В сражении с войсками маршала Даву под Ауэрштедтом 14 октября 1806 г. Клаузевиц бился рядом с командовавшим батальоном Августом Прусским, а также своим учителем Шарнхорстом, пережив сокрушительное поражение прусской армии, ставшее драматическим финалом бывшей прусской славы. Раненый принц, прикрывавший в арьергарде отход остатков разбитой армии, вскоре был взят в плен, а затем вместе с адъютантом доставлен в Берлин, где Клаузевицу довелось выслушивать пренебрежительные фразы Наполеона о том, что он всегда желал мира и не понимает, чего ради вообще Пруссия вступила в войну. Это произвело на молодого патриота неизгладимое впечатление, заставив определиться со своим отношением и к самому завоевателю, и к любым политическим фразам.
Проведя чуть менее года в плену во Франции, где он, крайне болезненно пережив условия Тильзитского мира, продолжил начатые ранее попытки анализа недавних военных кампаний, Клаузевиц вернулся в Берлин, где вскоре вошел в штаб Шарнхорста. После унизительного для Пруссии мирного договора, продиктованного Наполеоном даже не Фридриху Вильгельму III (1797–1840), а его жене, масштабное и принципиальное преобразование вооруженных сил было поручено генералу Шарнхорсту. Его действия наряду с реформами Штейна и Гарденберга подготовили будущее возрождение Пруссии как великой державы. Клаузевиц принял в военных реформах самое активное участие, а Шарнхорст все чаще поручал ему подготовку аналитических записок относительно текущей военно-политической обстановки. Другом Клаузевица стал и еще один выдающийся прусский офицер и создатель армии нового поколения, преемник Шарнхорста на посту главы прусского Генштаба саксонец А. фон Гнейзенау. С 1810 г. майор фон Клаузевиц все более посвящал себя преподаванию тактики и подготовке офицеров Генштаба, став наставником в том числе и для прусских принцев, среди которых был будущий первый кайзер Германской империи Вильгельм I.
В преддверии войны с Россией Клаузевиц, как и многие другие офицеры, просто не смог оставаться на службе в союзной Наполеону армии. Годами они готовили будущий реванш, искали союзников, в знак протеста подавали в отставку или отправлялись на свой страх и риск с предложениями союза в Великобританию, Австрию и Россию. Не дождавшись от малодушного короля Фридриха Вильгельма III согласия на начало маловероятного тогда восстания Пруссии против французской гегемонии, к которому он призывал в своей очередной аналитической записке, Клаузевиц в 1812 г. перешел на русскую службу. Именно здесь судьба преподала ему еще один важнейший для его последующих теоретических штудий урок: он оказался в подчинении у своего соотечественника Карла Пфуля, сделанного Толстым символом оторванной от реальности механистической и линейной военной науки, отставшей от своего века. Лев Николаевич был не вполне справедлив, в размышлениях Пфуля о грядущей кампании против Наполеона было рациональное зерно, однако в чистом виде его построения было воплотить невозможно, а потому план пруссака был отвергнут, а Пфуль вскоре покинул командование действующей армии. Клаузевиц, и сам внесший вклад в дискуссию об авторстве плана стратегического отступления русской армии, ошибочно порой приписывавшегося именно Пфулю, навсегда сделал вывод об опасности увлечения примерами из прошлого, о необходимости быстро и понятно доводить свою мысль до подчиненных и коллег, о важности соотнесения реальности с принципами, на чьи бы авторитеты они ни опирались. После прекратившейся с отъездом Пфуля кабинетной работы Клаузевиц смог наконец вновь проявить себя на поле боя. Вскоре он уже сражался под Витебском, а затем были Смоленск, Бородино, где он участвовал во фланговом рейде русской кавалерии, оборона Риги, против которой действовал прусский вспомогательный корпус. Прусский офицер не мог командовать русскими солдатами, не знал языка, но, как и подобает дворянину, исполнял свой долг перед монархом, который взял его на службу, как мог – личным примером, с саблей в руках.