Приехала из Ленинграда жена старшего сына больной — Е. В., но она недолго погостила. Ей больная рассказывала о своем видении. Видела она, как в комнату вошли семь старцев, одетых в схиму. Они окружили ее с любовью и доброжелательством и сказали: «Пусть она его молитвами увидит свет!» Николай Николаевич запретил говорить «его молитвами», а Е. В. утверждала, что больная говорила именно так. Это явление повторилось несколько раз.
Тогда больная сестра обратилась к Н. Н. с просьбой об исповеди и Причастии.
Она не говела сорок лет. Просьбу больной Н. Н. выполнил сам, и видения прекратились. В душе больной совершился перелом: она стала добра и кротка со всеми. Стала ласкова. [Эта перемена чрезвычайно поразила домашних и всех знавших ее.] Н. Н. рассказывал, что после Причастия она рассуждала с ним о том, что если бы это галлюцинации были, то почему же они сразу прекратились после Причастия Святых Тайн и повторялись несколько раз до него? Ум ее работал до последнего вздоха. Она сказала, что если бы она выздоровела, то первая ее дорога была бы в церковь, в которой она не была сорок лет. Сознание у нее было ясное, и она много думала и говорила: «Каждый человек должен умереть в вере отцов!»
Эту историю рассказывал и сам батюшка, но передавал только следующие слова старцев: «У вас в доме есть священник, обратись к нему».
О второй сестре, Елене Ефимовне, он говорил, что, уверовав, она так каялась, как еще никто в его священнической практике. Это было стенание из глубины души. Елена Ефимовна вскоре приняла монашеский постриг с именем Серафимы. Когда в 1950 году она скончалась и ее, врача, как было принято в те времена, хоронили все сотрудники больницы, торжественно, с музыкой, никто не знал, что под подушкой в гробу лежали монашеские мантия, параман, четки. В своих письмах батюшка очень просил поминать всех знавших ее, ибо она много делала добра. Так, 13 октября 1950 года он писал: «… вчера вернулся из Волочка. Там умерла Елена Ефимовна, которую знает мать Валентина, меня вызвали телеграммой. Я ей обещал похоронить ее и обещание исполнил. Она много доброго сделала для меня. Прошу всех поминать ее».
С открытием церквей батюшка приступил к священнослужению. В 1944 году епископом Калужским Василием он был назначен настоятелем Благовещенской церкви г. Козельска, где и служил до 1948 года.
Здесь он жил на квартире у монахинь и вел по-прежнему в полном смысле слова подвижнический образ жизни. По воспоминаниям общавшихся с ним в то время, он был невероятно истощенным. В маленькой (5–6 м²) отгороженной тесовой перегородкой комнатушке он все свое время проводил в молитве (так говорили монахини, которые потихоньку подглядывали и часто видели его стоящим на коленях), чтении Священного Писания, Святых Отцов. Литургию совершал кроме воскресных и праздничных дней каждые среду, пятницу, субботу и даже в небольшие праздники. Как правило, проповедовал за каждой Литургией, часто и в будни, хотя бы народу было и немного, иногда и за вечерним богослужением. Его проповеди производили сильное впечатление на верующих, и не только потому, что он обладал даром слова, но и благодаря своей искренности, глубине понимания духовной жизни, постоянному обращению к Святым Отцам.
В Козельске отец Никон имел духовное общение с последним постриженником прп. Амвросия Оптинского иеросхимонахом Мелетием (Барминым; †12 ноября 1959). Отец Мелетий был и последним духовником женской Шамординской обители (недалеко от Козельска). Он также не избежал лагеря. Говорили, что на каком-то допросе, когда его довели до почти бессознательного состояния, он будто бы подписал на кого-то обвинительную бумагу. Органы, конечно, часто использовали такой метод. Но в чистоте души отца Мелетия легко можно было убедиться, пообщавшись с ним хотя бы несколько минут. Он отличался необычайной кротостью, был очень немногословным. Спросят его: «Батюшка, как жить?» Он отвечает: «Всегда молитесь», — и все. Около него всегда были мир и покой.
После закрытия монастыря у отца Никона продолжали духовно окормляться шамординские сестры, которых было немало в Козельске; приезжали к нему люди и из других мест. Отец Мелетий скончался в глубокой старости, 96 лет, и был похоронен в Козельске. Теперь его прах перенесен в Оптину пустынь.
Сохранилось несколько писем игумена Никона к этому святому человеку.
В 1948 году отца Никона начали гонять по приходам: сначала перевели в г. Белёв, затем в г. Ефремов, далее — в г. Смоленск. Его проповеди нигде не давали покоя уполномоченным по делам Церкви, да и собратьям нередко тоже. Из Смоленска епископом Сергием в том же 1948 году он был направлен в г. Гжатск (ныне Гагарин), по словам батюшки — в ссылку. Не понравилось ему здесь. И встретили его неприветливо.