добыча, причем воинам было приказано не брать ничего, кроме золота, серебра, драгоценных камней. Для Моголов это был не просто экономический урон, а вызов, оскорбление. Стремясь разделаться с «горными крысами», как при могольском дворе презрительно называли маратхов, Аурангзеб собрал огромную армию и подчинил ее раджпуту Джай Сингху, что имело важный политический подтекст: Джай Сингх был индусом из знатнейшего раджпутского рода, восходившего своими корнями якобы к самому Раме.
Джай Сингх возглавлял армию, втрое превосходящую силы маратхов; к тому же, он привлек на свою сторону недовольных усилением Шиваджи маратхских феодалов. В 1665 г. Шиваджи был вынужден подписать с Джай Сингхом унизительный Пурандхарский договор, по которому маратхское государство теряло около 80 % территории, сын Шиваджи Самбхаджи поступал на службу Моголам, а сам Шиваджи обязался выставить 10-тысячное войско в помощь могольскому походу на Биджапур. Но поход этот кончился неудачей, посланные Шиваджи войска перешли на сторону Биджапура, а последний заключил союз с Голкондой. Опасаясь, как бы Шиваджи не присоединился к этой коалиции, Аурангзеб пригласил Шиваджи в Агру, соблазняя маратхского вождя различными уступками и щедрыми обещаниями. Видимо, надеясь добиться мира для измученной страны, Шиваджи с сыном и небольшой свитой прибыл в Агру. Но здесь его подвергли публичному унижению, а когда он заявил протест, то по приказу Аурангзеба маратхский вождь был арестован и вместе с сыном заключен под стражу. Оттуда Шиваджи с сыном осуществили дерзкий побег и, несмотря на погоню, вернулись в Махараштру.
Через три года Шиваджи возобновил войну и отнял у Моголов земли, захваченные ими по Пурандхарскому договору. Он вновь ограбил Сурат, и город уже никогда не оправился от разорения. Война продолжалась с переменным успехом, Шиваджи осуществлял дерзкие набеги на территории Моголов, на земли Биджапура и Голконды, разоряя местных жителей так же, как Моголы разоряли Махараштру. Со всех окрестных территорий маратхи взимали чаутх (четверть всей собираемой с данной местности податей; уплата чаутха спасала от маратхского набега). В 1674 г. Шиваджи торжественно короновался по всем предписанным древними обычаями церемониям как правитель независимого маратхского государства. После коронации он продолжал завоевания, распространившие государство Шиваджи за пределы Махараштры, в области Тамилнаду и Карнатаки.