13 декабря 1799 г. был обнародован проект Конституции, составленный специально для этой цели сформированными двумя законодательными комиссиями. Важнейшие положения документа были продиктованы Бонапартом, который отверг первоначальный проект Сийеса, пытавшегося не допустить установления во Франции личной военно-административной власти. Действуя с позиции силы, Бонапарт не допустил обсуждения своего проекта в законодательных комиссиях, а вынес его на плебисцит, апеллируя к принципу народного суверенитета. Популярность генерала обеспечила полный успех его предприятию: Конституция была принята подавляющим большинством голосов (3 млн «за», 1562 «против»).
Конституция 1799 г. установила республиканское правление, которое, однако, сочеталось с единоличной властью Бонапарта. Особенностями политического режима, а также названиями учреждений – Трибунат, Сенат, консулы – эта республика скорее напоминала Respublica Цезаря и Октавиана, нежели государственный строй эпохи Конвента.
Восстанавливалось всеобщее избирательное право – для мужчин с 21 года. Имущественный ценз Конституцией не предусматривался, оговаривался лишь независимый статус избирателя и ценз оседлости. Однако, рядовые избиратели участвовали лишь в составлении списков кандидатов на государственные должности. Избиратели коммун делегировали 1/10 своего числа в коммунальные списки, 1/10 от числа попавших в эти списки попадали в департаментские списки, а 1/10 последних – в национальный. В национальный список автоматически попадали лица, хотя бы однажды занимавшие высокие государственные должности (так называемые, наполеоновские нотабли). Правительство заполняло вакансии на основании этих списков. Так был реализован основополагающий принцип бонапартистского режима: доверие идет «снизу», а власть – «сверху».
В Конституции формально сохранялся принцип разделения властей, но реальные полномочия передавались правительству, которое одно, по мнению Наполеона, способно выражать общенациональные интересы. Правительство возглавляли три консула, избиравшиеся на 10 лет одной из законодательных палат – Сенатом. Однако, первый состав консулов был определен в тексте Конституции. Всей полнотой правительственной власти обладал первый консул – Наполеон Бонапарт. В его компетенцию входило назначение на высшие военные и государственные должности, командование армией, подписание и обнародование законов. Важнейшие распоряжения первого консула приобретали силу закона. Его коллеги, консулы Комбасерес и Лебрен, обладали только совещательным голосом и не могли составить конституционного противовеса диктатуре Бонапарта.
Управление страной Бонапарт осуществлял при помощи хорошо отлаженного, эффективного и централизованного бюрократического аппарата. Министерства работали под непосредственным контролем первого консула, который лично проводил заседания, давал поручения должностным лицам и осуществлял контроль за их исполнением. В департаментах согласно закону 17 февраля 1800 главами администраций стали префекты, в округах – супрефекты, в муниципалитетах – мэры. Вакансии на эти должности заполнялись лично первым консулом (мэров небольших общин, в которых было менее 5 тыс. жителей, назначал префект). Главам администраций помогали провинциальные советы, в которые входили назначенные Наполеоном лица из числа избранных в муниципальные или департаментские списки. Париж внушал первому консулу опасения революционными традициями и огромным влиянием на страну. С этой целью столица была лишена административного единства и самоуправления. Город с окрестностями получил статус департамента, делился на 11 округов во главе с назначенными Бонапартом мэрами, центральное управление находилось в руках префекта, а охрана общественного порядка передавалась префекту полиции, которому подчинялись полицейские комиссары в округах.