Вместе с тем, во Франции реформационное движение не приобрело такого размаха, как в странах Центральной и Северной Европы. Во многом это было связано с тем, что здесь оно, в отличие от Англии, Северной Германии и Скандинавии, не получило поддержки со стороны высшей светской власти. Галликанская церковь, обладавшая достаточно высокой степенью независимости от Рима, была прочно интегрирована в социально-политическую систему монархии. Французские короли, согласно Болонскому конкордату, имели право назначать своих кандидатов на высшие церковные должности и могли распоряжаться значительной частью доходов церкви, а потому не были заинтересованы в радикальной перестройке отношений между светской и духовной властью.
Первое время Франциск I весьма снисходительно относился к новым религиозным веяниям. Он даже сдерживал репрессивные устремления парламентов, Сорбонны и высшего духовенства, занявших с самого начала Реформации бескомпромиссную позицию по отношению к ее сторонникам. Решительный поворот королевской власти к борьбе с протестантизмом произошел в середине 30-х годов XVI в. В октябре 1534 г. в ряде городов Франции появились афиши с резкими нападками на католическую церковь, что вызвало среди прихожан волну возмущения. Парижский парламент именем короля отправил на костер три десятка протестантов, еще несколько сотен было арестовано. 21 января 1535 г. король лично возглавил массовую религиозную процессию в Париже, продемонстрировав свою преданность католической вере. В тот же день было сожжено еще несколько протестантов. Однако уже летом король приказал прекратить репрессии, поскольку они вызвали недовольство его союзников – протестантских князей Германии, в чьей поддержке против императора он в тот момент нуждался.
С прекращением войны гонения на сторонников Реформации возобновились. Эдикт Фонтенбло от 1 июня 1540 г. обязал все королевские суды бороться с распространением протестантской «ереси». Правительство установило строгий контроль за книготорговлей, запрещенные книги сжигались, а в 1540 г. был сожжен известный лионский книгоиздатель Этьен Доле.
В последние годы жизни Франциска I, когда он уже тяжело болел, его двор раздирала борьба между группировками аристократии, выливавшаяся время от времени в отстранение от власти, а порою и предание суду того или иного крупного государственного деятеля. К тому же весьма напряженно складывались и отношения короля с дофином Генрихом. Окружение наследника, где тон задавала его фаворитка Диана Пуатье, откровенно фрондировало против занимавшей доминирующее положение «партии» герцогини д'Этамп, фаворитки короля. Не удивительно, что после смерти Франциска I (31 марта 1547 г.) двор пережил своеобразную «революцию».
Взойдя на трон, Генрих II удалил прежних советников своего отца и герцогиню д'Этамп. Зато Диана Пуатье получила титул герцогини и была введена в Королевский совет. Король приблизил к себе ранее опального коннетабля Монморанси и его родню, а также семейство Гизов, младшую ветвь Лотарингского дома. Герцог Франциск Гиз имел славу храброго полководца, а его брат Карл, архиепископ Лотарингии (в дальнейшем – кардинал), пользовался большим авторитетом в церкви. Отныне эти два клана Монморанси и Гизы – оказывали решающее влияние на политику короля. А вот роль принцев крови в царствование Генриха II была относительно невелика. Старшего из них, Антуана Бурбона, король и вовсе удалил из Парижа, женив на Жанне д'Альбре, единственной наследнице Наваррской короны.
Впрочем, несмотря на радикальную смену лиц при дворе, Генрих II сохранил преемственность с политикой своего отца. Происходило дальнейшее укрепление центрального государственного аппарата, для чего внутри Королевского совета были созданы специализированные должности государственных секретарей, сюринтендантов и генерального контролера финансов. Столкнувшись с массовыми восстаниями в юго-западных провинциях (1548–1549), вызванными увеличением налогов, правительство старалось шире использовать альтернативные источники финансирования, формируя и развивая систему государственных займов.
Особенно ярко преемственность двух царствований проявилась в религиозной сфере. Начавшиеся в последние годы правления Франциска I преследования сторонников Реформации были не только продолжены его сыном, но и приобрели еще больший размах. Уже в октябре 1547 г. для борьбы с протестантизмом Парижский парламент создал специальную палату, получившую название «Огненной». Только в течение последующих трех лет она вынесла подозреваемым в «ереси» более пятисот приговоров, причем, большинство смертных.