В ХV в. управление на Новгородской земле окончательно и полностью перешло в руки немногих богатых бояр, вече превратилось в игрушку немногих боярских фамилий, которые составляли большие партии на вече из так называемых «худых мужиков вечников», подкупая и заставляя их действовать в свою пользу. Постепенно новгородское устройство совсем утратило республиканский дух и выродилось в охлократию, которая прикрывала собой олигархию. При этом новгородские власти не смогли надежно подчинить себе власти и население низшего территориального уровня в их владениях.
Вокруг Новгорода лежали громадные пространства земли, принадлежавшие ему, т. е. его состоятельным гражданам. Владения и влияние Новгорода простирались на очень большой территории, жители которой знали о порядке и делах в нем. Знали они и о том, что сами новгородцы, по сути, разуверились в республиканских началах их государства, поняли, что ничего изменить они не могут, всем верховодят ловкие бояре, в массе своей плуты, жулики, непорядочные люди. Пригороды и волости из-за неурядиц, злоупотреблений из Новгорода стремились к обособлению, местная автономия давала для этого возможности. В такой ситуации Новгород недооценил острую необходимость усиления вертикали своей власти, не смог надежно подчинить себе или привязать выгодными узами власть-предержащих лиц на местах, не догадался объединиться с ними на почве взаимных интересов. Крупные части Новгородской земли стремительно обособлялись от Новгорода. (Псков постепенно добился полной политической самостоятельности от Новгорода; новгородская колония Вятка издавна пребывала в независимых отношениях с метрополией; Двинская земля многократно пыталась дистанцироваться от Новгорода.) Получилось, что большинство самих новгородцев и подчиненные Новгороду территории со временем перестали ценить слишком дорого стоившую им вольность Новгорода и не стремились отстаивать его самостоятельность в борьбе с внешними врагами. Области, волости и не верившие в порядочность своих верховных властей сами новгородцы стали постепенно равнодушными к судьбе Новгорода, не хотели защитить чуждые им боярскую власть и собственность. Получилось, что падение Новгорода, растившего в себе семена разложения, стало неизбежным. В период борьбы с Московским княжеством за сохранение независимости Новгорода, за его вольность Псков, Вятка, Двинская земля не оказали поддержку Новгороду и даже послали против него свои полки в помощь московскому князю. Огромная часть населения Новгорода и подвластных ему территорий не хотели рисковать своей жизнью во имя интересов мало заботившейся о них боярской новгородской верхушки. Такие настроения способствовали ослаблению новгородского воинства, что было особенно пагубно в условиях падения военного авторитета Новгорода.
Несомненно, способствовала падению Новгорода постепенно сложившаяся слабость его военных сил. Новгород в ХII – ХVII вв. вел борьбу с претендовавшими на его земли соседями. Новгород воевал со шведами, ливонскими рыцарями, литовцами, русскими князьями, непростыми были отношения с ордынцами. Только с середины ХII в. до середины ХV в. Новгород вынужден был 26 раз воевать со Швецией и 11 раз с Ливонским орденом. Ордынцы после победоносной для них битвы на р. Сити (Ситская битва, 1238) не решились напасть на Новгород, хотя были всего лишь в 100 км от него, и повернули назад. Но Новгородская республика признала себя зависимой от ордынцев, стала их данником, на Новгород был наложен ордынский «выход» – дань.
В литературе есть разные объяснения факта ненападения ордынцев на Новгород. По одной версии, ордынцы побаивались нападать на хорошо укрепленный город, славившийся своими храбрыми жителями, а также мастерски выученными воинами. По другой версии, ордынцы в приближении весенней распутицы с разливом рек, таянием болот спешили уйти с Новгородской земли, тем более что у них были большие людские потери. По третьей версии, ордынцы вообще не собирались нападать на город. В Булгарских летописях есть сведения о том, что в 1237 г. в Новгород принесли грамоту от Великого хана с обещанием не разорять город, если новгородцы не будут помогать великому князю владимирскому. Князь Александр Ярославич, городские и церковные власти (три независимые силы) Новгорода дали согласие на это условие ненападения ордынцев на Новгород, держали строгий нейтралитет, пока ордынцы громили северо-восточные русские земли (по А.Б. Широкораду, 2008, с. 150).