С целью обеспечить безраздельное господство правительства над законодательной властью, последняя была раздроблена на 4 палаты. Проекты законов готовились в Государственном совете, члены которого назначались первым консулом. Обсуждение законопроектов осуществлялось Трибунатом, а утверждение или отклонение – Законодательным корпусом, который не имел права их обсуждать. Состав Трибуната и Законодательного корпуса формировался на основании «национальных списков» членами четвертой палаты – Сенатом, которая осуществляла проверку конституционности принятых законов. Консулы назначили 80 сенаторов, которые впоследствии пополняли состав своей палаты путем кооптации из кандидатов, представленных разными государственными органами.
Судебная власть оказалась в зависимости от первого консула, поскольку он производил назначения всех судей, за исключением ведавших незначительными делами мировых, а также судей коммерческих трибуналов. Большая часть судей назначалась пожизненно, что не исключало административного контроля их действий, который осуществлялся аппаратом канцлера.
В целях укрепления личной власти Бонапарт использовал желание нации обрести политическую стабильность после десятилетия революционных потрясений. Первый консул объявил себя национальным арбитром, стоявшим вне партийных пристрастий. Амнистия была обещана всем, кто прекращал борьбу против правительства. Эмигранты получили право вернуться во Францию при условии признания режима и отказа от национализированного и проданного новым собственникам имущества. Организованное восстание в Вандее было прекращено, лидеры шуанов получили от правительства гарантии прощения и личной безопасности. Непримиримая оппозиция, как роялистская, так и якобинская, подверглась массовым репрессиям после неудачного покушения роялистов на жизнь Бонапарта 24 декабря 1800 г.
Политические деятели разных партийных направлений были привлечены на службу режиму. Возможность участвовать в управлении страной, в проведении судьбоносных для французской нации реформ, казалась гораздо привлекательнее бесплодной политической борьбы. При назначении на должности Бонапарт принимал во внимание только административные таланты кандидатов и личную лояльность. Консул Лебрен служил чиновником еще при Старом порядке. Консул Комбасерес был депутатом Национального Конвента, голосовал за казнь Людовика XVI. «Террорист» Фуше занял пост министра полиции, а бывший епископ и депутат Учредительного собрания Талейран возглавил министерство иностранных дел. Известные ученые, деятели искусства становились сенаторами, придавая блеск режиму своими именами.
Бонапарту удалось преодолеть и церковную рознь, возникшую в годы революции. Проводившаяся в годы правления Директории политика отделения церкви от государства привела к столкновениям между священниками, признававшими законодательство о гражданском устройстве духовенства, и священниками, отказавшимися от гражданской присяги. Наполеон предпочел восстановить союз государства и церкви. В последней он видел «священную жандармерию», призванную служить правительственным целям. В 1801 г. с папой Пием VII был подписан конкордат, согласно которому «правительство Французской Республики признавало, что католическая, апостольская и римская религия есть религия огромного большинства французских граждан». Влияние идей Просвещения, получивших распространение в годы революции, сказалось в том, что католицизм не был объявлен государственной религией. Однако, согласно статьям конкордата и в особенности приложенным к нему «органическим статьям» правительство получало полный контроль над церковью во Франции. Первый консул наделялся правом назначать архиепископов и епископов, Папа лишь утверждал назначения. Правительство определяло число лиц, которых епископы могли посвящать в духовный сан. Распоряжения Папы и постановления церковных соборов не имели силы во Франции без санкции государственной власти. Все духовные лица перед вступлением в должность обязывались приносить присягу верности республике и консулам и молиться за них в церквях. Государственный контроль был установлен за отправлением не только католического, но также протестантского и иудейского культов.
В Конституции 1799 г. законодатель давал гарантии, что не допустит передела собственности, который произошел за годы революции. В этих гарантиях были кровно заинтересованы не только нувориши, но и большая часть крестьянства, а также другие мелкие приобретатели имуществ, которые до революции составляли собственность церкви, дворянства и короны. Подробно отношения собственности, а также другие личные и имущественные права были рассмотрены в гражданском кодексе 1804 г. Первый консул отдавал отчет в огромной важности этого документа для создания правового поля постреволюционной Франции, он принимал участие в обсуждении важнейших положений этого документа и в процедуре его прохождения в законодательных палатах. Свод гражданского права получил название Наполеоновский кодекс.