Но в Вашингтоне предпринимались шаги, которые могли радикально изменить направление карьеры Ли и отправить его семью обратно в Арлингтон. Военный министр Джефферсон Дэвис был обеспокоен малым количеством американских войск, доступных для защиты поселенцев на Западе - вся армия США состояла из менее чем 15 000 человек, примерно размером с дивизию. Менее 10 000 были боевыми войсками, и, возможно, половина из них была доступна для охраны и защиты всей западной границы от примерно 40 000 враждебных индейских воинов. Снова и снова небольшие отряды американских войск были осаждены в своем форте или перебиты при выходе за его пределы превосходящими по численности индейцами. Кульминацией стала печально известная резня в Граттане в 1854 году, когда двадцать девять американских солдат, их командир лейтенант Граттан и переводчик были убиты более чем тысячей разъяренных храбрецов Лакота Сиу на территории нынешнего Вайоминга. Дэвис был полон решимости установить на границе то, что мы сейчас называем законом и порядком. Он попросил у Конгресса два новых полка пехоты и два полка кавалерии, специально подготовленных и оснащенных для службы в приграничных районах, - Первый и Второй кавалерийские. В кои-то веки законодатели прислушались и выделили деньги, хотя и не без нареканий. Дэвис немедленно назначил Альберта Сидни Джонстона, техасца, который учился на два класса позже Дэвиса в Вест-Пойнте, полковником Второй кавалерии, а Роберта Э. Ли - подполковником, или вторым командиром. Джонстон был выдающимся солдатом, которому довелось служить в трех армиях: Техасской Республике, армии США и армии Конфедерации. Он заслужил восхищение Джефферсона Дэвиса, который оценил его военные навыки выше, чем у Ли. Многие офицеры обоих новых кавалерийских полков были южанами: во Второй кавалерии, наряду с Альбертом Сидни Джонстоном и Робертом Э. Ли, Э. Кирби Смит и Джон Белл Худ стали генералами армии Конфедерации; а подполковником Первой кавалерии был лучший друг Ли по Вест-Пойнту Джозеф Э. Джонстон, который стал не только генералом Конфедерации, но и кодовым автором боевого флага Конфедерации.
Скотт враждовал с Дэвисом и предпочел бы, чтобы Ли был полковником Второй кавалерии, а Джонстон - его вторым командиром; он вновь подтвердил свою уверенность в том, что если Соединенным Штатам когда-нибудь придется столкнуться с войной, в которой на карту будет поставлено существование страны, то даже на смертном одре он скажет президенту "с предсмертным вздохом", что Ли должен командовать армией, но в итоге он принял решение военного министра после нескольких горьких обменов письмами.
Ли ничего не выиграл в плане компенсации, так как уже получал жалованье в звании полковника. Всегда бережливый по отношению к деньгам, он не только смог прожить на свое жалованье, но и к моменту поступления в Вест-Пойнт отложил 64 500 долларов, большую часть которых вложил в государственные и муниципальные облигации под 6 или 7 процентов, * немалый капитал для того времени и эквивалент примерно 1,68 миллиона долларов сегодня. Вполне понятно, что Ли чувствовал себя бедным - у него было семеро детей, и хотя Кьюстис учился в Вест-Пойнте за государственный счет, расходы на обучение остальных мальчиков в колледже, несомненно, казались ему такими же ужасающими, какими они кажутся родителям сегодня. Кроме того, перед ним маячила перспектива выдать замуж четырех девочек в стиле, приемлемом для семей Ли, Картер и Кьюстис. Ему, конечно, было больно покидать инженерный корпус после двадцати семи лет службы, а также "крайне горько" расставаться со своими детьми, но не исключено, что его привлекал и выход из-за письменного стола. Он будет руководить войсками в поле, у него будут прямые военные обязанности, и, учитывая растущее напряжение на границе, он почти наверняка увидит боевые действия. Кроме того, кавалерия все еще считалась элитой, а Ли был прирожденным всадником. О том, что он обдумал этот вопрос, возможно, чтобы обсудить его последствия с Мэри Ли, свидетельствует тот факт, что на ответ ушло двенадцать дней - долгая задержка для Ли, но его согласие никогда не вызывало сомнений.